搶占蒜山之戰雖然規模不大，孫恩軍的損失也不是很大，便意義卻不小，不僅徹底從軍心士氣上打擊到了海盜們的囂張氣焰，還使得孫天師錯過了入建康的最佳時機。
孫恩退回到船上之後，隻能看著蒜山上的劉裕幹瞪眼，繞過去坐著他的船繼續向西，朝建康挺進。不得不說，孫恩的軍隊除了鬥不過劉裕之外，對上其他人還是很有戰鬥力的，把司馬元顯統領的水軍打得落花流水，當然也不排除中央的水軍疏於訓練，不能同久戰之師相比。司馬元顯損失雖大，但把孫恩拖到了建康城之外耽誤了一陣，北方的豫州刺史司馬尚之的軍隊已趕到建康城西的白石壘，而南方劉牢之率領的北府軍也趕到了新洲（注：建康城北麵的江中）。
在如此情況之下，孫天師也知道大事是無論如何都成不了了，自己還要在朝廷合圍之前逃出建康水麵。孫恩率軍繞過新洲北麵，出長江，直取東北方的鬱州，而且他還派了一支偏師擊破廣陵郡，殺滅晉軍三千多人，牽製朝廷的人馬。寧朔將軍高雅之前些日子被孫恩打得大敗，折損人馬不少，要不是他是劉牢之的女婿，恐怕朝廷還要治他戰敗之罪，現如今孫恩要逃跑，他就討了追擊的任務，想將功折罪。可是追擊也是一個高難度的事情，尤其對象還是孫恩這樣一個屢勝朝廷軍隊的海盜頭子。孫天師被高雅之追得火了，老子打不贏劉裕，難道還打不贏你？回師一場惡戰，孫天師果然擺平了高雅之，把他生擒。
前些日子，控製朝廷大半土地的桓玄聽說孫恩要上建康，表示對此事極為關注，自己要帶兵進京勤王。這個大軍閥是司馬元顯的心腹大患，絕對不希望他進京。司馬就說朝廷完全有能力打退幾個海盜，等鬱州和廣陵兩地的戰鬥結果出來之後，司馬元顯大為惱火。為了不讓桓玄有借口帶兵進京，他必須盡快把孫恩趕出去。而這個任務，除了屢敗孫恩的北府軍大將劉裕之外，還有何人可以勝任？
這就叫：任你高門大閥，關鍵時刻不頂用也沒法。這一年的八月，草鞋販子迎來了他人生最爽的一件事：朝廷下詔封戰功顯赫的劉裕為建武將軍，下邳太守，正式成為東晉朝廷中的高級將領，受命統領整頓朝廷水軍，擊破孫恩。
在這一次抵抗孫恩的會戰中，北府軍大佬劉牢之的表現實在乏善可陳，在會籍郡的不動如山就不說了，再加上在新洲時，劉牢之居然沒有攔阻孫恩的船隊。劉牢之率北府軍慢吞吞地在後麵趕時，北府軍裏的士兵心裏都把他罵了個狗血淋頭：老大，京口可是我們的根據地啊。要是京口落入孫恩的手中，我們的家人孩子怎麼辦？還好劉裕將軍把京口守住了。這一次劉牢之在北府軍裏就威信大減，而劉裕則是大大提高了他的威望，可以說這一次他成了北府軍的救命恩人。
那麼劉牢之是怎麼想的呢？或許是劉牢之心裏有著這樣一個可笑的念頭，就是養賊自重。如果孫恩剿滅了，那朝廷還需要他劉牢之嗎？顯然不可能。劉牢之對下麵的人一向很好，可是這一次他差點讓京口陷落於孫恩之手，確實是一大敗筆。
在劉裕還隻有幾百人的時候，孫恩就不是他的對手，現如今劉裕率領的可是正規軍，而且人數大增，兵源優質，軍餉足額，那還不把個孫恩打得落花流水？劉裕迅速整頓了水軍，征發了新船，追上孫恩。兩軍在鬱州一戰，孫恩敗北，斷了在此地發展的念頭，繼續南下。十一月，孫恩逃到了滬瀆，也就是孫恩上次登陸時殺了內史袁崧之地。但這一次不同了，追擊的劉裕再次把孫恩打敗了。接著又是海鹽，回到了原先的起點。孫恩看著海鹽就頭疼，而劉裕的兵看著海鹽就高興。一陣猛攻，孫恩船隊毫無懸念地再給打散。總之孫恩是一敗再敗，最後手下的人馬也所剩無幾，隻得再次逃往舟山群島。
這一輪征討，劉裕有個大收獲藏在暗處。他對大規模的水師戰船有了深刻的研究。
孫恩的第四次登陸又失敗了，而劉裕以他戰無不勝的戰績和挽救了京口的功勞，在北府軍中威望大增，越過一眾老將，直逼劉牢之。