有了劉穆之的加盟，後方就穩固了，那些瑣事也不用劉裕操心了，他就可以專心地幹他的起義大事。
大凡起義，還是造反，總要打一個旗號出來吧，你官小了吸引不了別的人前來投靠啊。
於是劉裕自領徐，兗二州刺史，以孟旭為長史，守京口重地，怎麼著這老家也不能丟了，檀憑之為行軍司馬，然後又在彭城招兵買馬，就是先前劉裕所任職的地方，讓自己的主薄劉鍾統領這些人。（《資治通鑒。一一三卷》）
幾人合計最後就是傳繳天下，向天下人宣讀桓玄的罪狀，什麼桓玄亂臣篡國，大逆不道，還有貪汙受賄，不顧百姓死活，反正這水有多髒就都往他身上潑，雖然有許多都是桓玄手下的人做的，但他這個領頭的也是有罪的。
檄文裏就是讓人認清現在的形勢，什麼先前反對桓玄的益州刺史毛璩現在已經打到了桓玄的老家荊州去了，什麼江州刺史郭昶之已經反正，擁戴晉安帝複位了，還有建康裏的有我的內應辛扈興，童厚之已經兵臨城下了，還有豫州的諸葛長民已經奪取了曆陽的兵權，正準備會師於建康城下。
反正這繳文上就是把桓玄的處境寫得跟已經敗了差不多，怎麼凶險怎麼寫。先不管這檄文上的內容是真是假，給天下人的震動顯然是很大的，而劉裕的目的也沒指望天下的諸候起兵幫他，隻要讓那些人作壁上觀，那劉裕的機會就會大了許多。
此時的建康城裏，那是一陣雞飛狗跳，先是桓玄派兵誅殺了三位大臣，知道是那幾個人謀逆，不知道的還以為這位新皇帝要秋後算帳了。那些曾經忠於晉朝的大臣們那是一個提心吊膽，生怕哪天桓玄就派人過來把自己給殺了。
桓玄開始從劉邁那裏得到消息，說是劉裕要謀反，他還有點不相信，我對劉裕可算是掏心窩子了吧，可是劉邁又供出了三個與劉裕勾結的大臣後，桓玄就怒了，劉裕你可真是白眼狼啊，想當初你在建康城的時候，朕對你可不薄啊。
桓玄馬上派兵把王元康，辛扈興，童厚之給殺了，還不解氣，又把告密的劉邁也殺了。這豪門子弟說起來是家學淵源、彬彬有禮，放手一逞時就露出了二的本性。桓玄馬上就召集文武大臣商討對策，大方向上是確認了，任命揚州刺史，新安王桓謙為征討都督，殷仲文接替桓修任徐兗二州刺史，也就是劉裕先前自己封的那個官。
在具體的對敵作戰的方針上，桓玄與桓謙發生了矛盾，桓謙認為應該趁著劉裕立足未穩，以雷霆掃穴之勢把劉裕一幹人等一網打盡，桓謙這樣講一是看不起劉裕，認為他兵少將寡，二是他覺得很沒有麵子，上次他專門跑到彭城問劉裕楚王當皇帝怎麼樣？劉裕當時還答很好很好，那是天命所歸。現在距這話說了不到半年，劉裕居然反了，這不是打本王的臉嗎？
而桓玄則是認為劉裕等人現在是光腳的不怕穿鞋的，他們抱著必死的信念和我們來決戰，士氣正盛，我們應該先避其鋒芒，等到他軍隊的士氣消了下去，再和他決戰，或者我們先把軍隊集中覆舟山這個戰略要點，然後堅守不出，他們攻擊不到我們，又不能趁機攻擊建康城，這前無去路，隻有向後退，說不定他們的軍隊到時就自動解散了。說起來他還是有點怕這草鞋販子。
可是下麵的人不依，一定要給劉裕一個好看。桓玄也拗不過他們那麼多人，隻好派出現在朝廷中的兩員大將，頓丘太守吳甫之和右衛將軍皇甫敷先行阻敵。
軍隊是派了出去，可是桓玄很擔心外麵的戰況，反正自從桓玄知道劉裕起兵了之後，這表現就跟往日大不一樣，生怕哪天劉裕哪天就殺了過來，他下麵的人就很不解，“陛下，劉裕那些人不過是烏合之眾，人數又少，成不了大的氣候，陛下不用擔心。”
桓玄卻說道，“劉裕可稱為當世之豪傑，自從軍以來，無一敗績，而劉毅以前家裏沒有一分錢的時候都敢在賭桌上下注百萬，可見他的膽子之大，性格月多麼瘋狂。而何無忌就像是他的舅舅劉牢之，一樣的有勇有謀，善戰無雙，三個人合在一起，幹什麼事都會成功啊。”
桓玄曾接連打敗殷仲堪，楊佺期兩個地方軍閥，接著又殺了朝中掌權的司馬元顯，自信心膨脹得不得了，以為天老大，我老二，這時候接連有人（庾仄，毛璩，前文有述）冒出來要造他的反，他又清醒過來了。清醒了就變得特別謹慎，到了自縛手腳的地步。