交通運輸企業中屬於資本密集型的占了大多數，其中固定資產的折舊和攤銷在整個運營成本中占的比重較大，比如港口、航空、高速公路等，所以固定資產的進項稅能否抵扣直接影響到交通運輸企業的稅負高低。如果企業的投資建設在稅改前已經完成了，由於固定資產的進項稅不能抵扣，企業會在稅率大幅提升的情況下稅負不降反升。如果交通運輸企業是稅改後新設立的，其在購進運輸設備等固定資產時的進項稅可以抵扣，從而降低了運營成本，也降低了稅負。另一方麵，交通運輸企業主要成本中的過路過橋費、雇用車輛司機、加油、保險費、房屋租金及人力成本等都不能取得增值稅專用發票，因而無法抵扣進項稅額，使稅負呈現上升的態勢。
二、營業稅改征增值稅對試點企業稅負和稅後利潤的影響及分析
（一）營業稅改征增值稅對試點企業稅負和稅後利潤的影響
麵對稅製改革，納稅人不僅需要關注稅改帶來的稅負變化，更需要關注稅後利潤的變化，畢竟稅後利潤才是企業的最終目標。稅負的變化和稅後利潤的變化在表現形式上並不完全一致，有的企業在稅負減輕的同時也減少了利潤，有的企業稅負加重了，稅後利潤反而增加了。影響企業利潤的稅收因素在稅改前主要是營業稅、企業所得稅、城建稅及教育費附加，稅改後主要是增值稅、企業所得稅、城建稅及教育費附加。營業稅改征增值稅對稅負和利潤的影響不能僅僅比較營業稅額和增值稅額單一因素大小的影響，還要考慮收入、成本費用及所得稅等因素的影響。即在分析稅改對企業利潤的影響時，應把營業稅、增值稅及稅前扣除、營業收入等因素綜合考慮。
對納入試點的企業而言，稅改前繳納營業稅，企業購進設備和貨物時雖然支付了進項稅金，由於不能抵扣，隻能在成本計入。這樣營業稅和進項稅金都可以作為扣除項目在計算企業所得稅時扣除，進而少繳企業所得稅。稅改後繳納增值稅，進項稅金可以抵扣，但是稅改前可以扣除的營業稅和增值稅進項稅金在繳納企業所得稅時不存在了，由於稅前扣除減少，在其他因素不變的情況下，企業繳納的企業所得稅會增加。所以，營業稅改征增值稅影響的不僅僅是貨物和勞務稅，還會引起收入和成本費用的變化，進而影響到企業的稅後利潤。
（二）試點企業稅負和稅後利潤變化的分析
從上麵的分析看到，營業稅改征增值稅影響到企業的稅負和稅後利潤。納稅人需要根據稅後利潤的變化與上下遊企業談判，爭取有利的交易價格。以交通運輸業為例，對試點企業及其下遊企業進行分析。
假設藍天公司為交通運輸勞務的提供方，大海公司為運輸勞務的接受方，是增值稅的一般納稅人。2011年12月購進燃料負擔了10 000元進項稅金，當月提供運輸勞務從大海公司取得400 000元營業收入，可以稅前扣除的成本費用（營業稅除外）為78 000元。作為交通運輸勞務接受方的大海公司當月支付運費400 000元。假定稅改後交通運輸業適用的增值稅率為11%，含稅運費仍然是400 000元，企業所得稅率為25%，則計算分析如下（暫不考慮城建稅及教育費附加）：
稅改前，藍天公司購進燃料負擔的進項稅額不能抵扣，隻能計入成本，營業稅12 000（400 000×3%）元計入營業稅金及附加，則藍天公司當月的應納稅所得額是300 000（400 000-10 000-78 000-12 000）元，應納企業所得稅75 000（300 000×25%）元，稅後利潤為225 000元。大海公司接受勞務支付的400 000元運費不能取得增值稅專用發票，隻能按照7%的扣除率計算可以抵扣的進項稅額400 000×7%=28 000元，所得稅稅前扣除金額為372 000（400 000-28 000）元。
稅改後，藍天公司銷項稅額為400 000÷（1+11%）×11%=39 639.64元，進項稅額為10 000元，應納增值稅額為29 639.64元，營業收入400 000元為含稅收入，換算不含稅收入為400 000÷（1+11%）=360 360.36元，應納稅所得額為282 360.36（360 360.36-78 000）元，應納企業所得稅70 590.09元，稅後利潤為