1965年，學院各項工作基本走上正軌。一所重點工科大學的雛型，一所人才成長的搖籃，已經不再是藍圖，不再是虛幻。
十年內亂
正當後工奠定了大發展的基礎，正當人們為後工的進步而歡欣鼓舞的時候，“文革”的暴風驟雨撲麵而來。
派性代替了黨性，派性掩蓋了人性。瘋狂的武鬥導致人員死亡，無政府主義像瘟疫般泛濫。
大批營具器材失散和損壞，5個實驗室受到嚴重破壞，12個實驗室被毀，2萬餘冊圖書資料被燒毀、丟失，教學一度中斷。
1969年12月17日，後勤工程學院改稱“後勤高級專科學校”。
1975年6月7日，重新恢複“後勤工程學院”名稱。
曆史好像有意給人們開了個玩笑，猶如咆哮的黃河突然拐了道彎，又繼續奔流向前。
恢複發展
雲霧散盡是豔陽，噩夢醒來是早晨。
黨的十一屆三中全會的春風，帶來了神州的巨變，學院建設進入了嶄新的發展階段。
如何邁好新時期關鍵的第一步？決策者們從一雙雙期盼的目光中找到了答案。
人們沒有忘記，1980年5月7日院第二次黨代會隆重召開時，代表們臉上的笑顏。
人們還會記得，1984年11月3日院第三次黨代會勝利閉幕時，那雷鳴般的掌聲和代表們激動的情感。
這期間，學院做出了關於加強黨支部建設的一係列決定，製定了《學院建設8年規劃》等一係列文件。
1985年，整黨根治了派性，黨性的光芒重新照耀在人們的心間。
清晰的辦學思路，來源於周密的調查研究。
院領導親自掛帥，帶領教學調查組，5次深入部隊，了解新時期部隊後勤建設的需要。
懇談會上，各大單位的油料、營房部門的主管領導侃侃而談，對學院的訓練計劃、課程設置等獻計獻策。
院校培養的人才是否得到部隊的歡迎和承認，是決定院校興衰成敗的關鍵。
院校教育必須為部隊建設服務，適應和平時期建設需要，適應未來反侵略戰爭的需要。
必須把後工辦成多層次多專業的綜合性工科大學。
高水平的教師隊伍，是提高教學質量的關鍵。
學院現有36個教研室、623名教員，其中教授、副教授、高級工程師205名，博士研究生導師4名，碩士研究生導師54名，教員隊伍平均年齡37.1歲，35歲以下的青年教員占53.3%，有研究生以上學曆的占34%，形成了老、中、青結構合理的人才梯隊。
一大批適合學院各專業實際、高水準的教材相繼出版，電教中心電視教材率先在全國高教出版社發行，電化教學已在學院開花結果。
現代化的測試手段，將學員引入神奇世界。學院目前有65個實驗室、專修室，開發出實驗項目600餘項。重點建成了8個研究所，1個國家級後勤工程檢測中心，1個甲級建築設計研究院，7個軍隊、四川省重點學科、重點實驗室。
圖書館藏書達61萬冊。
各類教學儀器設備萬餘台件，總價值達4000餘萬元。
人才、教材、器材建設，奠定了學院發展的基礎，創造了學院騰飛的條件。
跨上台階
1987年，學院順利完成了精簡整編。
1988年，學院貫徹實施了幹部製度改革的3個條例，改為文職的近700名幹部，顧全大局做表率，不計得失比奉獻。近300名幹部穿上了嶄新的軍服，佩戴了閃亮的軍銜。
學院教學改革中，突出一個“軍”字，體現一個“新”字，先後對全院140門專業主幹課進行了教學內容的改革。充實最新科研成果、最新科學技術、最新專業規範和標準達1500多學時，同時增加了20多門選修課，並適時開設了各類講座。
經過努力，學院形成了自己的辦學特色與優勢。目前，學院有分屬9個一級學科的12個二級學科（專業）。這些學科（專業）在貫徹新時期軍事戰略方針，為部隊後勤現代建設服務發揮了重要的作用。
由軍事油品應用化學、油品檢測與分析和油料勤務等組成的軍用油料學科專業群，擔負著陸、海、空三軍的所有裝備應用油品的研製、檢測、運輸、儲存、加注與管理的教學與科學研究工作，成為我軍油料保障的支柱性學科群。
由建築學、營房工程、地下建築工程、給排水與采暖通風工程和營房勤務等組成的軍事建設工程學科專業群，覆蓋全軍各類建築，能夠滿足平戰營房保障需要。