（1）鑒定的提起。醫療事故技術鑒定的提起主要有兩種方式，其一是雙方當事人共同書麵委托醫療機構所在地負責首次醫療事故技術鑒定工作的醫學會進行醫療事故技術鑒定。此種方式適用於醫患雙方當事人協商解決醫療事故爭議，需進行醫療事故技術鑒定的按照《條例》第二十條及《辦法》第九條規定。其二是衛生行政部門書麵移交負責首次醫療事故技術鑒定工作的醫學會進行醫療事故技術鑒定。此種方式適用於縣級以上地方人民政府衛生行政部門接到醫療機構關於重大醫療過失行為的報告，或者醫療事故爭議當事人要求處理醫療事故爭議的申請後，對醫療事故需要進行技術鑒定的，按照《條例》第二十條及《辦法》第十條規定。這兩種方式都要求以書麵形式提起。
另外，根據《辦法》第十一條第一款的規定，協商解決醫療事故爭議涉及多個醫療機構的，應當由涉及的所有醫療機構與患者共同委托其中任何一所醫療機構所在地負責組織首次醫療事故技術鑒定工作的醫學會進行醫療事故技術鑒定。該條第二款規定，醫療事故涉及多個醫療機構，當事人申請衛生行政部門處理的，隻可以向其中一所醫療機構所在地衛生行政部門提出處理申請。
雙方當事人共同委托醫療事故技術鑒定的，由雙方當事人協商預先繳納鑒定費。衛生行政部門移交進行醫療事故技術鑒定的，由提出醫療事故爭議處理的當事人預先繳納鑒定費。經鑒定屬於醫療事故的，鑒定費由醫療機構支付，經鑒定不屬於醫療事故的，鑒定費由提出醫療事故爭議處理申請的當事人支付。縣級以上地方人民政府衛生行政部門接到醫療機構關於重大醫療過失行為的報告後，對需要移交醫學會進行醫療事故技術鑒定的，鑒定費由醫療機構支付。
（2）鑒定的受理。對於符合條件的鑒定申請，醫學會應立即受理並收取鑒定費。不符合受理條件，不予受理的，醫學會應說明理由。醫學會應自受理醫療事故技術鑒定之日起5日內，通知醫療事故雙方當事人按照《條例》第二十八條規定提交醫療事故技術鑒定所需的材料。當事人應當自收到醫學會通知之日起10日內提交有關醫療事故技術鑒定的材料、書麵陳述及答辯。
醫學會應在受理的當日或在盡可能短的時間內封存所有病案材料、相關物證及有關資料。應當注意的是，如果在委托人申請鑒定前已經發生了糾紛，當事機構應當在發生糾紛時即封存病案資料及相關物證。對任何與糾紛有關的資料或物證都不得篡改、銷毀，否則，行為人應當承擔相應的法律責任。發生病員死亡的醫療糾紛，當事的醫療單位應當積極動員病員方做屍體解剖。如果因為沒做屍檢而無法確定真正的死因，進而使鑒定無法進行的，其責任由拒絕屍檢的一方承擔。
（3）專家鑒定組的組成。醫學會受理鑒定申請後，應按照《條例》及《辦法》的規定組成專家鑒定組。為保證鑒定科學、客觀、公正地進行，醫療事故鑒定實行回避製度。專家庫成員回避的條件是：是醫療事故爭議當事人或者當事人的近親屬的；與醫療事故爭議有利害關係的；與醫療事故爭議當事人有其他關係，可能影響公正鑒定的。當事人發現有上述情形之一的可申請其回避，專家庫成員發現自己符合回避條件的，應當主動請求回避。無論是當事人申請其回避還是專家庫成員主動請求回避，凡符合回避條件的，醫學會應當將回避的專家名單撤出，並經當事人簽字確認後記錄在案。
（4）調查研究，收集材料。醫學會在收到鑒定申請後，可指派人員進行鑒定前必要的資料收集和調查核實工作，以爭取使所提供的所有資料盡可能的完整、準確、可靠。醫療糾紛的雙方當事人和其他相關組織、個人都要積極配合醫學會的調查取證工作，不得幹擾、阻礙調查取證，更不得提供偽證。