努爾哈赤特別注意收羅和起用明朝的罪臣、廢官及中下武將和官吏。他在六月初八日對督堂下達專諭，指示不用明朝大臣，而應擢用願為金國效勞的小官小吏，因為，原係明朝大臣之人，“一向為官，不為我等效勞”，於金無益，而那些微員小吏偏裨末弁，以及罪臣閑官，或因少讀詩書，唯圖漁利，貪贓枉法，謀升官職；或是官場失利，打入獄中，心懷不滿，因而有可能背叛舊君，投靠新汗，“歸向我等”，“諂諛於我等，出其力，致其才”。所以，他任用的漢官，“一半在明朝時得獲死罪，關在獄中，一半失去官職，一無所有，又皆戰陣所獲而養之也”。
努爾哈赤在給“明國眾遊擊官”下達的汗諭中，對他們提出了四個方麵的要求，一是責令降金漢官“勤守各種法令”，即貫徹執行要求阿哈耕田交穀、強迫漢民種地守法、納糧當差、不得叛逃等等法令和汗諭。二要漢官“為汗之眼，觀察眾人；為汗之耳，用以聽眾，諸凡各事，皆詳加督察。”即要他們偵察漢民對待汗、貝勒的態度，有無叛逃密謀，隨時上報，為努爾哈赤製定的“平盜賊，止惡逆”政策服務。三為諭令漢官“公正審斷”，以維護後金國的統治。第四是諭勸漢官不要“科索下人”，以免激化矛盾，招致遼民更加猛烈地反對金國的統治。
努爾哈赤多次宣布，對盡忠效勞的漢官，要破格提升，要“嘉賞賜財”，要“賞以功，給與為官”，要使他們“終身享受”，而且功臣的子孫可以世代承襲祖、父的官職。原明撫順遊擊李永芳，初升三等副將，從征遼陽後晉三等總兵官。明商人佟養性初授三等副將，破遼陽後晉二等總兵官。開原人劉興祚，降後初任備禦，下遼陽後，進至副將，其侄亦為海州參將。
這些措施產生了很大的影響，金軍進入遼東初期，不少明朝官、將、生員降順新君，獻計獻策，告密送信，催征賦稅，遷民分地，查點丁口，追捕逃人，對鞏固金國的統治起了相當大的作用。
努爾哈赤在天命八年處理八旗貝勒和高級官將的問題上，也做了一些錯事。三月，曾為建立後金國馳騁疆場征戰三十餘年的開國元勳扈爾漢，向養父努爾哈赤上書，承認過失，乞父寬恕，懇求再次起用為國效勞，努爾哈赤卻大擺君主威風，再譴其非，不予考慮，使這位叱吒風雲威震遼東功勳卓著的總兵官，憂悶病重，九個月後含恨去世，其子渾塔還降級襲職。五月，創製滿文、被譽為“一代傑出之人”的大巴克什額爾德尼，僅因細故，夫婦兩人被努爾哈赤無辜冤殺，家被抄沒。六月，原哈達國主蒙格布祿貝勒之子、努爾哈赤的親女婿烏爾古岱，因被漢官訐告收其金銀，盡管缺乏根據，卻遭議處死刑，後雖免斬，仍被革去具體處理軍國大政的督堂要職，從總兵官降為備禦。努爾哈赤還因此案痛責“愛子”四貝勒皇太極和嶽讬、濟爾哈朗、德格類三位貝勒。這一重大案件，在八旗貝勒、大臣中引起了強烈的反響。
努爾哈赤晚年犯的這些錯誤，嚴重地破壞了遼東生產。這一曾經是“田人富穀，澤人富鮮，山人富材，海人富貨”，“家給人足，都鄙廩庾皆滿，貨賄羨斥”的富饒地區，竟弄得人丁銳減，田園荒蕪，廬舍殘破，百業凋敝，社會混亂，民不寧居，饑荒頻仍，物價飛漲，甚至出現了“人相食”的悲慘局麵。
明天啟五年(天命十年，1625)，努爾哈赤著手進行大舉征明的準備工作。正月，聞聽明遣兵一萬，由海上至旅順，修葺城堡，屯駐兵士，努爾哈赤命三貝勒莽古爾泰和阿布泰、巴篤禮二總兵官，領兵六千往攻，克城，擊敗明兵，毀城而還。
三月初三日，努爾哈赤召集八旗貝勒、大臣商議，欲遷都沈陽，諸貝勒、大臣以“恐食用不足，力役繁興，民不堪苦”為由，乞請不遷。努爾哈赤斷然拒絕眾議說：“沈陽四通八達之處，西征明國，從都爾弼渡遼河，路直且近。北征蒙古，二、三日可到。南征朝鮮，自清河路可進。”他堅持己見，遂議定遷都沈陽。
努爾哈赤遣被俘漢人入城，諭告城主寧前，袁崇煥說：“吾以二十萬眾攻此城，破之必矣，爾眾官若降，即封以高爵。”遭袁嚴辭拒絕。正月二十四日，努爾哈赤下令，全軍猛烈進攻。袁崇煥率領兵民拚死反抗，“槍炮藥罐雷石齊下”，十數門大炮不斷燃放，“周而不停，每炮所中，糜爛可數裏”，又將被褥裹上火藥，卷成一捆捆，投擲城下，發下點燃的火箭，“火星所及，無不糜爛”，擊斃燒傷了大量金兵。努爾哈赤連攻兩天，未能克城，傷亡慘重，“攻具焚棄，喪失殆盡”，無可奈何，乃遣三等副將武納格率蒙古兵往攻寧遠南十六裏明軍屯貯糧草的覺華島，盡殺守兵七千，焚燒糧草千餘堆和二千餘隻船。二十七日，努爾哈赤率軍撤圍，於二月初九日回到沈陽。著名的寧遠之戰，以明軍的勝利金兵的失敗而結束。
努爾哈赤死於天命十一年（公元1626年9月30日），終年六十八歲，諡號承天廣運聖德神功肇紀立極仁孝睿武端毅欽安弘文定業高皇帝。葬福陵，又稱東陵（在今沈陽東北）。