在對待鼇拜的處理上，再次顯示了康熙的睿智。他下詔說：“鼇拜愚悖無知，誠合夷族。特念效力年久，迭立戰功，貸其死，籍貫沒拘禁。” 也就是說，鼇拜因立過許多戰功，所以免於一死而終身監禁。對於其黨羽也給予了不同的處罰。同時恢複了蘇克薩哈的職位。這種措施穩定了朝局。
康熙剪除鼇拜後，廢除了輔政體製，收回了朱批大權。自此才真正開始了親政。
寬仁之治
康熙親政後，清朝內部出現了相對的穩定。但是，國內形勢仍然十分險惡。南方的三藩割據，西北噶爾丹的反叛，台灣鄭氏的割據等等，都擺在康熙的麵前。深謀遠慮的康熙憑著自己超凡的膽略，在良臣的輔佐下，開創了盛世王朝。
在治國之本上，康熙選擇了儒家思想。康熙自幼就對儒家學說充滿濃厚興趣，認為“殊覺義理無窮，樂此不倦”（《康熙起居注》第1冊第80頁）。康熙十六年十二月，他在禦製《日講四書解義序》中，明確宣布清廷要將治統與道統合一，以儒家學說為治國之本。康熙帝的這一態度為清朝內部持續數十年的文化紛爭（也是治國方略的紛爭）畫上了一個圓滿的句號。
但信奉儒家思想的康熙因受祖母的影響，對佛家思想亦有所研究。每當天下發生災禍，康熙常常視為對當政者的警示。比如康熙十八年發生地震，康熙下詔說：“朕躬不德，政治未協，致茲地震示警”。因此要求臣下自省，廉潔。康熙二十六年，天下大旱。康熙下詔說，這都是由於自己缺少涼德“不能上格天心”而造成的。
在政治上，康熙進一步加強了皇權。他表示“天下大權當統於一”（《清聖祖實錄》卷275，康熙五十六年十一月辛未），“天下大小事務，皆朕一身親理，無可旁貸。若將要務分任於人，則斷不可行”（《清聖祖實錄》卷284，康熙五十八年四月辛亥）。為此，他一方麵通過各種手段，采取強有力的措施，限製滿洲貴族的權力，如剝奪各旗王公幹預旗務的權力，破除“軍功勳舊諸王”統兵征伐的傳統，削弱議政王大臣會議的政治影響等。另一方麵，康熙將用人之權、獎懲之權親自控製，不許大臣幹預；並設立密奏製度，以廣泛體察下情。這種統治方式為被雍正、乾隆二帝繼承和發展，並為清朝其他皇帝沿用。
康熙帝在加強皇權的同時，也著手完善清朝官僚政治製度。有兩個現象值得特別注意：一是康熙九年八月將內三院改為內閣，從此內閣作為清朝法定中央政府、作為官僚政治的重要象征，其地位穩定下來並一直存在到清末；二是康熙二十三年開始纂修《大清會典》。這是清代第一部重要的政典。《大清會典》於康熙二十九年完成，共162卷。從此，清朝官僚政治的運行基本做到了有法可依，有章可循，初步實現了政治運作的規範化。
在用人方麵，康熙任人唯賢，任用了一大批敢於直言的清官。康熙在用人方麵有著非常清醒的認識。比如康熙二十六年，康熙說：“堯舜之世，府修事和，然且兢兢業業，不敢謂己治已安。漢文帝亦古之賢王，賈誼猶指陳得失，直言切諫。今但雲主聖臣賢，政治無闕，豈國家果無一事可言耶？” 他要求大臣們盡心職業，視國事如家事。
在經濟上，康熙認為“家給人足，而後世濟”，在繼續采取輕徭薄賦，與民生息的政策的同時，又采取了一係列措施，體現了他仁愛的一麵。其一，是廢止“圈田令”，即廢止滿清貴族圈近京州縣田地的特權，將土地讓與百姓耕種；康熙在詔書上說：“自後圈占民間房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令給還民間”，其二，延長墾荒的免稅時間。清初規定墾荒三年內免稅，以後改為六年；康熙十二年重申新墾荒田十年後征稅。這一政策刺激了農民墾荒的積極性，使耕地麵積迅速增加。其三，實行更名地政策。對於農民耕種的原先屬於明朝宗室的土地，康熙下詔農民可以不必支付田價，照常耕種。“原種之人，令其耕種”，永為世業，號為“更名田”。這些農民成為自耕農。這一政策將直隸、山東、山西、湖廣、陝西、甘肅等地廢藩田改為民地，自耕農大量出現。其四，改革賦役製度。1646年（順治三年），清廷以明萬曆時舊籍為準，著手編纂《賦役全書》，到1657年（順治十四年）完成。1685年（康熙二十四年）至1687年（康熙二十六年），刪除全書上的田賦尾數，重新編成《簡明賦役全書》。為了防止地方官吏的私征濫派和保證國家的賦稅收入，在催征辦法上也不斷改變，如從發給花戶“由單”到“串票”（二、三、四聯等串票），再到“滾單”等。
此外，康熙還重視興修水利，大力修治黃河，終將“淮黃故道，次第修複”，暫時緩和了黃河中下遊和沿淮各地多年水患的威脅，保證了百姓的耕種。
在軍事上，初步形成了剿撫並用、以德服人的統一方針，即“亂則聲討，治則撫綏”（《清聖祖實錄》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰憑天道，俯愜人情，以萬不得已而用兵”（《禦製親征平定朔漠方略序》）。康熙認為：“帝王治天下自有本原，不專恃險阻”，“守國之道惟在修德安民，民心悅則邦本得，而邊境自固，所謂眾誌成城者是也”（《清聖祖實錄》卷151，康熙三十年五月丙午）。為了維護國家的統一，康熙在縝密謀劃之後平定了三藩之亂；遏製了沙俄的擴張，簽訂了中俄尼布楚條約；武力平定割據台灣的鄭氏家族，使台灣回歸；康熙還親征新疆準噶爾，擊敗噶爾丹，使蒙古土爾扈特臣服清朝。
在文化上，康熙強調興禮教。他在康熙十八年下詔說：“盛治之世，餘一餘三。蓋倉廩足而禮教興，水旱乃可無虞。比聞小民不知積蓄，一逢歉歲，率致流移。夫興儉化民，食時用禮，惟良有司是賴。”
在康熙倡導之下，編成了收字四萬九千多的《康熙字典》以及一百八十卷的《大清會典》，一百零六卷的《佩文韻府》，一百二十卷的《曆代題畫詩類》，九百卷的《全唐詩》，還策劃了一萬卷的《古今圖書集成》。
在對邊疆少數民族的關係上，康熙帝以撫慰為主，加強了邊疆少數民族對中央政府的向心力。比如土爾扈特蒙古雖然受到沙皇俄國的控製，但仍心向中央政府，多次派人奉表入貢。
在西藏問題上，康熙除了承繼順治帝冊封達賴政策外，還派兵於1718年至1720年（康熙五十七年至康熙五十九年）間入藏，擊敗了占據西藏的準噶爾叛軍。此後，清政府分兵駐藏，並任命康濟鼐和頗羅鼐二人分理前後藏事務。