《農民專業合作社法》第九條規定，縣級以上各級人民政府應當組織農業行政主管部門和其他有關部門及有關組織，依照本法規定，依據各自職責，對農民專業合作社的建設和發展給予指導、扶持和服務。
（1）鼓勵和引導農民專業合作社健康發展。各級人民政府應當依照《農民專業合作社法》規定，圍繞農民專業合作社的建設和發展，組織農業行政主管部門和其他有關部門及有關組織，為農民專業合作社提供指導、扶持和服務，並做好督促和落實工作。當合作社有困難、有問題需要政府解決時，要讓群眾知道可以找政府哪個部門幫助協調，而不能讓群眾摸不著門。現實工作中，各級政府農業行政主管部門與農業生產和農民群眾聯係更多、更密切，對生產生活中的一些政策和技術性問題，農民群眾一般也是主動與政府農業部門聯係，因此，《農民專業合作社法》規定了政府農業行政主管部門更重的責任和更高的要求。
（2）動員社會各方麵力量給予扶持和服務。為此，《農民專業合作社法》第八條第一款規定，國家通過財政支持、稅收優惠和金融、科技、人才的扶持以及產業政策引導等措施，促進農民專業合作社的發展。這些措施需要包括財政、稅務、金融、科技、人事、工商、發展改革等在內的政府各有關職能部門，依照各自職責和《農民專業合作社法》的規定予以進一步落實。同時，該條第二款還規定，國家鼓勵和支持社會各方麵力量為農民專業合作社提供服務，即包括供銷社、科協、教學科研機構、基層農業技術推廣單位、農業企業等在內的社會各方麵力量，都有義務和責任為農民專業合作社提供政策、技術、信息、市場營銷等方麵的扶持和服務。政府部門提供的指導、扶持和服務，必須始終堅持尊重農民的意願和選擇，采取農民群眾歡迎的方式方法，因地製宜，分類指導，真正做到引導不強迫、支持不包辦、服務不幹預。必要的、恰當的輔導和指導，可以有效培養農民的合作意識，激發群眾的合作熱情，提升合作社的發展質量。國家通過給予農民專業合作社這類弱勢群體必要的、適度的財政扶持和稅收優惠等扶持政策，提高其在市場中的談判地位，“扶上馬、送一程”，符合市場經濟公平競爭的原則，也符合國際慣例。
（3）監督、處理違反《農民專業合作社法》的行為。任何部門、組織和個人都不得借指導、扶持和服務的名義，改變農民專業合作社“民辦、民有、民管、民受益”的性質和特征，強迫農民建立或者加入合作社，或者幹預農民專業合作社的內部事務。政府各有關部門應當依照法律規定，進一步整合各種支農資源，鼓勵支持符合條件的農民專業合作社參與申報和實施有關支農資金和支農項目，充分發揮農民專業合作社在發展現代農業、建設社會主義新農村、構建農村和諧社會中的積極作用。對違反《農民專業合作社法》規定的基本原則和禁止性規定的行為，進行全方位的監督和管理，必要時進行嚴厲的行政處罰。