農民專業合作經濟組織是在市場經濟環境中發育起來的一種獨立的經濟組織形態，有別於個人獨資企業、合夥製企業、公司製企業、社區性集體經濟組織和社團組織。
（1）與個人獨資企業的區別。個人獨資企業是所有者與經營者同為一人的企業。農民專業合作經濟組織與個人獨資企業的區別是：①農民專業合作經濟組織的投資主體是多元的，個人獨資企業的投資者僅限於一個自然人，隻存在一個所有者。②農民專業合作經濟組織有獨立於成員個人的財產，即法人財產。個人獨資企業不具備法人資格，企業財產與個人財產沒有明確界限。③農民專業合作經濟組織有組織機構，實行民主管理。個人獨資企業是一人自行管理或聘請他人管理。
（2）與合夥製企業的區別。合夥製企業是指兩個以上的人為了共同的經濟目的，自願簽訂合同，共同出資、共同經營、共擔風險的一種企業組織形式。農民專業合作經濟組織與合夥製企業的區別是：①財產性質、法律人格和責任形式不同。農民專業合作經濟組織有獨立的法人財產，社員僅以其出資額為限對合作社債務承擔有限責任，即使資不抵債，債務清償也不涉及社員個人財產。合夥製企業是建立在合夥人信用基礎上的契約式企業，財產性質由合夥協議約定，具有靈活性，出資者財產的所有權可以轉移，為合夥企業共有，也可以不轉移，為合夥企業共用。②成員在組織中的作用不同。農民專業合作經濟組織不因某一社員的加入退出而影響組織的存亡。合夥製企業的存亡則取決於任何一個合夥人的去留，如果其中一個合夥人退出或死亡，企業就必須重新建立合夥關係。
（3）與公司製企業的區別。我國《公司法》所稱公司，是在中國境內設立的有限責任公司和股份有限公司。有限責任公司，股東以其出資額為限對公司承擔責任，公司以其全部資產對公司債務承擔責任。股份有限公司，其全部資本分為等額股份，股東以其所持股份為限對公司承擔責任，公司以其全部資產對公司債務承擔責任。農民專業合作經濟組織與公司製企業的主要區別，是勞動與資本在組織中的地位和權利不同：①投票權和收益分配的依據不同。合作經濟組織中，社員擁有一票的權利，資本權利受到一定限製。利潤分配的依據是社員股金與惠顧額。公司製企業中，股東地位以出資額為依據，股東按投入公司的資本額享有資產受益、重大決策和選擇管理者等權利，每一股份有一表決權。②組織方式不同。合作經濟組織的所有者、經營者、社員惠顧者是同一的，三者不分離。公司製企業的所有者與經營者是分離的，所有者對經營者的權力控製，需要嚴格的組織結構來解決。③價值取向不同。合作經濟組織對社員不以營利為目的，對外營利也是為了社員的利益。公司以謀求資本利潤最大化為目的。④合作經濟組織的“退社自由”原則與公司製企業不同。公司製企業的股東在公司登記後，不得抽回出資但可以轉讓，農民專業合作經濟組織的社員可以退股，但股金不得轉讓。⑤在注冊登記條件、治理結構等方麵，公司製企業比合作經濟組織複雜、嚴格。
案例介紹
甲：某農民專業合作社有社員20名，在表決一項決議時，12名社員持反對意見。決議最終未獲通過。
乙：某股份有限公司有股東20名，在表決一項決議時，12名股東持反對意見，但其所持股份總數不到50%，決議最終獲得通過。
問：為什麼會有上述結果？
案例分析
本案之所以產生兩種不同的法律效果，原因在於農民專業合作社與股份製公司之間表決權的差異。合作社是社員自己的組織，法律規定，合作社成員在合作社成員大會當中的表決權是一人一票，這是合作社民主管理的基礎，充分體現了合作社的成員在合作社當中地位平等。在合作社法中，對於農民專業合作社成員大會和成員代表大會行使表決權有明確的規定。成員大會進行選舉或者一般性的決議，應當由本社成員表決權總數過半數通過，如果決定的是修改章程，或者說合並、分立、解散的話，這種決議應該由表決權總數三分之二以上多數通過。股份製公司則按照公司法的規定，它是以股權為基礎進行決策的，即必須是占所持股份的多數表決權通過才合法有效。
§§二、農民專業合作社的設立