依法登記是農民專業合作社開展生產經營活動並獲得法律保護的重要依據。根據《農民專業合作社法》第十三條規定，設立農民專業合作社，應當向工商行政管理部門提交相關文件，申請設立登記。為了確保農民專業合作社真正成為農民自己主導的合作經濟組織，《農民專業合作社登記管理條例》（以下簡稱《條例》）依照《農民專業合作社法》第十三條的規定，對農民專業合作社設立登記作了以下幾個方麵的規定：
一是規定了提交的文件：①設立登記申請書；②全體設立人簽名、蓋章的設立大會紀要；③全體設立人簽名、蓋章的章程；④法定代表人、理事的任職文件和身份證明；⑤載明成員的姓名或者名稱、出資方式、出資額以及成員出資總額，並經全體出資成員簽名、蓋章予以確認的出資清單；⑥載明成員的姓名或者名稱、公民身份號碼或者登記證書號碼和住所的成員名冊，以及成員身份證明；⑦能夠證明農民專業合作社對其住所享有使用權的住所使用證明；⑧全體設立人指定代表或者委托代理人的證明。農民專業合作社的業務範圍有屬於法律、行政法規或者國務院規定在登記前須經批準的項目的，還應當提交有關批準文件。申請登記的文件是農民專業合作社顯示組織合法存在的證明，也是成員資格和權利有效存在的重要證明，其真實可靠性是保證社會交易安全的必然要求。《農民專業合作社法》第五十五條規定，農民專業合作社向登記機關提供虛假登記材料或者采取其他欺詐手段取得登記的，由登記機關責令改正，情節嚴重的，撤銷登記。
二是規定了出資方式和評估方式。農民專業合作社成員可以用貨幣出資，也可以用實物、知識產權等能夠用貨幣估價並可以依法轉讓的非貨幣財產作價出資。成員以非貨幣財產出資的，由全體成員評估作價。成員不得以勞務、信用、自然人姓名、商譽、特許經營權或者設定擔保的財產等作價出資。
三是規定了成員的條件。具有民事行為能力的公民，以及從事與農民專業合作社業務直接有關的生產經營活動的企業、事業單位或者社會團體，能夠利用農民專業合作社提供的服務，承認並遵守農民專業合作社章程，履行章程規定的入社手續的，可以成為農民專業合作社的成員。但是，具有管理公共事務職能的單位不得加入農民專業合作社。
四是規定了成員的數量以及農民成員和企事業單位、社會團體成員所占的比例。農民專業合作社應當有5名以上的成員，其中農民至少應當占成員總數的80%。成員總數20人以下的，可以有1個企業、事業單位或者社會團體成員；成員總數超過20人的，企業、事業單位和社會團體成員不得超過成員總數的5%。
五是對成員身份證明作了具體規定。農民專業合作社的成員為農民的，成員身份證明為農業人口戶口簿；無農業人口戶口簿的，成員身份證明為居民身份證和土地承包經營權證或者村民委員會（居民委員會）出具的身份證明。農民專業合作社的成員不屬於農民的，成員身份證明為居民身份證。農民專業合作社的成員為企業、事業單位或者社會團體的，成員身份證明為企業法人營業執照或者其他登記證書。