六是規定了設立登記的程序。申請人提交的登記申請材料齊全、符合法定形式，登記機關能夠當場登記的，應予當場登記，發給營業執照。對不能當場登記的，登記機關應當自受理申請之日起20日內，作出是否登記的決定。予以登記的，發給營業執照；不予登記的，應當給予書麵答複，並說明理由。
同時，條例還針對農民專業合作社“民辦、民管、民受益”的特點，對農民專業合作社的章程作了以下兩方麵的規定：一是農民專業合作社的業務範圍由其章程規定。二是，農民專業合作社章程含有違反有關法律、行政法規規定的內容的，登記機關應當要求農民專業合作社作相應修改。此外，考慮到農民專業合作社對設立分支機構的需要及目前設立分支機構還不普遍的實際情況，條例根據一些地方工商行政管理部門、農業行政主管部門和農民專業合作社的建議，規定了農民專業合作社可以設立分支機構，比照條例的有關規定申請辦理登記，以方便並鼓勵農民專業合作社打開農產品銷路，更有效地為成員提供農業生產技術、信息服務。
登記程序由申請、審查、核準發照以及公告等幾個階段組成。《農民專業合作社法》第十三條規定，農民專業合作社登記辦法由國務院規定，並明確辦理登記不得收取費用。根據法律實施同步有效性的要求，農民專業合作社的登記辦法於2007年7月1日與《農民專業合作社法》同步實施。
案例介紹
雲南某地的農民組織起來成立了一個萬壽菊的生產協會，後更名為某萬壽菊農民專業合作社。但由於對《農民專業合作社法》不太了解，並未申請工商登記，也未取得法人資格。為了擴大生產急需資金，該合作社遂向當地銀行申請貸款5萬元。銀行工作人員告訴他們，我們不能以“專業合作社”的法人名義貸給你們，要貸款隻能以個人身份采取擔保方式進行。為什麼銀行不向該合作社提供以法人身份申請的貸款呢？
案例分析
登記和不登記是不一樣的。依照《農民專業合作社登記管理條例》，農民專業合作社必須經登記機關依法登記，領取法人營業執照，取得法人資格。未經依法登記，不得以農民專業合作社名義從事經營活動。登記是獲得法人資格的一個必經的程序，隻有登記的組織，才能夠取得法人資格，沒有經過登記的組織，就沒有法人資格，所以如果我們辦農民專業合作社，一定要盡量地去進行工商登記。不進行工商登記，生產經營活動當然也可以進行，但是和進行登記的就有一些不一樣。例如如果以合作社的名義訂立合同，但是沒登記的話，將來發生糾紛，就難以取得法律上的保護。而且如果不登記，就不能以合作社的名義去申請商標注冊，同樣也不能以合作社的名義去辦貸款。本案中的某萬壽菊農民專業合作社之所以不能以法人名義申請貸款，關鍵在於沒有經過法人登記，就不能以法人身份從事生產經營活動。