財務製度的完善是作為經濟組織的農民專業合作社良好運行的前提，也是保護成員利益的基本要求。為此，在《農民專業合作社法》中設立了財務管理一章。基於農民專業合作社與其他經濟組織相比，在設立條件、財產性質和結構、分配方式等方麵有著自己的特點，一般的財務會計製度並不完全適用於農民專業合作社。為此，法律規定，國家專門製定農民專業合作社的財務會計製度，農民專業合作社應當按照國務院財政部門製定的財務會計製度進行核算，這是對農民專業合作社財務會計工作的合法性要求。
（1）財務公開製度。法律確立了農民專業合作社的財務公開製度，便於成員通過成員大會等方式對本社的年度業務報告、盈餘分配方案、虧損處理方案以及財務會計報告等進行監督。
（2）公積金製度。由於農民專業合作社在經營中對資金的需求不同，因此是否提取公積金，由章程規定或者根據成員大會的決議確定。即法律沒有強製性的法定公積金要求。如果提取了公積金，應當用於彌補虧損、擴大生產經營或者轉為成員出資。同時，公積金應當根據章程規定按年度量化為每個成員的份額。
（3）成員賬戶製度。合作社成員賬戶的作用主要有兩個：第一就是要明確合作社成員和合作社之間的財產關係；第二就是要以賬戶為依據作為合作社盈餘分配的根據。合作社成員賬戶按照法律的規定，它主要記錄三項內容：成員在加入合作社時，對合作社的出資；合作社成員在合作社期間合作社提取的公共積累，量化為這個成員的份額；成員在合作社期間與合作社進行交易的情況。過去我們搞過合作社，後來又發展成人民公社。當時的人民公社是“一大二公”的製度，是吃大鍋飯的製度，在那個人民公社裏，人民公社的社員和公社之間的財產關係是不清楚的。為了打消廣大農民群眾對於辦合作社是不是又要重新歸大堆兒、重新搞“一大二公”的顧慮，法律規定了合作社成員賬戶製度，每個成員以賬戶記載的財產為基礎對合作社承擔有限責任。合作社賬戶製度也是國際上合作社普遍采取的一種製度，我們作這種規定也是為了與國際接軌。
案例介紹
某省農民專業合作社條例自正式施行，來自市級以上示範性農民專業合作社的50餘名負責人及財務人員結束了他們的培訓行程。他們一致認為，條例的實施，使合作社法人擁有包括銀行貸款、對外簽訂合同等方麵的資格，使農民獲得了以平等地位參與市場競爭的權利，成為真正的市場經營主體。但一些合作社由於財務製度不規範等現象，製約了規模化發展。要確保每戶農戶從財政資金中受惠，必須從財務製度入手加以規範。同時，作為具有融資功能的合作社，要吸納銀行資金，提高經營水平，健全財務製度。
案例分析
財務管理是農民專業合作社生存和發展的保障，加強合作社的財務管理，有利於合作社的健康發展，有利於維護合作社社員的合法權益。
合作社財務管理是法律的要求。《農民專業合作社法》明確規定了合作社財務管理的內容。合作社必須嚴格按照該法的要求，建立健全財務管理製度，編製年度業務報告、盈餘分配方案、虧損處理方案以及財務會計報告，為每個成員設立成員賬戶，開展內部審計工作，保證合作社財務依法規範運行。
合作社財務管理是合作社經營管理的要求。農民專業合作社的生存和發展離不開財務管理。合作社資金的籌集、使用和分配都與財務管理有關，合作社生產、服務、銷售、分配的每一環節都離不開財務的反映和調控。合作社的經濟核算、財務監督更是合作社內部管理的中樞，財務管理是合作社管理的重要組成部分，滲透到合作社的各個領域、各個環節之中。合作社的最終經營成果，都通過財務得到反映。加強合作社財務管理，能有效地籌集、運用資金，有效地控製經營管理成本，最大限度地獲得合作社對外經營利潤，確保合作社持續發展。
合作社財務管理是維護社員利益的要求。社員是合作社的所有者，合作社財務管理的最終目的是為社員服務。開展合作社財務管理，保證合作社持續發展，使社員在合作社的發展中不斷增加收入，實現社員利益的最大化。加強合作社財務管理，保證合作社財務依法運行，防止合作社在發展中被少數人控製，利益為少數人占有，維護廣大社員的利益。合作社必須依法規範使用各級政府的財政扶持資金，將扶持資金記入社員賬戶，保證這部分資金專款專用，不被私分或移作他用。