財務的規範管理是任何經濟實體得以健康發展的重要環節，農民專業合作社的財務管理也不例外。那麼，農民專業合作社在財務管理中常見的問題有哪些？
一是營運資金籌集難。
合作社的資金來源主要渠道有社員股金、金融機構貸款、合作社向社員（主要是理事會成員）及民間借款。
（1）注冊資金規模小。農民專業合作社大都由從事農業生產經營的農民組成，原始資本積累非常有限，以他們為主體組織起來的合作社經濟實力先天不強。有限的資本難以置辦所需的經營服務設施和取得技術資源。
（2）金融機構融資難。合作社從金融機構融資的主要渠道為農村合作金融機構。
（3）民間借款利率高。民資豐厚，民間借貸比較活躍，目前借款利率在12%左右，遠遠超過金融部門的借款利率，合作社民間借貸財務成本較高。
二是資金使用有隨意性。
（1）非生產性開支沒有標準。有些合作社的非生產性開支由理事長說了算，理事長想用多少就用多少，非生產性開支大，社員意見多。
（2）貨幣資金管理不規範。有些合作社沒有建立正常的審批製度，原始憑證沒有經手人、審批人簽字。有些合作社使用存折戶管理貨幣資金，沒有實行支票結算。
三是會計核算不規範。
（1）籌集資金未入賬。有些合作社在籌集股本金時沒有向社員開收據，會計賬麵不能反映出社員在合作社中所占的股份比例。有些合作社理事長另辦有公司，合作社在向其公司借款時不開發票，沒能在會計賬中核算，合作社債務資金得不到真實反映。
（2）原始憑證不規範。許多合作社在購買生產資料時未取得對方單位出具的正式發票；合作社存在著大量的自製原始憑證，真實性不強。有些原始憑證沒有經手人簽字，有些原始憑證沒有財務審批人審批。
（3）賬簿設置不完整。有些合作社隻設有總賬，沒有明細賬。從會計賬中看不出有多少社員、每個社員交納多少股金。有些合作社沒有將銷售非社員產品業務單獨進行核算，會計賬不能反映合作社銷售的真實情況。
（4）科目使用不準確。如有些會計不會使用“內部往來”科目，把合作社與社員之間的經濟往來記入應收款、應付款賬戶中。有些會計核算簡單化，把合作社的費用都記入經營支出。
（5）記賬手段待提高。大部分合作社還用手工記賬，記賬工作量大、效率低，不能適應合作社發展規模化的需要。
四是財務管理欠民主。
民主管理、財務公開是合作社財務管理的重要特征，也是財務製度的要求。但有些合作社財務收支情況長期不公開，有些合作社年終不召開社員大會公布一年來的經營情況，社員對合作社的經營情況不了解。有些合作社的收益分配方案沒有經過社員（代表）大會批準，分與不分全由理事長一人說了算。有些合作社有較好的經營收益卻不向社員分配收益，有些合作社隻是象征性地拿出小部分收益按交易額向社員分配。
案例介紹
某一楊梅合作社2006年各類招待費用高達5萬元多，而該合作社經營利潤51.2萬元，招待費用占經營利潤的10%。合作社成員意見很大，嚴重影響了其內部關係。
案例分析
農民專業合作社的財務為全體成員人心所係、時刻關注，因為它體現的是合作社的效益和全體成員可期待分配的利益。如果管理不規範，必然會危及合作社及其成員的利益。
本案隻是農民專業合作社財務管理中最常見的一種不規範現象，也是全體成員最為反感的行為。之所以出現這些現象，主要是因為內部製度不健全，或者資金使用計劃不合理，或者具體操作中存在隨意性。合作社作為一項農民互助式的經濟組織，成員期望的是入社後能獲取比個人單幹更多的效益。如果在一些非經常生產項目，比如本案的接待費中開支過大，必然會危及成員們對合作社的信任。長此以往，合作社也不可能得以健康發展。