完善農民專業合作社的財務管理製度是一項重中之重的工作。針對一些財務管理不規範不正確的現象，必須下大力度加以完善。
（1）完善合作社管理機構。健全社員（代表）大會、理事會、監事會製度。合作社重大事項必須經過社員（代表）大會討論決定；理事長要在社員（代表）大會的授權範圍內開展經營管理活動；監事會要切實履行職責，對理事會的經營管理活動進行有效的監督，對合作社財務運行進行監管。
（2）依法建立財務管理體係。在會計科目設計上要考慮不同合作社的經濟業務，增強可操作性。強化內部管理，健全合作社內部控製製度。合作社要建立健全貨幣資金、借款、采購與付款、存貨、對外投資、固定資產、銷售與收款等內部控製製度，建立內部審計製度，確保這些製度的有效運行。加強會計核算，全麵實行會計電算化。
（3）加強合作社財務民主管理。健全民主理財製度，堅持民主理財與社員監督相結合的原則，一些重大建設項目的決策、經營項目的選擇、財務收支計劃的製訂，都應經社員（代表）大會討論決定，及時向社員公開；對財務收支的執行結果，應定期公布，接受社員質詢。
（4）完善收益分配製度。嚴格按照《農民專業合作社法》規定對社員進行收益分配，合作社的收益分配方案必須經過社員（代表）大會批準，按交易量（額）返還比例不得低於可分配盈餘的百分之六十。完善積累製度。建立風險保障機製，設立風險基金，逐步建立合作社內部互保製度，幫助社員規避生產經營和市場風險。建立合作社發展基金製度，允許發展基金在稅前列支，鼓勵合作社從收益中提取發展基金，用於合作社擴大再生產投入，增強合作社發展後勁。