盈餘分配是合作社財務管理工作的核心，也是處理成員與組織之間以及成員相互之間利益關係的核心。對於合作社而言，與一般的企業法人不同，其利潤的形成既有成員出資的貢獻，也有成員與合作社之間交易的貢獻，因此，合作社的盈餘分配，關鍵是要合理確定交易量返還與按照出資分配的界限。根據《農民專業合作社法》的規定，合作社形成的可分配盈餘的分配辦法應當由章程規定或者經成員大會決議確定，其中，可分配盈餘的百分之六十以上應當以成員與本社的交易量為依據比例返還給成員，其餘部分以成員賬戶中記載的出資額和公積金份額，以及本社接受的國家財政直接補助和他人捐贈形成的財產平均量化到成員的份額，按比例分配給本社成員。這樣的規定有兩個方麵的意義。首先，可分配盈餘的大部分是按照成員與本社的交易量（額）向成員返還，有助於鼓勵成員利用合作社，也符合國際上合作社的通行做法；其次，以適當的比例按照出資額等進行分配，有利於鼓勵成員向合作社出資，緩解合作社在經營過程中的資金困難。《農民專業合作社法》第三十七條明確規定了可分配盈餘的計算方法和分配辦法。
（1）合作社經營所產生的剩餘，《農民專業合作社法》稱之為盈餘。舉個簡單的例子，假設一家農產品銷售合作社，將成員的農產品（假設共3000公斤）按11元/公斤賣給市場，為了彌補在銷售農產品過程中所發生的運輸、人工等費用，合作社會首先按10元/公斤付錢給農民，同時按每公斤1元留在合作社3000元錢。假設年終經過核算所有費用合計為2000元，這樣合作社就產生了1000元剩餘（3000元-2000元）。這1000元剩餘，實際上就是成員的農產品出售所得扣除共同銷售費用後的剩餘，即合作社的盈餘。
（2）可分配盈餘是在彌補虧損、提取公積金後，可供當年分配的那部分盈餘。如上麵的例子，雖然當年的盈餘為1000元，但如果合作社上一年有200元的虧損，在分配前就應當先扣除200元以彌補虧損。如果按照章程或者成員大會規定需要提取200元作為公積金，那麼當年的可分配盈餘就隻有600元（1000元-200元-200元）。
（3）可分配盈餘的分配，主要應根據交易量（額）的比例進行返還。根據《農民專業合作社法》第三十七條的規定，按交易量（額）比例返還的盈餘不得低於可分配盈餘的百分之六十。農民專業合作社是從事同類農業生產的農民組建的互助性經濟組織。成員利用合作社的服務是合作社生存和發展的基礎。比如農產品銷售合作社，如果成員都不通過合作社銷售農產品，合作社就收購不到農產品，也就無法運轉。對於農業生產資料合作社來講，如果成員不通過合作社購買生產資料，合作社也就失去了存在的必要。因此，成員享受合作社服務的量（即與合作社的交易量）就是衡量成員對合作社貢獻的最重要依據。成員與合作社的交易量也就是產生合作社盈餘的最重要來源（當然，成員出資也扮演了重要角色）。因此，《農民專業合作社法》規定，按交易量（額）比例返還的盈餘不得低於可分配盈餘的百分之六十。
（4）按交易量（額）的比例返還是盈餘返還的主要方式，但不是唯一途徑。根據《農民專業合作社法》第三十七條第二款的規定，合作社可以根據自身情況，按照成員賬戶中記載的出資和公積金份額，以及本社接受國家財政直接補助和他人捐贈形成的財產平均量化到成員的份額，按比例分配部分利潤。這是因為，在現實中，一個合作社中成員出資不同的情況大量存在。在我國農村資金比較缺乏，合作社資金實力較弱的情況下，必須足夠重視成員出資在合作社運作和獲得盈餘中的作用。適當按照出資進行盈餘分配，可以使出資多的成員獲得較多的盈餘，從而實現鼓勵成員出資，壯大合作社資金實力的目的。此外，成員賬戶中記載的公積金份額、本社接受國家財政直接補助和他人捐贈形成的財產平均量化到成員的份額，也都應當作為盈餘分配時考慮的依據，這是因為，補助和捐贈的財產是以合作社為對象的，而由此財產產生的盈餘則應當歸全體成員平均所有。