學生社團活動由社團全體成員參加。這種活動旨在豐富學校生活，配合學校更好地安排學習和其他活動。學生社團是學生自發的和自治性的組織，它是學生為發展自我教育能力，謀求學校生活的完善而建立的。每個學校的學生社團都有自己的會長、副會長、秘書、會員等工作人員，社團還有若幹附屬部，如圖書館部、通訊報道部、體育部、集會活動部、會員福利部等，社團中的所有活動都由這些部來組織。從效果來看，學生社團組織對發揚學校的傳統與校風，對維護校紀，以及在美化環境和形成學生良好修養等方麵確實具有一定的作用。俱樂部活動由興趣相同的學生參加，學生不分班級、性別，都可以參加俱樂部中的任何一項活動。俱樂部的活動在整個特別活動中占有極其重要的地位，很多中學也非常重視學生的特別活動。有些學校甚至將俱樂部的一些活動列入學分計劃。俱樂部活動的內容非常豐富，歸結起來，大致有三類：第一類是文化性俱樂部活動，包括文藝、詩歌、外語會話、繪畫、美術、攝影、茶道、花道、氣象、集郵、音樂等。第二類是體育性俱樂部活動，包括體操、田徑、各種球類、柔道、擊劍、登山、遊泳等。第三類是生產性俱樂部活動，包括園藝、家禽、木工、珠算、家政、服裝、烹調、手工製作等。
學校事務活動包括開學典禮、畢業典禮、各種競賽、體育運動會和旅行等。這方麵課程是學校學術課程的補充。這種課程的目的是激發學生的學習熱情。日本中學的學校事務活動通常場麵熱鬧。例如，在開學典禮或畢業典禮這一天，校長、學生、教師、家長以及社會各界名流都有熱情洋溢的講話，場麵壯觀、熱烈。
班級指導通常由班主任老師負責，內容包括指導學生適應學校生活，幫助學生克服學習困難和挫折，為學生選課提供建議，介紹學校圖書館等設施的狀況和圖書館等設施的使用，提供學術谘詢等。班級活動還有健康與安全方麵的生活指導，包括精神衛生和生理衛生教育兩方麵的內容，如青年期的生活特點，保證身心正常發展應注意的問題，不良行為習慣的防止、疾病的預防以及安全習慣的指導等。在有些學校，班級活動還擔負著人生觀教育的任務，具體包括對個性特征的分析認識、健康人生觀的確立、自覺勞動觀的培養等。
日本中學生的特別活動經費由兩大部分組成：一部分是學校組織的特別活動經費，主要由學校開支；另一部分是學生自行組織的活動經費，由學生自籌，而學生大多向父母伸手。當然也有學生家長捐助學生特別活動。
從日本中學生特別活動的組織來看，大多數學生對特別活動感興趣。在那些以為名牌大學輸送新生為己任的中學，特別活動開展的非常活躍。而在那些與升學無關的中學，尤其是職業中學，特別活動則顯得沉悶。學生參加特別活動的目的大多從娛樂出發，不全是認真地學習一技之長。現在，一方麵是由於參加特別活動而成績下降的學生越來越少，活動積極和學生成績優秀的學生愈來愈多；另一方麵，少數不願參加特別活動的學生通常業餘生活單調，不少人隻在電視機旁消磨時間。
特別活動中最熱鬧、最受學生歡迎的往往是各類文娛體育小組活動，其中以棒球小組的活動開展得最為熱鬧。特別活動一般由本校教師兼任指導員，活動時間一般是下午第二節下課以後。據統計，初中生大約有三分之二以上參加某一小組的活動，高中生參加特別活動的比例則更高。
特別活動的開展不僅有利於學生身心的協調發展，也有效地培養了學生相互協助的精神，增進了學生之間的友誼。因此，在日本特別活動成為最受中學生歡迎的“課程”。