由於軟冰淇淋營養豐富，特別適合於微生物繁殖，一旦操作不當，消毒工作沒做好，再加上夏、秋兩季溫濕度適合微生物繁殖，結果不但使產品不合格，失去其自身的營養價值，嚴重的還會危及人體健康。為了督促、檢查從原料、半成品、成品到操作人員以及各工序的衛生、消毒情況，軟冰淇淋廠必須建立質檢室，設專職人員按照國家標準、行業標準或企業標準中所規定的方法對產品進行檢驗，隻有符合質量標準的產品才可以出廠，未經檢驗的產品嚴禁出廠。
一、微生物檢驗室的要求
（1）微生物檢驗室一般分為大小兩間，小間為走廊，大間為工作室。
（2）走廊通道應該有掛衣處，以便在進入工作室前更換專用於微生物檢驗的工作服及工作鞋。
（3）恒溫箱與冰箱應該放在走廊通道內。
（4）走廊內應有洗手和消毒裝置。
（5）走廊與工作室應該有紫外消毒設施。
（6）走廊與工作室牆麵應鋪白瓷磚或塗刷防水性環保塗料，高度不低於1.8m。
（7）檢驗室應有空調，但出風口不應對著稀釋和接種的地方。
（8）走廊與工作室地麵應鋪大瓷磚。
（9）走廊與工作室要經常保持清潔衛生和幹燥。
（10）接種前室內要用紫外線照射不少於30min。
（11）接種工作器具要進行消毒處理。
（12）非微生物檢驗室工作人員不得進入室內。
二、對微生物檢驗室工作人員的要求
（1）工作時換上專用的工作服、鞋和帽。
（2）雙手洗淨並於含有效氯300mgkg的氯水中消毒，時間30～60s。
（3）接觸器皿和接種前要用75％酒精棉球擦手。
（4）稱取或移取樣品時，雙手不得接觸樣品。
（5）在稀釋與接種時動作要敏捷、準確，不得出錯。
（6）做好原始記錄。
三、菌落總數測定
軟冰淇淋菌落總數測定參照GB 4789.2—1994，具體檢驗程序如下。
（1）將樣品取樣放在樣品瓶內，置於46℃水浴鍋上融化並不時搖動。待樣品融化後用無菌吸管吸取25mL，移入滅菌過的含有225mL生理鹽水的廣口瓶或三角瓶內，充分搖動即成為1∶10的稀釋液。
（2）用1mL滅菌吸管吸取1mL 1∶10的稀釋液，沿管壁徐徐注入含有9mL滅菌生理鹽水的試管內，輕輕搖動混合均勻，即成為1∶100的稀釋液。
（3）另用1mL滅菌吸管吸取1mL 1∶100的稀釋液，沿管壁徐徐注入含有9mL滅菌生理鹽水的試管內，輕輕搖動混合均勻，即成為1∶1000的稀釋液。每次遞增稀釋時，換用1支1mL滅菌吸管。
（4）由高到低將1∶10、1∶100、1∶1000稀釋樣液分別吸取1mL，再分別注入滅菌培養平皿中，事先在平皿蓋上寫明產品名稱、批號及稀釋度。
（5）及時將涼至46℃的營養瓊脂培養基約15mL注入平皿中，平穩地左右旋轉使平皿內的樣液與培養基混合在一起。
（6）待瓊脂培養基完全冷卻凝固後，將平皿倒置於（36±1）℃的恒溫箱中培養（48±2）h。