財政作為國民收入分配和再分配的樞紐，在從源頭治理腐敗方麵發揮著重要作用。從反腐敗的實踐來看，一些腐敗問題的產生，往往與財稅運行機製的不完善有關。可見，建立健全財稅運行機製對預防腐敗有重要意義。尤其是在西部大開發戰略全麵實施的新形勢下，如何深化財稅體製改革，加大財稅製度創新力度，完善財稅運行機製，從源頭上預防和治理腐敗，為西部大開發戰略的順利實施提供堅強的政治保障和良好的投資環境，就顯得非常必要和迫切。
1978年以來，適應改革開放的需要，我國財稅體製和運行機製以市場化為導向，沿著製度化、規範化的軌道發展，由生產建設型財政逐步向公共財政轉變，其實質是重塑國家、企業和居民間利益的分配機製和激勵約束機製。這種體製和運行機製的自我完善，基本上適應了社會主義市場經濟發展的需要，規範了分配關係，硬化了預算約束，強化了財政監督，優化和提高了財政資金的配置和使用效率，有力地支持和促進了改革開放和社會主義現代化建設。但也必須看到，由於在轉軌時期許多改革還沒有到位，財稅運行中的一些深層次的矛盾還沒有得到根本解決。
（一）傳統財稅運行機製的主要弊端、危害及形成機理
改革開放以來，通過以“放權讓利”為主線的改革，打破了與計劃經濟體製相適應的財政統收的格局，但財政統支的局麵還沒有打破，財稅運行出現了收入分配秩序混亂、財權不統一以及預算管理改革進展緩慢等突出問題。這些弊端與財政的公共屬性相衝突，既是滋生腐敗的土壤，也是財政資金損失、浪費的重要原因，從而加劇了財政收支矛盾。
1.財稅收入渠道不暢，財政支出範圍不合理，財稅運行不良
20世紀70年代末到90年代初的市場化改革，重塑了激勵機製，使經濟格局和國民收入構成出現了積極變化，而稅製卻沒有隨之作相應的調整，稅收流失嚴重，稅收的聚財功能弱化，加之企業承包製包死了上繳財政的利潤基數，使財政收入不能與企業的效益同步增長，國民收入初次分配過度向個人和企業傾斜。1978―1992年，我國財政收入年均增長9.8%，扣除同期物價年均上漲6%，實際每年隻增長3.8%，而同期國內生產總值和國民收入年均分別增長8.9%和8.8%。財政收入占GDP比重由1978年的31.2%下降為1990年的15.8%，1995年降到10.7%的曆史最低點。從中央與地方的財政關係來看，財政包幹體製包死了中央財政收入，製約了中央財政收入的穩定增長，財政的宏觀調控能力減弱。財政收入格局的變化，客觀上要求財政支出規模隨之削減。然而，在既得利益格局難以觸動和財政支出剛性擴張的作用下，財政支出範圍沒有壓縮，反而還有所擴大，致使財政支出膨脹，財政連年出現赤字，財政在困境中運行。
2.預算外資金膨脹和體外循環衝擊了預算分配，肢解了財權
隨著改革的深入，預算外資金的規模急劇膨脹，與預算內資金並駕齊驅。1978年全國預算外收入相當於預算內收入的31%，1992年則相當於預算內的97.7%。預算外資金急劇增加，有著深刻的體製基礎和政策背景。在包幹製下，中央財政陷入了困境，無力支撐各項改革所需的成本，“中央請客，地方買單”的現象時有發生，加劇了地方的收支矛盾，於是，在“創收”的旗號下，各級政府部門轉而以非規範的行政手段去開辟“財源”，自立收費項目，介入財政分配，在示範作用下，“三亂”迅速蔓延，預算外資金快速膨脹起來。不言而喻，預算外資金的無序擴張，嚴重抑製了財政收入的正常增長，形成了惡性循環：預算內經費緊張A各部門創收A“三亂”增加A侵蝕預算內收入A預算內經費更加緊張A“三亂”泛濫。預算外資金，特別是各種亂收費、亂攤派、亂罰款現象泛濫，不僅加重了企業和農民的負擔，而且擾亂了分配關係。脫離財政部門管理和監督的巨額預算外資金的體外循環是一係列不正之風和腐敗現象賴以生存的土壤和溫床，部門和單位掌握的預算外資金成了自己的“小金庫”，部門利益的剛性化驅動必然導致這些部門權力的擴張和“越位”，直接進入市場尋租，用行政權力代替經濟權力進行交易，成為誘發各種腐敗現象的一個重要經濟根源。例如，有的單位用預算外資金濫發獎金、津貼，超標購買汽車，裝修房子，購置專控商品，搞高消費；有的單位違反金融政策，高息放貸，炒股票，炒房地產；有的單位送禮行賄。這一切都影響了黨和政府的形象，敗壞了黨風和社會風氣。從反腐敗的實踐來看，經濟領域的一些“大案”和“要案”均與預算外資金的失控有一定的關係，也從另一個角度說明了預算外資金膨脹的危害性。