在西部大開發中，如何采取有效措施，完善司法機製，預防司法腐敗，是一個十分重要也特別緊迫的課題。曆史經驗一再表明，當一個處於轉型期的社會，各種不同的利益處在不停變動的狀態之下，國家的立法往往無法及時地和具體地回應社會的變化。如果司法能夠很好地履行消除利益矛盾的職能，能對不當行為所造成的損害提供及時的法律救濟，便會有效地緩解社會矛盾，從而有助於社會平穩地轉型。相反，腐敗的司法卻是火上澆油。利益再分配過程中出現的各種矛盾，再加上訴諸司法而無從獲得公正救濟所帶來的絕望感很容易把社會置於火山口上。同時，西部大開發中市場經濟體製的完善，也使司法機關必須從組織體係到程序結構上實現從傳統的、以國家權力為中心的官本位的司法製度向與市場經濟相適應的、以當事人權利（利益）為本位的現代司法製度的轉變，突出現代司法製度所具有的獨立、公正和權威等特征，在國家權力與當事人權利的關係上建立有效的相互製約的機製。隻有這樣，才能有效解決司法腐敗的問題。
中共十六大明確指出：“社會主義司法製度必須保障在全社會實現公平和正義”，司法改革總的目標是“按照公正司法和嚴格司法的要求，完善司法機關的機構設置、職權劃分和管理製度，進一步健全權責明確、相互配合、相互製約、高效運行的司法體製”。為了實現這一目標，十六大報告提出三項要求：一是從製度上保證審判機關和監察機關依法獨立公正地行使審判權和監察權；二是逐步實現司法審判和監察同司法行政事務相分離，建立司法機關的財政保證機製；三是建設高素質的司法隊伍，為司法公正提供組織保證。據此，西部大開發中健全司法機製、預防司法腐敗應解決好以下問題：
（一）強化司法獨立性，排除幹擾，防止腐敗現象滋生
司法獨立在倡導法治、促進公正審判上的價值不可估量，其重要意義已為世界各國所認可。從司法體製上來看，司法獨立是整體司法體製完善的關鍵。當前，在我國實現司法獨立，要處理好以下四個方麵的關係：
1.要處理好司法機關與立法機關的關係
司法機關由人大產生，對人大負責，受人大監督，它的含義就是嚴格執法、公正裁判。司法機關履行了職責，就是最好的對人大負責。這裏講的對人大負責，就是對人民負責、對法律負責，決不是行政上下級隸屬關係的負責。人大的監督，應該是事後的、間接的、一般的監督，同時這種監督是集體性的。值得一提的是，人大是否對個案實行監督的問題，曾在全國人大引起了激烈的討論，這種做法不現實也不合法。第一，它無法確定個案監督的範圍，如重大案件的標準很難界定。第二，從民事角度上，強調個案監督表麵上看是加強了人大的權威，但實際上，使人大從最高的監督機關成為處理個案的具體機構，這就降低了人大的地位。而且人大陷入到具體的民事案件後，將會陷入到無止無休的雙方當事人的利益糾纏之中，如果支持一方當事人，那麼另一方當事人就會無止無休地找你，甚至上訪，這樣就會極大地損害人大的權威。特別是如果人大作出錯誤的決定，就會涉及國家賠償問題，這樣就會使人大處於一種很難堪的境地。第三，個案監督會有損司法的獨立性，因為如果最後由人大來決定個案的裁判，在某種意義上講是代行司法權力，這的確同我國憲法的權力分工原則不相適應，而且在一定程度上代替司法機構行使職權，對加強司法獨立沒有更大的好處。第四，從程序正義、程序公正的角度講，假如我們允許人大對個案監督，那麼對這個程序如何設計，將會遇到很大麻煩。在沒有公正程序保障的情況下很難達到預期的正義的效果。第五，人大是否有具體個案審查能力的專業人才也是個問題。總之，司法獨立與公正問題，最終要靠司法機構內部製度的完善和整體上提高法官素質來解決，而不是靠監督機關的幹預來實現。
2.要處理好司法與行政的關係
要強化司法的獨立性，並不意味著行政機關不能調處任何糾紛，關鍵是行政機關有沒有最終解決糾紛的權力。讓誰最終解決糾紛，這是關鍵。行政和司法的界限必須明確，隻能由法院擁有解決糾紛的最終權力，行政機關不能擁有最終解決權。從實踐來看，在這方麵確實還有許多的問題值得研究，如有的地方規定，企業在撤銷以後，由行政機關組織清算小組清算，這個規定是不是合法值得討論。行政機關不僅無權這樣做，而且這樣做會使行政機關陷入到將來的民事爭議程序中去。它們不是最終解決糾紛的機構，這樣的問題最終隻能由法院決定，清算小組應該由法院決定，不能由行政機關來決定。現在就出現了不少行政機關被起訴的情況，這就是沒有劃清行政和司法的界限。分清這個界限，就是要正確區分行政職能和司法職能的界限。司法不能受製於配合行政中心任務的目標，如基層人民法庭有的成了地方政府的具體執行機構，配合政府從事計劃生育、收糧征稅等工作，有損於司法機關的形象，還有一些地方司法機關和企業搞共建，這也可能影響司法公正。
3.要處理好司法與黨的領導的關係
黨的領導與司法獨立的關係問題是目前確立司法獨立原則帶有關鍵性的問題，探究這個問題，在中國特定的國情下應注意兩種傾向：一種是完全擺脫中國共產黨對司法機關的領導，建立“法官不黨”的司法製度，使法院徹底獨立。這種觀點顯然是錯誤的，因為中國迄今為止所進行的改革，均是自上而下的。尤其是西部地區廣大民眾的小農意識嚴重、民主意識淡薄，離開堅強有力的領導，任何改革最終都難以成功。而這個領導者在中國隻能由中國共產黨來承擔。司法體製的改革，牽涉到利益的重大調整，在這種情況下想擺脫黨的領導是非常幼稚的。另一種傾向是按兵不動，仍然堅持現有黨對各級審判機關的控製關係，在外部，隻注重審判機關與人大、行政機關的關係調整；在內部，隻注意法官與法院關係的調整。這種觀點過於膚淺，不能解決審判獨立的關鍵性問題。
正確的做法是在堅持黨對司法機關領導地位的同時，探討如何領導的問題。針對司法權旁落地方，使法製的統一性和權威性受到破壞這一實際，應當將受製於地方的法官考核任免權和法院的財權歸屬中央。具體辦法可考慮由中央組織部和全國人大共同組建法官資質審核委員會，該委員會應當以相應學者與專家為主體，其主要職責是考核與任免國家及地方的各級法官，與此相應，製定不同級別法官的任職條件及罷免程序，使該委員會的審核及任免工作有法可依。同時，采取地方各級法院院長由最高法院院長直接任命製。這樣做，可以切斷地方幹涉審判的人事通道，最大限度地避免審判權的地方旁落，以保證法製的統一。法院的人事權統歸中央後，財權的解決就順理成章了。可以考慮由最高法院向全國人大提預算案，由中央財政統一撥款，以保證法院經費的充足運用。法院的人事權和財權歸屬中央後，地方黨委和政府不當幹預審判活動的製度依據就不存在了。黨組織主要是地方黨委不應直接影響具體案件的審判工作。目前政法委的工作規則使得非法院部門控製法院的可能性大增，這一情形猶如蘋果從左手丟到右手，權力的合理分工徒有其表，反而加大了司法公正的難度，從長遠看不利於我們黨提出的依法治國目標的實現，可考慮予以改進。
4.要處理好法院與法官的關係
從法院內部來說，司法獨立不僅僅是法院的獨立，而且還應體現為法官的獨立，即法官行使審判權的獨立。
在獨立行使審判權這一點上，法官都應當是平等的。我國當前的司法改革，首先涉及的是審判委員會的功能問題，這一問題一時間引起很強的爭論。審判委員會對於保障裁判的公正、審判的質量，在曆史上確實發揮過重大的作用。但是，隨著法官隊伍的整體素質不斷提高，以及按照司法現代化的要求，對審判委員會的功能需要重新認識。比如在審判委員會存在的情況下，當事人很難做到申請誰回避；按照公正的程序，當事人應當有當麵陳述的權利，但是在審判委員會存在的情況下，當事人很難實現這種權利；按照公正的程序，審判應當公開，公開是最重要的公正程序，但在審判委員會存在的情況下，很難做到公開。特別是過多地由審判委員會討論案件，使法官產生案件辦好辦壞與自己無太大利害關係的心理，對公正裁判缺乏強大的責任心，造成即使這個案子出現問題，也是由集體負責，實際上就是無人負責。比如一段時間以來實行的“錯案追究製”，實際效果很小，其根源便在於此。長此以往，不利於我們法官隊伍整體素質的提高。青島市中院在這方麵的成功經驗很能說明問題。這是一個連環套，越加強審判委員會的職能越不利於提高法官的素質，法官素質不高又要更加強調審委會的職能。倒不如實行法官獨立責任製，真正地由法官獨立行使職能，獨立行使審判權，由法官對自己的裁判負責，使司法的權威和信用與法官個人的權威與信用相聯結，才能形成巨大的壓力，促使他不斷地上進，從而保證法官獨立後的裁判公正。所以，司法改革不應強化審判委員會的職能，而是盡量弱化它的職能，充分強化法官獨立審判責任製。