像亞裏士多德的其他學說一樣，三段論在豐富曲折的輪廓中，有不少錯誤隱藏其中。它引起了不少人的興趣，並進一步進行探索。首先，他混淆了特殊與普遍論證的關係。普遍的論證隻需要證明某一事物的普遍性或說明其特性中的共性就可以，但證明特殊性並不能單單依靠其不屬於普遍性就能說明。雖然普遍離開特殊便不存在，但三段論卻使人產生一種信念，即以為存在著一種證明賴以進展的具有這種性質的事物。特殊性是普遍性之外的一種屬性，其中的錯誤是割裂了特殊與普遍的概念（我們既不能說特殊是概念的基礎，也不能說普遍來源於特殊）。例如說圖形是特殊的，它必然在它的範疇中是普遍的，與別的範疇相比則無法比較。不能說平行四邊形是特殊的三角形，甚至也不能說不等邊三角形是特殊的三角形。特殊與普遍的概念隻出現在假定絕對的概念裏。在另一個方向上，亞裏士多德沉迷於用三段論證明涉及存在的永不錯誤的證明和涉及不存在的錯誤證明，並認為前者在三段論中的應用會更好。這也是一個關於特殊和普遍的推理問題。例如，他提出：“關於勻稱，勻稱是一個具有明確特征的東西，它既不是線，不是數，不是立體，也不是平麵，而是不同於這-切的東西——如果這類證明更接近於普遍證明，比特殊證明更少涉及存在，並且產生了某種錯誤的意見，那麼可以推知普遍的證明不如特殊的證明。”這就是所謂的“三段論的大小性”。其實情況是不同的，單憑推斷普遍和特殊是不能說明大小性的。即使不考慮外在物性的未知性，也不能用證明的方式推知是否有大小性存在，這其實是個思維習慣的問題。
在三段論中，邏輯學家的“氣質”和“個性”表露無疑。準確地說，亞裏士多德是一個具有濃烈偏愛興趣的哲學家，他所選擇的課題往往在他的撰述中發生了變形。我們在下麵所要探討正是這些被稱為“風格”的東西，它們其實是亞裏士多德的著述中和現代邏輯原則相悖的地方。亞裏士多德模糊種類的類別，這是使他的三段論倍受批判的主要原因。康德所說的“大範疇”和“小範疇”在他的學說裏根本毫無概念，即認為“柏拉圖是兩足動物”和“希臘人是兩足動物”中“柏拉圖”和“希臘人”的主語作用是一樣的。但實際上，“柏拉圖”、“希臘人”和“有些人”並不是一個種類，這實際是在抹刹個體與共相之間的特殊性，並給哲學認知帶來了許多麻煩。尤為突出的是，很多人沒有把注意力放在實際論證上，而隻是在邏輯推證上動腦筋，認為一個種類和個體本身是等同的，這就把無窮盡的混亂帶給了哲學。
亞裏士多德用“形式一樣”概括了“柏拉圖是兩足動物”與“希臘人是兩足動物”間的關係。然而仔細研究就會發現它們之間存在著明顯的差別，這是使三段論存在極大裂痕的地方。因為“希臘人是兩足動物”的前提是：必然存在希臘人這一實際事物，否則整個命題便要失效了。與這樣一個三段論類似：
“所有的希臘人是人，所有的希臘人都說希臘語，所以有些人是說希臘語的”；在希臘人這一範疇成立的情況下，命題即是正確的。因此，“希臘人”的前提即為兩個，可以分解為“希臘人存在”和“如果有東西被稱為希臘人，那他屬於人”的獨立結構。
“所有的獨角獸都是動物，所有的獨角獸都是獨角，所以有些動物是獨角的”；很顯然，這個命題是錯誤的。因為到目前為止，獨角獸這樣一種動物還沒有被驗證是否存在。
在命題的結構上，說“柏拉圖是人”和說“希臘人是人”是一樣的，但後者遠比前者困難。因為首先要確定要有“希臘人”這一群體存在才行，然而在三段論中並沒有包含這個邏輯推衍。在“柏拉圖是人”的論斷中，我們首先確定知道柏拉圖這個人，對於所有人來說，它應該包括聲音、影像、記述、文物等一大堆東西，於是我們幾乎可以斷定有“柏拉圖”這個人。“希臘人是人”就不同了，我們首先必須明確存在“希臘人”這一群體，其次還要了解到一個困難，即沒有一種不是人的東西可以歸並到希臘人當中，還要確證出希臘人並不包括一些不是人的東西。當然這隻是在純粹語法中才有意義，在實踐中毫無先例可言；然而，從精神意義上說，一個永生的人在邏輯上卻仍然是成立的，這就使簡單的三段論有可能充斥著語式結構上的混亂。亞裏士多德認為這是一個經常發生的情況——三段論證明的屬性，在某種意義上是首要的和普遍的，即便是被證明不屬於首要的和普遍的。一般人之所以認為這是犯錯誤，是由於“他們不能發現與個體相分離的更高的東西，要麼這樣的東西存在，但它應用於不同屬的對象時卻沒有名字，要麼證明的主體碰巧是作為另一事物一個部分的整體。盡管證明適用於包含在它之中的所有特殊事物可以作為它的全體的謂項”，實際上，我們已經看到，證明仍然不能首要地和普遍地應用於亞裏士多德的全否三段論。因此隻能敷衍地說，證明首要地和普遍地應用於一個主體時，它本身首先是屬於那主體的。沒有經過歸納，就不可能從一般中取得知識，同樣，沒有感性知覺，也不可能借助歸納得到知識。這一部分代表了他關於演繹邏輯和歸納邏輯應用的理論，即認知中有關通過歸納從個別到一般的普遍過程。可見亞裏士多德對於個別到一般、感性到理性的問題的解決是失誤的。要想驗明個別命題的真理性，必須從確定的一般命題中推導出個別命題。