在實施財政補貼的同時，對農業保險提供稅收優惠是國際普遍的做法，也是我國應予以重視的。稅收優惠是指對農業保險公司的農業險業務免征部分甚至全部稅種，以減少財政收入的形式來達到補貼農業保險經營的目的。
由於國家職能的多元化以及稅收政策目標的多元化，一國的稅收政策必然與該國的經濟政策、社會政策等有著十分密切的聯係。國家稅收政策基於財政收入的目的而進行征稅，但征稅又不能僅僅考慮財政收入，而要全麵地考慮到稅收職能，在分配收入、配置資源、保障穩定等方麵發揮稅收杠杆的重要作用，並運用稅收杠杆來推行國家的各種社會政策和經濟政策。因此，國家在確定稅收政策、製定稅收法律時，除考慮財政因素外，還要綜合考慮到經濟、社會等其他各種政策性因素，通過對不同的經濟活動確定征稅範圍和稅率以及征以不同的稅種，對市場經濟主體加以引導，以達到特定的社會經濟政策目標。
一、從稅收法律的可稅性理論來看政策性農業保險的稅收優惠
稅法的可稅性理論認為：收益性、公益性和營利性是確定稅收征稅範圍的三個基本要素。是否征稅，首先取決於是否有收益，這是征稅的基礎；如果收益主體是以營利為目的，其宗旨和活動具有明顯的營利性，則應當對其進行征稅；如果收益主體不是以營利性為目的，並且其宗旨和活動具有明顯的公益性，則不應當對其進行征稅；如果公益性組織存在營利性的收入，則應當對其營利性收入部分進行征稅；同樣，如果一個營利性的組織，其某些活動具有明顯的公益性，則應當對其因公益性的活動產生的收益給予一定的稅收優惠。
政策性農業保險經營主體有國有農業保險組織、相互農業保險社、農業相互保險公司、農業保險合作社和商業性農業保險公司等。依據該理論，政策性農業保險經營主體是否應該享有稅收優惠政策，應當分別視其收益性、公益性和非營利性三個基本要素而定。
1.收益性。一般而言，農業風險因自然災害發生頻率高、範圍廣、損害規模大，難以對其進行有效分散。與此對應，政策性農業保險具有高保額損失率、高費用率和高保費率等特點，其承保的風險和經營成本都非常高。實踐證明，單獨由農業保險經營主體經營農業保險，因其無法獲得收益，無法積累起充足的準備金，因此其根本無法經營下去。政策性農業保險產生的一個背景——商業性保險公司經營農業保險的失敗。國外一些發達國家為了發展農業保險，給予商業性保險公司很高的財政補貼，以吸引商業性保險公司參與農業保險經營，同時發揮商業保險公司的效率優勢。許多國家的經驗表明，農業保險經營主體的綜合賠付率一般都很高，如果能夠低到100%，就已經是很了不起。
美國在1981—2004年為例，賠付率隻有6年低於100%；保加利亞1957—1979年農業保險綜合賠付率為133%；匈牙利1968—1970年國營農場農業保險綜合賠付率為108%；波蘭1970—1975年農業保險綜合賠付率為75%，均高於保險界公認的70%的臨界點。可見，高綜合賠付率並不是一般商業性保險公司所能負擔得起的。迄今為止，還沒有哪個國家的農業保險保費收入能夠完全覆蓋賠償支出和管理費用。因此，政策性農業保險沒有收益性。
2.公益性。在微觀上，政策性農業保險可以穩定農民收入，保障農民生活，促進農業發展；在宏觀上，可以保障國家安全，促進社會穩定，減輕政府農業災害救濟負擔，平衡糧食進出口，平抑糧食價格，保護消費者的利益，具有極大的社會經濟效益，是具有正外部性的準公共品。對於政策性農業保險的公益性，很多學者早已形成共識。如有的學者認為：“農業保險為一種公益事業，與營利事業的性質大相徑庭。”“農業保險原為一種公益事業，不應以營利為目的。”也有的認為：“農業保險之重要任務，為保障農業生產者之經濟收益，以安定農業生產者之生活，故屬一種公益事業，而與營利事業之性質，迥異其趣，如令之私營，不僅難見成效，且易生流弊，故私營農業保險事業，在各國均不發達。”也有的人認為農業保險是準公益事業。總之，政策性農業保險的公益性是毫無疑問的。
3.非營利性。在政策性農業保險經營中，國有農業保險經營主體是根據法律設立的、負責執行政府製定的農業保險計劃的、不以營利為目的的政策性金融機構。其在經營中如有結餘，一般都轉為風險準備金。
相互保險社是最早的相互保險組織形態。相互保險公司和保險合作社都是從此發展過來。相互保險社、相互保險公司和保險合作社都是不以營利為目的，而以互助共濟為宗旨、幫助農業生產者分散農業生產風險的合作保險組織，不存在資本的收益。我國台灣著名的保險學者袁宗蔚認為，相互保險社、相互保險公司和保險合作社為非營利保險組織。民法學者將合作組織的性質界定為非營利性的。這些保險組織的經營如有盈餘一般由社員共享，或分別攤還，或撥為公積金。該攤還盈餘，與一般保險公司盈餘分配的性質完全不同。
商業性保險公司本身是以營利為目的的公司組織，但其參與經營政策性農業保險時，實際屬於營利性主體協助經營具有公益性的業務活動。
二、從賠償準備金看稅收優惠
參與農業保險經營的商業保險公司需要建立巨災賠償準備金，以用來應付巨災風險。對商業保險公司征稅，無疑將增加保險公司持有賠償準備金的成本負擔，從而不利於商業保險公司積極參與農業保險的經營。以所得稅為例，國家對保險公司征收所得稅增加了私營保險公司持有儲備資本的成本，相應的，保險公司對某一特定水平的災害保險所收取的保費也會增加。因為商業保險公司無法建立稅收延緩儲備，就必須增加保費，使保費收入能足夠覆蓋對投資收益的征稅額，以便可以與投資者得到從其他處獲得的相等收益。對自然災害保險來說，這可以算是稅收劣勢，因為保險人必須持有巨額準備金以在巨災發生時進行賠付。而且，為覆蓋對投資收益的征稅而增加保費，將導致更高的預期稅前收益，因而更進一步增加了預期稅收和保費。稅法中的損失前轉和後轉條款導致在災害賠償低的年份保險公司稅負高，在損失賠償高的年份稅負減少有限。保費的稅收負擔與損失概率負相關。在沒有稅收優惠的情況下，稅法明顯增加了發生頻率低，但損失巨大的巨災風險的保險費率。盡管保險人和再保險人可以減少災害保險保費的稅收負擔，但稅收實際上提高了發生次數少但卻巨災損失的保險價格。在成本高、需求低的情況下，商業保險公司隻能持有比所保風險所需規模更小的賠償準備金。小規模準備金在發生大災害的情況下隻會產生嚴重的不良後果，即保險公司破產數量增加，保險產品價格上升，更多的保單被取消或不再續保，政府幹預壓力加大等。巨災導致政府更多幹預的風險，從而會減少保險人承保嚴重風險的積極性，或要求保險人收取更高保費。如果給予商業保險公司所得稅優惠政策，則既可以增加商業保險公司建立巨災賠償儲備的資金供給，以作為防範保險人破產的“緩衝器”，增強持續經營能力，又可以加強保險人作為有效風險管理人在農業自然風險管理中的作用。因此，有學者建議，國家應該重新反思稅收政策對商業保險公司參與低頻率高成本的巨災保險中的反作用。