在韶州，他雖然得到了官府的護持和中國友人的幫助，使其得以新建傳教所，並使幾個中國人受洗入教，一切似乎都得到命運之神的佑護，但災難還是無情地降臨了。先是在當年陰曆新年，憎恨洋教洋人的平民百姓以石頭擲擊傳教士，似乎這是最好的新年禮物。其後，1593年，炎熱的七月烤沸了一群年輕人的熱血，他們十餘人結成幫夥，在一個深夜闖入教堂，用斧子砍傷了入華不久的傳教士石方西的頭。“上帝的使者們”終於抵擋不住塵世的長矛大刀，情急之中，利瑪竇從一扇窗戶跳進小花園，在那裏呼喊求救。打劫者雖被嚇散了，但他的腳卻被扭傷了。從此以後，隻要他走遠路，就會一拐一瘸，疼痛難忍。利氏的肉體遭遇，似乎成了傳教士們在以基督精神征服中國的道路上命運的象征：在儒學統治的中國，從事精神狩獵的傳教士們注定隻能駑足蹇步。
接下來的是，使利瑪竇如坐針氈的教民之間的官司。知府在利氏報案後，通過逼供查出打劫者乃係韶州賭徒，於是嚴加懲處，判處為首者死刑，同夥全被判刑三年。這一判決大出利瑪竇意料之外，他知道，若按此執行，韶州居民將會以敵意淹沒傳教士。驚嚇之下，他又去官府為凶手們求情免刑，但知府似乎偏要顯示他的鐵麵無私，執意著令送打劫者至肇慶按察司衙門，按察司也不聽受利氏的求情，維持原判。幸好，廣東都察禦史巡按州縣經過韶州，利瑪竇再次詳述全案情節，作證賭徒們並未搶走任何東西，這才避免了人頭落地的結局。近代教案中，常有些中國教徒借洋人之威殘害同胞者，更有傳教士借其靠山肆意侵占中國民眾財產、甚至奪民性命者。與此相比，利瑪竇的態度可謂明智之舉了。即便利氏如此適可而止，但那些隻挨了二十大板便了結案情的賭徒及其家屬們，對他仍不依不饒。他們在都察禦史啟程離開韶州時，演出了一場成隊跪呈狀子，控訴傳教士擾亂地方治安的鬧劇。都察禦史卻以遞呈狀子遲於他剛到韶州之時為理由，拒不受理，並喝令驅散眾人。中國曆史上的第一場教民官司，這才了結，但雙方都不同程度地丟了麵子。
到此為止，利瑪竇等傳教士在官吏和少數上層士大夫那裏得到的似乎主要還是好奇、同情乃至庇護；而在普通民眾中，除為數不多的人受洗入教外，大多數人對傳教士的反應則是好奇、猜忌和由糾紛導致敵意。因為在明末，少數幾個洋人入華誠如平靜水麵上擲來一塊小石，官吏們可盡情地在岸邊或船上觀賞由小石泛起的漣漪，而民眾的心理承受力隻不過受到水上漣漪的輕微衝擊罷了。他們不像官僚們那樣，可以享用傳教士們攜來的西洋奇物，如三棱鏡、時鍾等，相反，他們隻覺得村中的教堂和走街串巷的傳教士，擾亂了他們千百年來習以為常的單一種族的尊嚴和令人酣醉的寧靜。看來，這種文化上的差異，一旦導致官民一致，傳教士們得到的不是令其神往的“豐收”，便是滅頂之災。
利瑪竇早就打定主意：進入中國朝廷。如果能使中國皇帝皈依基督，那就不愁“中華歸主”了。為此，他一直夢想進入北京，韶州的遭遇更使他堅定了這一信念。1595年，希望之光在天邊閃現。是年五月，已退休的兵部侍郎石星受命去北京複職，因豐臣秀吉發動的侵朝戰爭需要他領兵參戰。石星進京時經過韶州，他早已聽說過西來奇人利瑪竇有驚人的記憶力，於是便想象他有別的異術，也許能治好他那患有精神抑鬱症的兒子，於是令召利瑪竇。利氏不失時機地對他說，治好他兒子的病需要時間，他本人願陪石星北上，幫助他兒子治病。而兵部侍郎卻隻願帶利氏到江西省會南昌。最後，一隻玻璃棱鏡延伸了利瑪竇的口舌能力：兵部侍郎答應帶他去南京。赴北京的希望之光剛一閃現，便隨即熄滅。
南京的遭遇，更令利瑪竇沮喪。古城金陵並沒有以鮮花迎接他，等待他的是驅逐令。原因很簡單，戰爭期間南京不宜接待外國人。利瑪竇隻得拿著兵部侍郎發給他的護照折回南昌。據這位虔誠的傳教士的記錄，當他在途中因心力交瘁而入睡時，他做了個夢。夢中上帝答應他，將在兩座皇都（指南北兩京）向他啟祥。看來這位狩獵者在一無所獲時，也隻能靠美夢來支撐他的精神和意誌了。