傳教士們攜來的是什麼樣的科學呢？
首先必須指出的是，利瑪竇在中國生活期間（1583～1610），正是近代之初，此時科學與哲學尚未完全分離，科學本身也尚未分化成眾多的門類見亞·沃爾夫《十六、十七世紀科學技術和哲學史》，商務印書館，1985年。近代科學初興之時，中世紀信奉的一套希臘思想（亞裏士多德）與近代科學先驅在一種複古傾向中信奉的另一套希臘思想（畢達哥拉斯精神），這種思想矛盾地共存於歐洲思想界見亞·沃爾夫《十六、十七世紀科學技術和哲學史》，商務印書館，1985年。因此，受過嚴格的神學教育，同時又吸收過一些人文主義學術成果的傳教士，他們傳授給中國士大夫的既有中世紀托勒密體係中的天文學、宇宙觀，如地球中心說，天有十重等；也有體現畢達哥拉斯精神的科學，如《幾何原本》、《同文算指》等；還有文藝複興後期地理學，如《坤輿萬國全圖》，也有從根本上改變了中國傳統的近代天文學成果，如徐光啟繪製的《見界總星圖》參見潘鼐《梵蒂岡藏徐光啟〈見界總星圖〉考》，載《文物》第一期，1991年。等等。
其次，至少就利氏來說，尚無阻撓近代科學技術輸入中國的明顯意向。例如，可能發明於16世紀末17世紀初的望遠鏡，已由利瑪竇輸入中國。至於哥白尼於1543年在紐倫堡出版的《天體運行論》，利氏確未加以傳播，因為哥白尼的體係經過了大半個世紀才在科學思想中牢固地樹立起來。直到1632年伽利略發表其擁護哥白尼學說的名著《哥白尼和托勒密兩大世界體係的對話錄》後，哥白尼學說才引起強烈反響。曆史條件的限製使得卒於1610年的利瑪竇生前隻能“接觸到那最新科學的邊緣”，因而也就無從加以傳播了。
第三，利瑪竇等人輸入中國並產生較大影響的主要還是希臘科學，可以說與近代科學理論和方法差距甚遠，但對於缺乏公理化、係統化、符號化的科學體係的中國士大夫來說，它確實具有解放的意義，因而頗有吸引力。因此，我們應將耶穌會士在主觀上的意圖（傳教）和做法（對近代科學傳播不甚充分、全麵），與其客觀影響或對中國文化的意義區別開來。這樣，我們便可客觀而大膽地斷言，利瑪竇理應比他的那位探險家同胞馬可·波羅在中西文明史上享有更崇高的地位。除卻宗教因素不論，可以認為，利瑪竇將作為比較能夠正確對待中國文化並為之作出過貢獻的優秀西方思想家而長存於曆史，而且，這一結論並不妨礙我們自覺地與那些背景複雜的利瑪竇吹捧者區分開來。
1610年5月11日，利瑪竇結束了他的天路曆程，上帝是否真的賜他以“聖徒”之號，那是我們不感興趣的問題。他在中國近三十年的活動表明，他的傳教策略更具靈活性，他對中國文化的寬容可以說已達到羅馬教廷能容忍的極限。以功利性說明利瑪竇的靈活性及其寬容性，誠然是最重要的原因，但我們還應注意到，利瑪竇曾像人文主義者那樣以崇信的態度引用西塞羅、塞涅卡甚至著名人文主義者愛拉斯謨的思想。如果不以絕對對立的觀點來理解耶穌會，尤其是具體的耶穌會士與文藝複興之間的關係，那麼，我們也許會承認，人文主義者那種對人性，對異族異教文化的同情了解的態度對他的影響，成為利瑪竇傳教策略的宗教底色上較為鮮亮的色彩。同時，也成為其靈活性、變通性的思想原因。當然，他並不是人文主義者，他首先是位神學家、傳教士。他的這種身份決定他將以自己的立場對中國文化尤其是對儒學作出評估、解釋和批判。