四、“人魂不滅”
西方中世紀的典型特征是充滿對立：有僧人與俗人的二元對立，天國與地上國的對立，靈魂與肉體的二元對立等等。較早論證靈魂不朽以及它與感覺世界（包括肉體）的對立的希臘人是哲學家柏拉圖，以差別和對立為特征的世界觀很容易使作為異教徒的希臘人成為基督徒，同時也很容易使它的哲學成為中世紀哲學的理論基礎。而作為“異教徒”的中國人，則對這種對立較為陌生。但靈魂與肉體、天堂與地獄的對立，在天主教中又是至關重要的教義，甚至可以說是核心觀念之一（“天主”當然最為重要），它們是靈魂得救這種終極關切以及賞善罰惡這種神學道德的基礎。《天主實義》第三篇雲：“人魂為神，不容泯滅，此為修道之基。”利瑪竇對這些教義的重要性，在他自己的中文著作中有清楚的闡述，對不了解這種重要性的中國人，利瑪竇隻好勉為其難，努力在附會儒學的基礎上向士大夫們進行灌輸。這種灌輸仍具有鮮明的利瑪竇（調和）色彩，導致中世紀僧侶苦修和禁欲主義的那種靈與肉的緊張對立在利瑪竇的中文著作中雖然也不少見，但他更多地將注意力集中在向中士證明靈魂的存在及其不朽上，而這種證明同樣是“因人事而證”，即不訴諸天啟神學；而且盡量在儒家經典中尋求附會性證據。
托瑪斯·阿奎那在阿奎那的正統神學理論中，人乃是具有物質性身體和精神性靈魂的實體，而靈魂則是人的本質形式。在漢語中找到一個與理性靈魂相對應的概念並非易事。利瑪竇或以精靈、或以人魂、或以靈才，稱理性靈魂。確實，以魂稱理性靈魂這種不死的精神實體是有冒險性的。在儒學中，魂與氣是不可分的，《禮記·郊特牲》言人死後，“魂氣歸於天，形魄歸於地。”但它終有一散，因而不是不死的永恒之體。利瑪竇為了不致使中士突兀感太強烈，仍采用了魂魄這個概念：“人有魂魄，兩者全而生焉。”這裏的魄仍指形魄，魂則是理性靈魂，它兼含植物之生魂，動物之覺魂，且“能扶人長養及使人知覺物情，而又使人能推論事物，明辨理義。”
在《天主實義》一書中，利瑪竇花了大量篇幅向中國人證明這種理性靈魂的存在及其不朽。
利瑪竇一再強調，正是靈魂使人與禽獸區別開來。人之所以能順公理之令，能以無形之事物為好惡——以超自然、超感官的事物為好惡之對象，能脫事物之形而形成抽象的觀念，能明達鬼神及諸無形之性（如真與善），能認識自己，具有自我意識，都說明了這種使人與禽獸區別開來的理性靈魂的存在。
無疑，在這些證明中，存在著眾多為士大夫不熟悉的異質哲學思想、觀念，其內容之基礎正是古希臘哲學中感官世界與抽象的理念世界的區別和對立；同時，也向中國人提出了一種較新異的哲學任務：認識自己——不隻是作道德反省，而是認識自己理性靈魂的本質。
如果說利瑪竇對理性靈魂之存在所作的證明帶有較多的哲學意味，那麼，他對靈魂不朽所作的證明則帶有更多的神學道德色彩。
利瑪竇認為天下之物皆由火氣水土四行相結以成，由於這四種元素的矛盾運動，物皆有壞亡，而靈魂則屬神性實體，與四元行無關，它是單一實體，因而不死。這一論證無疑取自柏拉圖《斐多篇》中的哲學論證，但這種形而上學的哲學論證並不是利瑪竇全部論證的核心，占大量篇幅的仍然是或從經驗事實出發或從道德出發的論證：人心之欲傳播善名、忌遺惡聲；人之冀愛長生且祈望來世之福；人心之難從現世事物得到滿足；人性之懼死；善惡之報應與現報之不公平，均被利氏用作證明靈魂不朽的經驗事實。值得注意的是，在第一個證明中（人心皆欲傳善名），利瑪竇以中國人的祭祖習俗來證明靈魂不朽。他認為中國人祭祖之禮的前提是承認靈魂不死，正因為靈魂不死，先祖才可“聽吾告哀”，這種以貼近的生活現象證明玄遠的神學結論（靈魂不死）的方法，也許會使部分士大夫較容易理解、接受天主教教義，但對那些浸潤於程朱理學中的士大夫來說，則不一定能收到這種效果。