袁世凱不害怕孫文和黃興，倒是真有點懼怕章太炎，隻要章神經指著誰的鼻子一罵，誰就會聲望大跌，身價大減，身體大病。筆頭和嘴巴都相當了得的孔教會總會長康有為也難逃此劫，袁世凱可不想沾染上類似的晦氣。若是別種類型的爛筆頭文人、爛嘴巴瘋子，十個百個千個，早被他下令格殺勿論了。舉世都稱章太炎為“民國之禰衡”，這人可萬萬殺不得。袁世凱讀過史書，知道身為君王，撲殺國士，會遭致千秋惡名，他有所顧忌。當年，曹操將那位當眾裸著身子擊鼓、罵他個狗血淋頭的禰衡作為“珍貴禮物”，奉送給荊州牧劉表，打的就是借刀殺人的如意算盤；劉表也不是缺心眼的傻蛋，立刻將這燙手的“山芋”扔給了麾下的大將黃祖，他明知黃祖是一介莽夫，不怕戕害了國士，遭千秋唾罵，劉表此舉同樣是存心嫁禍於人。
袁世凱左想右想，決定壓曹操半肩，高劉表一頭，把事情做得像朵雲軒信箋一般漂亮。他派陳宧買通依附於他的共和黨黨部負責人，以“主持黨務，共商國民、共和二黨聯合事”為由，把章太炎（時任共和黨的副理事長）誆騙到北京來，加以監視，免得他手揮如椽巨筆，在南方的報紙上大放厥詞，專向北京政府發難。
章太炎仍是那種固有的作風，明知山有虎，偏向虎山行，他對新婚妻子湯國梨說：“當年無奈，出走日本，今天光複了，再避居國外，豈不為外人訕笑？我當入京麵數袁世凱禍國之心！”他到了北京，心血來潮，揮翰作詩數首，其中一首七絕豪氣幹雲：“時危挺劍入長安，流血先爭五步看。誰道江南徐騎省，不容臥榻有人鼾。”袁世凱將章太炎騙到北京，先加以優禮，若能軟化固屬上策，不能軟化再軟禁不遲。他同意章太炎創設考文苑（國學研究院）。然而章氏提出的四十名研究人員、數十萬元開辦經費卻受阻於農商部長張謇。章太炎願意縮小規模，改辦弘文館，招聘專門人才編纂詞典，卻依然毫無著落。說到底，袁世凱隻想用高薪（月薪500大洋）將這位大師穩住，免得他多生事端。然而，章神經之為章神經，又豈是貪財好利之輩？又豈能常日閑得無聊？他喜歡讀報，交遊，唱反調，罵高官，發表奇談怪論，一肚皮的不合時宜。他處處聽來和看到“老猿”樁樁件件齷齪事，心氣如何平順得了，嘴巴哪能關住風？他潑不熄攻心的怒火，決定去找那位獨夫民賊當麵理論一番。大冷的天氣，他蹬一雙破棉靴，穿一領油油的羊皮襖，手中握一把鵝毛扇，扇墜吊著一枚景泰藍大勳章，不衫不履，不倫不類。接待員要他出示名片，他白眼一翻，大叫：“誰人不知，哪個不曉，我是在上海坐過三年西牢的章神經！”他捺著火爆性子在接待室中踱來踱去，眼見總統府秘書長梁士詒談過了，國務總理熊希齡談過了，副部長向瑞琨談過了，還輪不到他。一怒之下，他厲聲罵道：“向瑞琨，隻不過是一個乳臭未幹的小孩子，尚且見得，難道我見不得？”他不管三七二十一，徑直往裏闖，警衛出手阻攔，雙方立刻起了衝突，章太炎索性一不做，二不休，操起桌上的花瓶朝大總統畫像猛力擲去，哐啷一聲巨響，“大總統”碎骨粉身。章太炎闖了禍，被衛兵強行捉入馬車，當晚，隻得委屈在憲兵教練處過夜。滿腔怒氣耿耿難消，他又指名道姓不依不饒地罵袁世凱為“包藏禍心”的“竊國大盜”和“獨夫民賊”，勢必“身敗名裂”，“遺臭萬年”。他精神極旺，反反複複咒個不停，罵個不休，看守他的衛兵不堪其虐，趕緊找來棉花，塞住耳朵。
袁世凱左思右想，章太炎可不能有一丁點閃失，要不然，天下的筆杆子找他算賬，絕不會比天下的槍杆子找他算賬更省心更省事，於是他手書八條指示，給軍政執法處處長陸建章。這八條指示如下：
一、飲食起居用款多少不計；
二、說經講學文字，不禁傳抄。關於時局文字，不得外傳，設法銷毀；
三、毀物罵人，聽其自便，毀後再購，罵則聽之；
四、出入人等，嚴禁挑撥之徒；
五、何人與彼最善而不妨礙政府者，任其來往；
六、早晚必派人巡視，恐出意外；
七、求見者必持許可證；
八、保護全權完全交汝。
章太炎被捕的消息一傳開，便有高層的故舊前往總統府為他緩頰（求情）：“袁總統有精兵十萬，何必畏懼一介書生，不恢複章某的自由呢？”袁世凱的秘書張某回答道：“太炎的文筆，可橫掃千軍，亦是可怕的東西！”輿論的壓力太大，袁世凱不好給章太炎攤派罪名，就定了個“瘋子病發違禁”的滑稽名目，以緩和外界批評，求得大家諒解。但不少旁觀者仍拭目以待，看袁世凱會不會殺掉“民國之禰衡”。老狐奸這回偏不殺，要大家慢慢欣賞他的大仁大德。
袁世凱琢磨來琢磨去，雖然眼下形格勢禁，不宜妄動殺機，可也不能放虎歸山，還是預留一手為妥。他下令將章太炎幽禁在北京龍泉寺，後遷至錢糧胡同的新居徐宅，這所房子傳聞是一所凶宅，翌年（1915年），章太炎的長女與夫君龔未生發生口角，先生怒罵她“幹嗎不去死”，結果她真就尋了短見，在徐宅自縊身亡。先生為此痛悔不已。
在錢糧胡同的居所，身遭軟禁的章太炎可以讀書寫作，警方也不阻攔其親友和弟子前來探望。但有一點很明確，即不準許他出門參加任何社會活動。章神經哪裏受得了這套全天候包餃子似的“照顧”？他要泄憤是不會找不到辦法的，先是在八尺見方的宣紙上大書“速死”二字，懸掛於廳堂正中；然後滿屋子遍貼“袁世凱”字樣，以杖痛擊，謂之“鞭屍”。他還有一個消遣同樣出人意料，把得意弟子黃侃叫來，口授《中國文學史》講義，由黃侃悉心整理，師徒二人常挑燈夜話，雞鳴而止。遭軟禁而不廢學術，此公真好精神。
最讓人忍俊不禁的是，章太炎召集寓中所有仆役，頒示六條規矩：
（一）每日早晚必向我請安；
（二）在外麵見到我，必須垂手而立；
（三）稱我為“大人”，自稱曰“奴仆”；
（四）來客統統稱“老爺”；
（五）有人來訪，無論何事，必須回明定奪，不得徑行攔阻；
（六）每逢朔（農曆每月初一）望（農曆每月十五日，有時是十六日或十七日），必須向我行一跪三叩大禮。
章門弟子錢玄同感到好奇，問老師為何要訂立這六條家規？章太炎的回答堪稱一奇：
我弄這個名堂，沒別的緣故，隻因“大人”與“老爺”都是前清的稱謂，至於“先生”，是我輩革命黨人拚死獲得的替代品。如今北京仍是帝製餘孽盤踞的地方，豈配有“先生”的稱謂？這裏仍是“大人”“老爺”的世界，讓他們叩頭，不是合情合禮嗎？
軍政執法處處長陸建章（此人心狠手辣，以草菅人命、濫殺無辜著稱）遵照袁世凱的旨意，對章太炎嚴加防範，為了確保後者的生命安全，直接限製其行動自由。章太炎憤而致書袁世凱，結尾處有這樣的妙語：
若縶一人以為功，委棄文化以為武，龍翱翔於千仞，覽德輝而下之，炳麟其何愧之有！設有不幸，投諸濁流，所甘心也。書此達意，於三日內答複。
章太炎洞悉袁氏及其爪牙的用心，在致湯國梨的家書中，即有所揭露：
人生至此，亦焉得不求死地，使彼能以白刃相加，所欣慕也。彼意乃欲縶維之，挫折之，而不令一死，以召謗議，此其可恨者耳。
其後，章太炎兩度絕食，以死相抗，並寄舊衣一襲給夫人湯國梨，表示訣別，信中氣調甚為悲苦，頗有點自悲自悼的意思：
以吾憔悴，知君亦無生人之趣。幽居數日，隱憂少寐。吾生二十三歲而孤，憤疾東胡，絕意考試，故得精研學術，忝為人師。中間遭離亂，辛苦亦至矣。不死於清廷購捕之時，而死於民國告成之後，又何言哉！吾死以後，中夏文化亦亡矣。言盡於斯，臨穎悲憤。
他的另一封信更是奄奄一息的告白，信中再次提到了“死”字，不過有點滑稽：
湯夫人左右，槁餓半月，僅食四餐，而竟不能就斃，蓋情絲未斷，絕食亦無死法。
湯國梨收信後，擔心瘋子老公就此一命歸西，當即拍電報給總統袁世凱和副總統黎元洪，說是“外子生性孤傲，久蒙總統海涵”，這回仍請求他們高抬貴手，萬萬保全章太炎的性命。
章太炎絕食，身體一天比一天羸弱，精神一天比一天衰減，這不僅使袁世凱大傷腦筋，也令章太炎的諸位高足弟子（錢玄同、許壽裳、朱希祖、黃侃等人）痛心不已，可是他們千方百計也無法使章太炎改變死誌，立刻進食。還是學者馬敘倫有計謀，他去探望章太炎，好友相見，章太炎精神一振，論及眼下不堪收拾的人事和國事，談興極濃，自午及暮，意猶未盡。馬敘倫看看天色，起身告辭，他說：“我得走了，中午出來太急，沒有吃飯，現在已經饑腸轆轆。”章太炎說：“這事好辦，讓我的廚子給你準備飯菜。”馬敘倫又是搖頭，又是擺手，他說：“使不得，使不得，你正在絕食期間，我在你麵前據案大嚼，有違仁道，怎能下咽？我真要吃下這頓飯，傳出去，豈不為天下士人君子所不齒？”章太炎一心要挽留馬敘倫，當即答應與他一同進食。
還有一個與章太炎絕食相關的版本，由掌故大家劉成禺提供，他在《洪憲紀事詩本事簿注》中寫道：袁世凱擔心章太炎絕食而死，總統府谘議王揖唐便毛遂自薦，去當勸食使者。王揖唐曾是章太炎的門下士，助後者創建過統一黨。他在龍泉寺現身，行跡可疑，章太炎責問他是不是來為袁世凱當說客，他連稱“不敢”。此後，王揖唐與章太炎聊了好一陣子家常和其他瑣事，章先生的臉色由陰轉晴了。王揖唐這才返回主題，隨意問道：聽說先生將絕食而死，真有這樣的事情嗎？章太炎頷首承認，他說：吾不等袁賊來殺，寧肯自己餓死。王揖唐對此不以為然，他說：先生這樣做，袁賊一定會樂不可支，他要殺先生，易於反掌，想殺而遲遲不敢下手，必定另有原因。論奸詐，袁世凱與曹操功力相當，而先生的名氣勝過禰衡，他不敢殺你，乃是不願在曆史上留下殺害國士的惡名。先生自願餓死，袁世凱正中下懷，既無殺士之名，又除心腹之患，先生為袁世凱謀算得很好，卻為自己考慮得不周，豈不是要使親者痛而仇者快嗎？章太炎聽王揖唐這麼一說，就立刻放棄絕食，重新進餐。
到了1915年下半年，袁世凱內心的帝王癮類似於狂犬病，驟然大發作，籌安會“六君子”抓緊時機，竭力宣傳，慫恿各界名流上書勸進。於是全國很快就鬧騰得臭烘烘如糞廁。這時，有人想邀功，在袁世凱麵前自告奮勇，聲稱他可以說服章神經，使之放棄故壘，前來投誠。須知，章太炎清望極高，影響深遠，他若肯撰文擁護帝製，則局麵大可刷新。翌日上午，袁世凱萬萬沒想到收效竟如此之快，章太炎就教人把信送了過來。袁世凱品著烏龍茶，心情好不舒暢，可是信還沒讀完，他臉上的喜色驀然全消，化為一片寒冰。
某憶元年四月八日之誓詞，言猶在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非唯民國之叛逆，亦且清室之罪人。某困處京師，生不如死！但冀公見我書，予以極刑，較當日死於滿清惡官僚之手，尤有榮耀！
袁世凱這回可真是被激怒到了“非殺此人，不足以消吾心頭之恨”的地步，但外界的輿論盯得太緊，再說，演禮儀、試龍袍在亟，節骨眼上，別敗壞了自家的興致，姑且饒他不死，多活幾天吧。心平氣和了，袁世凱的姿態擺得蠻高，以滿不在乎的語氣說：“彼一瘋子，我何必與之認真也！”
章太炎在雪亮的剃刀下任意旋轉頭頸，不怕割斷喉嚨，真是好膽色，尋常的讀書人哪有這份專捋死神之虎須的神勇？魯迅在其回憶文章《關於太炎先生二三事》中由衷地讚歎道：
考其生平，以大勳章作扇墜，臨總統府之門，大詬袁世凱包藏禍心者，並世無第二人；七被追捕，三入牢獄，而革命之誌，終不屈撓者，並世亦無第二人；這才是先哲的精神，後生的楷範。