麥哲倫約於1480年出生於葡萄牙北部海港城市波爾圖，父親叫路易·德·麥哲倫，是個小貴族，母親叫阿爾達·梅斯桂塔。他本人的葡語名為Femao de Magalhaes，西語名為Fernando de Magall-anes，英語名為Ferdinand Magellan。麥哲倫大約10歲時進王宮當差，12歲時當上了王後列奧諾爾的侍童，長住裏斯本。大約在1496年，麥哲倫進入國家航海事務廳，開始熟悉航海、探險方麵的各項工作。
在地理大發現的年代裏，參加國家組織的遠征隊、探險隊，已是西歐一些經濟拮據而又以封建貴族自居的騎士們的一條重要出路。在獲取東方財富和遠洋探險榮譽的吸引下，麥哲倫也與一些商人、傳教士、冒險家、遊民一樣，積極要求參加遠征探險隊。1500年卡伯拉爾領導的發現巴西和二航印度，1502年達·伽馬領導的三航印度，麥哲倫都曾申請參加，但都沒有如願。直到1505年麥哲倫才獲得參加遠征隊的機會，開始了航海探險發現殖民的生涯。
這支遠征隊由葡萄牙派往印度的第一任總督阿爾梅達率領，包括20多艘艦船和2000多各類人員。麥哲倫在船隊中當一名水手。遠征隊在去印度的途中，麥哲倫參與了對非洲東海岸的文明城邦基爾瓦、蒙巴薩的搶劫。1506年3月，在科那諾爾（印度馬拉巴海岸卡利庫特以北）海戰中，葡萄牙人以寡敵眾，麥哲倫第一次受重傷。創傷尚未痊愈，他就被派往東非海岸的文明城邦索法拉一帶，參加修築據點要塞和搜集當地情報的工作。1508年2月，麥哲倫被召回到馬拉巴海岸的柯欽城，此時柯欽已被葡萄牙人占領，成為阿爾梅達的駐地了。1509年2月，麥哲倫參加了第烏海戰，第二次受傷。這次戰役葡萄牙以少勝多，大敗阿拉伯一印度聯合艦隊，奪得了印度洋上的霸權。同年8月，麥哲倫又被編入一支武裝船隊繼續向東探索，開始遠征馬六甲和馬來群島（Malay Arch。）。9月葡萄牙船隊進入馬六甲港。由於葡萄牙人鳴槍騷擾，遭到當地居民和亞洲各國商人的強烈反對，結果葡萄牙人被趕走。麥哲倫隨之返回柯欽。1510年初，麥哲倫參加了進攻卡利庫特城的戰鬥，進攻被打退，麥哲倫也再次受重傷。
1510年春，麥哲倫傷愈後決定返回葡萄牙，途中因船隻在離印度海岸數百英裏的巴杜恩沙洲觸礁，不得不繼續留在印度。在這次海難中，麥哲倫帶頭克服種種困難，鼓勵全體遇險海員，與隻顧自己的官員鬥爭，直至救援船隻到來。此後不久，麥哲倫被提升為船長。1510年末，麥哲倫參加了侵占印度果阿的戰役，由葡萄牙新任駐印度總督阿爾布凱爾基指揮。1511年，麥哲倫又第二次參加對馬六甲的遠征。1512年和1513年初，他又在蘇門答臘、爪哇、馬都拉、蘇拉威西、布魯、安汶和班達群島等地進行探索和遊曆。這些地方都屬馬來群島，是馬來語係地區。
1513年，麥哲倫回到裏斯本，但沒有得到國王的什麼封賞獎酬和一官半職。因生活困窘，麥哲倫又參加了對北非摩洛哥的征伐，圍攻阿劄摩爾。在這次戰役中，麥哲倫第四次受重傷，並落下了瘸腿的殘疾。跛子不便於行軍、奔跑、乘馬，不適於在陸軍繼續幹下去。這實際上促使麥哲倫更眷戀航海和海軍。從北非回到裏斯本後，因有人說他曾把擄獲的畜群賣給敵人摩爾人，還說他離開摩洛哥是擅自脫逃，因此國王一度要審判他，後來雖然沒有審判，但麥哲倫就很難從國王那裏有所企求了。1516年初，葡王曼努埃爾再次拒絕了麥的加薪要求，並告訴他可以到別處去出力效勞。曼努埃爾沒有想到，當初為了省下麥哲倫所請求的每月增薪一個半銀幣，後來竟為麥哲倫因首先到達摩鹿加一香料群島而付出了35萬枚金幣。
在東方8年的海洋生活和不斷的征戰，使麥哲倫學會了各種航海本領，熟悉了東方的許多情況。這些為他製定宏大的遠航計劃創造了良好的條件。而且這8年的經曆也逐漸使他養成了頑強、堅韌、凶猛、機警的性格。這些對於他後來進行環球航行是有裨益的。