在宋代理學思潮勃興之後，陰陽五行理論的一大特點是與氣化理論的結合。這種結合，在董仲舒那裏就曾出現。董仲舒的陰陽五行都是一種氣蘊。理學家們就是以董氏的氣化論為藍本，加以擴充。在理學大師看來，“理”固然是哲學上的最高範疇，作為宇宙本體的“理”，是天、地、人、物賴以存在的根據，是超時空而永存的終極本體，但這個終級本體並非孤獨的形上實存，而是落實於形下之氣，與形下之氣相互發明，相互支撐的最高實體。理、氣關係構成了理學邏輯結構的主體框架。理是萬物存在的依據，氣是構成萬物的材料，兩者之間有本質與現象、依據與形式的關係。周敦頤的《太極圖說》向人們展現了一幅萬物化生的圖式。萬物起源於形而上的神秘本體——“太極”，太極動而生陽，靜而生陰，陰陽的生化導致五行和萬物的產生，但又以太極為歸宿。這個本體既是生化的源頭，又是生化的依據。值得注意的是，這裏的五行也是一種氣，是成為凝合萬物的質料與元素。朱熹也以陰陽五行為形上之理與形下之器的中介，是“生物底材料”。朱熹把天理界定為形而上的存在，而這種質料則是屬於形而下的範疇的，形而上的理要在人間獲得展開，則不能與形而下的陰陽五行之氣或離，自然與社會、人生都附著陰陽五行之屬性。人類曆史的進程同樣也可用陰陽五行予以解釋。事實上，宋儒不但在自然觀中大量地引用陰陽五行之氣作為解釋自然世界的質料，而且也將這種學說移置入曆史學領域，將“陰陽消長、氣之不齊”看作是社會曆史盛衰變動的根據。朱熹有一段話很能體現這種思想特質：“氣運從來一盛了又一衰，一衰了又一盛，隻管恁地循環去，無有衰而不盛者。”氣運理論成為宋儒解釋中國曆史演進過程的最佳學說。
二程將“天理”視為產生世界萬事萬物的總根源，是支配萬事萬物的終級存在。因而，社會曆史的發展，也必須受著天理的支配，遵循天理的準則。他們也承認曆史是發展的變化著的，具體地說，曆史與自然界的事物一樣，有盛衰變動的過程：
有天地之盛衰，有一時之盛衰，有一月之盛衰，有一辰之盛衰，一國有幾家，一家有幾人，其榮枯休戚未有同者，陰陽消長，氣之不齊，理之常也。
程氏兄弟把三代之治看作是符合天理的完善社會，是曆史的盛景，而秦漢以下則由於人欲的無限膨脹吞噬了人心中的主觀道德精神，造成社會積弊叢生，混亂之世不絕於史，這些亂世顯然就是曆史上的衰境。二程認為，由於天理的表現形式氣的運動變化，社會曆史非常自然地出現周期性的盛衰變化：“氣自是有盛則必有衰，衰則終必複盛……孟子言‘五百年必有王者興，其間必有名世者’，大數則是，然不消催促他。”“氣有淳漓，自然之理。有盛則必有衰，有終則必有始，有晝則必有夜。”他們進一步斷言，這種盛衰的變動有宏觀曆史階段的盛衰之變，也有微觀曆史階段的盛衰之變，但從總體上說曆史是在這種不停頓的盛衰循環之變中趨於退化的：
盛衰之運，卒難理會。且以曆代言之，（五）帝，三王為盛，後世為衰。一代言之，文、武、成、康為盛，幽、厲、平、桓為衰。以一君言之，開元為盛，天寶為衰……然有衰而複盛者，有衰而不複反者。若舉大運而言，則三王不如五帝之盛，兩漢不如三王之盛，又其下不如漢之盛。至其中間，又有多少盛衰，如三代衰而漢盛，漢衰而魏盛，此是衰而複盛之理。譬如月既晦則再生，四時往複來也。若論天地之大運，舉其大體而言，則有日衰削之理。如人生百年，雖赤子才生一日，便是減一日也。形體日自長，而數日自減，不相害也。
曆史的循環演進與自然界如天地日月的循環運行是有所不同的，日月可以幽而複明，晦而複生，四時循環交替，無有盡時，但人類曆史的循環演進雖然在某種程度上也類似於天地日月的循環往複，不過在本質上卻是非常不同的。因為從整個的曆史趨勢看，“三王不如五帝之盛，兩漢不如三王之盛，又其下不如漢之盛”。日漸衰削是社會曆史總體上不可逆轉的趨勢。當然，二程心目之中判定曆史在循環中呈退化趨向的證據就是“天理”的潛隱不現。在整個中國曆史過程中僅有堯舜三代是天理粹然的王道政治時期，三代以下皆是“以法把持天下”的人欲橫流的霸道政治時期，程顥論述王霸之別道：
得天理之正，極人倫之至者，堯舜之道也；用其私心，依仁義之偏者，霸者之事也。王道如砥，本乎人情，出乎禮義，若履大路而行，無複回曲；霸者崎反側於曲徑之中，而卒不可入堯舜之道。故誠心而王則王矣，假之而霸則霸矣。二者其道不同，在審其初而已。
這樣，程氏兄弟就從天理的角度將中國曆史分為王、霸兩大曆史階段。堯舜三代是施行王道政治時期，君王心術純正，舉措得當，社會圓融和諧，是充滿歡樂與光明的時代。而三代以降，霸道政治占了絕對優勢，君王大多心喪天德，政經措施均為鞏固一己之政權而私心自用，致使社會忠厚廉恥之禮義蕩然無存，是充滿邪惡與黑暗的時代。二程將具有濃鬱的倫理意蘊的天理的彰顯和潛沉視為判別曆史盛衰變遷之終極原由，自有其人文主義的深刻涵義。他們深切地相信，作為曆史主體的人，尤其是執政者，應該具備一種道德上的“自由意誌”，為自己的行為負起最後的責任。他們深切地相信，具有高度倫理自覺的人的意誌，可以突破社會經濟與政治結構的限製，迎接一個絕對完美的世界的到來。他們忽視了曆史行為者以外的客觀製度對曆史進程的影響，無意中陷入了“道德化約論”的漩渦之中，把社會政治與經濟舉措均視為道德的延伸。更有甚者，政治製度被認為可以受道德力量支配的事物，而曆史的變遷力量則寄托在少數道德超群的政治領袖身上。一般的民眾從來沒有進入過二程考察曆史的視線。從整體上說，二程所建構的循環的曆史演進說在內在邏輯上有兩大難以厘清的悖論：首先，二程一方麵將曆史的盛衰變化看作是一種循環的運動，這種循環運動的支配力量在於客觀的不受人的主觀意誌控製的“陰陽消長”的氣運。程頤就坦白地相信“五德之運，卻有這道理。凡事皆有此五般，自小至大，不可勝數。一日言之，便自有一日陰陽，一時言之，便自有一時陰陽，一歲言之，便自有一歲陰陽，一紀言之，便自有一紀陰陽。氣運不息，如王者一代，又是一個大陰陽也。唐是土德，便少河患，本朝火德，多火災。蓋亦有此理。”如此，曆史的循環，隻受不依賴於人的主觀意誌的“氣運”（德）的支配，人對曆史的循環演進無法進行直接的幹預。然而，二程又提倡人，尤其是政治領導人，應高揚道德理念，以不斷地提升倫理品質為主要方法去回複天理純正的三代之治。這樣，客觀的、獨立於人的主觀意識之外的“氣運”又可以被人的主體道德精神所左右。造成這種悖論的原因十分簡單，因為二程所創思的循環的曆史學說隻在表象上與中國曆史的客觀進程相吻合，但實際上他們對中國曆史的解釋由於受到“道德化約論”的製控，並不能充分有效地說明中國曆史演進的過程和本質。他們過於誇大作為宇宙最高實體的充溢著道德意緒的“天理”的強大功力，認為隻要人們心中體認到這個終極本體——天理的存在，一切現實社會的困境和危機都會自然地得到消解。出於一種接近曆史變遷表象的解釋的需要，他們認同氣運理論，出於一種接近曆史變遷本質的解釋的需要，他們又認為充滿倫理自覺的人的舉措會產生巨大的效應，徹底改變世界的麵貌。從而使自己的曆史學說陷入一種矛盾的境況。二程循環的曆史哲學的另一大悖論在於，他們認為曆史盡管存在著盛而複衰，衰而複盛的循環運動，但總體而言，曆史是在這種不停息的盛衰循環運動中趨於退化，這種趨勢是一種不以人的意誌為轉移的“客觀規律”，人們能感受到它的存在，捕捉到它的運動變化的軌跡，但卻不能幹預它，使之改變前進的方向。若從這種觀點來看，宋代亦處於三代之後，且處於漢唐之後，漢不如三代、唐則差距更大，處於唐朝之後的宋的曆史地位又當如何？