章士釗一度也是國權論的闡述者，他以邊沁的法定民權說為根據，質疑盧梭的天賦人權論，對民權的“幼稚叫囂”擔心不已，以為國人因此而“篤為玄想，習為放縱”。然而，正是民國以後的專製複辟給了他深刻的教訓，《甲寅》月刊時期的章士釗完成了從早年倡導國權到倡導民權的重要轉變。
因為與同盟會政治主張的分歧，章士釗最初是在國內自辦《獨立周報》，表達了他對當時政治的失望，“人心不革，則無論何種政治，不能救我中華”。反袁革命失敗，章士釗流亡日本，於1914年5月主編出版了《甲寅》雜誌，成為《新青年》雜誌問世以前西方文化思想在中國的一個主要傳播陣地。民主政治是章士釗這一時期探討的基本內容。值得注意的是，章士釗此刻對於國家與個人關係的認識已經與一般的革命人士大有不同，“同盟會一國民黨在民初號稱‘民權黨’，但它所指的‘民權’實際是人民的公權，即人民的參政權，並且將參政權簡化為議會的權力；而人民的私權，實際並未納入其視野”。章士釗一度也曾經是“國權高於民權”的國權主義者，但就是經過這個時期對國內亂局的反省，他認識到在中國，恰恰是“行私者每得托為公名以相號召，抹殺民意以行己奸，毀棄民益以崇己利”，“中國之大患在不識國家為何物，以為國家神聖不可瀆”。於是他一改前議而成為了個人權利與自由的積極倡導者，“凡關於權利欲望之種種主張，直主張之，無所容其囁嚅，無所容其消阻”。《國家與責任》、《複辟評議》、《愛國儲金》、《國民心理之反常》是他圍繞這一問題所發表的重要論著。在這裏，頗有象征意味的是章士釗一出手就將嚴複選作了自己的理論對手。《民立報》時期的章士釗對盧梭的“天賦人權”說還頗有疑慮，而現在，當他讀到嚴複對盧梭人權思想的指責時，卻挺身而出予以辯駁，這就是他發表在《甲寅》創刊號上那篇著名的《讀嚴幾道民約平議》。嚴複的原文《民約平議》發表在梁啟超新辦的雜誌《庸言》上，嚴複、梁啟超是中國知識分子中極具影響的啟蒙前驅，章士釗《甲寅》創刊號上的這一公開的辯駁可以說就是一種標誌：新一代的中國知識分子已經從自己的現實體驗出發劃開了與前一代思想家的距離，由此，中國近現代的思想文化進入到了一個新的層麵，如果說關於“個人”本位的思考能夠在六、七年前出現在魯迅等人那裏畢竟還是鳳毛麟角的話，那麼，今天，在現實政治的教訓之下則成為了眾多知識分子的共識，這就是推動中國現代文化形成、灌注於現代文學內核的理性精神，也是六、七年前試圖超越政治小說而起的中國本土的文學創作所欠缺的新的思想能量。
章士釗和他的《甲寅》雜誌就是在這一思想層麵上將許多中國知識分子團結起來的。例如李大釗曾經以熱切的目光關注著章士釗和他的雜誌，在1914年致章士釗的信中，他寫道：“仆向者喜讀《獨立周報》，因於足下及所率群先生，敬慕之情，兼乎師友。”“得《甲寅》出版之告，知為足下所作，則更喜，喜今後有質疑匡謬之所也。”李大釗後來成了《甲寅》月刊的重要作者。據《甲寅》月刊發行人、亞東圖書館老板孟東鄒日記記載，《甲寅》雜誌的單行本與合刊在上海購者甚眾，供不應求。《吳虞日記》告訴我們，即便是當時成都這樣的內陸城市也有許多讀者爭相閱讀《甲寅》月刊，吳虞也成了雜誌的作者，一時間，《甲寅》月刊競成為了中國知識分子檢討近代以來政治革命與民族革命目標，重新判定個人與國家、民族相互關係的思想策源地。
雜誌每期的重頭戲由論著、時評、評論之評論、論壇、通信等幾個部分組成，既有個人的政治立論，又有對當前國家政治形勢與方針政策的評價，也有對西方政治製度、政治理論的介紹，在所有這些內容之中，都貫穿了一代中國知識分子對民主、憲政與人權的呼喚。高一涵提出“國家者建築於人民權利之上”，張東蓀將“人民獨立自強”作為“第一問題”，吳虞反孔非儒的詩歌《辛亥雜詩九十六首》發表在《甲寅》月刊1卷8號。其他作者的代表作如白沙《廣尚同》、漸生《愛蘭國民黨》（1卷3號）、汪馥炎《輿論與社會》（1卷4號）、勞勉《論國家與國民性之關係》、CCY生《改良家族製度劄記》（1卷6號）、運甓《人患》（1卷8、9期）、無涯《道德進化論》（1卷10期）等。
章士釗當時主張政治應當“有容”，“有容”的政治思想也形成了他“有容”的辦刊宗旨，這在當時也的確鼓勵了像陳獨秀等人比較激進的捍衛個人自由權利的思想主張。與當時的許多知識分子一樣，陳獨秀也曾是梁啟超學說的受惠者：“讀康先生及其徒梁任公之文章，始恍然於域外之政教學術，粲然可觀，茅塞頓開，覺昨非而今是。”但在日本留學又流亡的經曆、繼而輔佐章士釗編輯《甲寅》的他卻終於有了新的思想認識，《甲寅》1卷4期推出了陳獨秀著名的《愛國心與自覺心》，文章激進地高舉個人的權利，與曾經盛行一時的國家主義思想形成尖銳的對抗：“人民何故必建設國家，其目的在保障權利，共謀幸福，斯為成立國家之精神。”“愛國者何？愛其為保障吾人權利謀益吾人幸福之團體也。”甚至認為：“國家者，保障人民之權利，謀益人民之幸福者也。不此之務，其國也存之無所榮，亡之無所惜。”就是這篇論文在當時的中國學界引起了軒然大波。決定著五四思想主潮的論說實際上是借著日本這一言論自由的空間在完成著與傳統思想的一次至關重要的交鋒。當許多讀者紛紛給編輯部來信斥責陳獨秀的言論時，作為主編的章士釗親自撰文予以辯護，他發表《國家與我》一文將陳獨秀的合理性歸結為“解散國家”、“重建國家”的愛國意識，是對於“偽國家主義”的自覺，同時主張發揚人格獨立精神，“顛覆本族之僭暴者”，建立可愛的新國家。李大釗在《厭世心與愛國心》中雖然不同意陳獨秀“惡國家不如無國家”的消極情緒，但也表示：“我需國家，必有其的，苟中其的，則國家者，方為可愛。”李大釗還根據柏格森的“創造進化論”提出，人生主要的價值在於一種創造力，這種創造力也是他作為宇宙主宰的獨立的入所必備的品格。“國家之成，由人創造，宇宙之大，自我主宰。”