1626年3月底，培根正在潛心研究冷熱理論及其實際應用問題。一天，他坐車經過倫敦北郊，當路過一片雪地時，他突然想作一次實驗，他宰了一隻雞，把雪填進雞肚，以便觀察冷凍在防腐上的作用。但由於他身體孱弱，經受不住風寒的侵襲，支氣管炎複發，病情惡化，於當年4月9日清晨病逝，享年65歲。
培根死後，亨利·沃登爵士為他題寫了墓誌銘：
聖阿爾本子爵
如用更煊赫的頭銜，應稱之為“科學之光”、“法律之舌”。
培根著作
培根的一生都在不停地探求科學真理，並為後人留下了《培根人生論》、《新工具論》、《論說文集》、《亨利七世本紀》、《論事物的本性》、《迷宮的線索》、《各家哲學的批判》、《自然界的大事》、《論人類的知識》和《新西特蘭提斯島》等不朽的著作。
《培根人生論》
《培根人生論》是一部隨筆，它兼有散文、論文和隨筆的意義。1597年首次出版時，隻有10篇。後來培根不斷地撰寫並再版充實這本書，至1625年已增至58篇。這部書在形式上很可能受到法國人文主義思想家蒙田的著作《隨筆集》的影響。但這本書無論在所討論問題的廣度和思想的深度，還是在文筆的優美上，都要高於蒙田的《隨筆集》。詩人雪萊曾這樣讚揚培根的這部散文集：“他的文字有一種優美而莊嚴的韻律，給感情以動人的美感，他的論述中有超人的智慧和哲學，給理智以深刻的啟迪。”
《論學術的進展》
《論學術的進展》是1605年培根完成的一部著作。全書共兩卷集。這部著作以知識為研究對象，是培根聲稱要全麵改革知識領域的宏大理想和計劃的一部分。培根在書中猛烈抨擊了中世紀的蒙昧主義，論證了知識的巨大作用，提示了知識不能令人滿意的現狀及補救的辦法。在這本書中，培根還提出了一個係統的科學百科全書的提綱，對後來18世紀以狄德羅為首的法國百科全書派編寫百科全書起了重要作用。
《新工具論》
《新工具論》出版於1620年，是培根未完成的巨著《偉大的複興》六個部分的第二部分，也是培根最重要的著作之一。在這部書裏，他號召人們采用實驗調查法。培根認為，完全依靠亞裏士多德的演繹邏輯法是荒誕可笑的，因而需要一種新的邏輯方法——歸納法。
《論說文集》
培根的《論說文集》發表於1597年。在書中，培根以他深邃的目光注視著現實社會，對曆史與現狀作了科學與辯證的分析，並以嚴密的論證證明自己的論點。他在《論說文集》中所闡明的思想是資產階級登上曆史舞台的有力武器。
《亨利七世本紀》
培根在結束其政治生涯後，僅用幾個月時間就完成了《亨利七世本紀》一書，這部著作得到後世史學家的高度評價，被譽為“近代史學的裏程碑”。
《新西特蘭提斯島》
《新西特蘭提斯島》是培根的最後一部著作，他在書中描寫了太平洋的一個虛構的島上的一個烏托邦國家。與托馬斯·莫爾爵士的《烏托邦》不同的是，培根的理想王國的繁榮和幸福取決於而且直接來自於集中精力從事科學研究。