在這期間，他還廣結各方麵的人士，尤其是他結識了哲學家狄德羅。由於有共同的興趣、愛好和誌向，他們之間建立了深厚的友誼。他們彼此都熱心於學術工作，於是兩人便著手合編一部《百科全書》，其中盧梭負責音樂方麵的工作，但這項工作很快就因狄德羅的入獄而中斷了。
有一天，他在一本《法蘭西信使》雜誌上，看到第戎科學院的征文啟事：《科學和藝術的進步對改良風尚是否有益》。盧梭看到這個題目時，眼睛好像被千道光芒刺射了一樣，許多富有生氣的思想不知不覺地從他腦海中湧現出來。
盧梭把這件事告訴了狄德羅。狄德羅鼓勵盧梭繼續發揮自己的思想，寫出文章去應征。盧梭積極撰寫了這篇論文，寫成後又送狄德羅審閱，自己又反複修改了多次，以“論藝術和科學”為題寄出應征。1750年，他這篇論文獲得了頭等獎。
1754年，42歲的盧梭身體和精神都很疲憊，在黛萊絲的照料下，他乘著一輛馬車前往日內瓦。對於這個生他養他的充滿共和主義激情的城市，他總有一種特殊的感情。故鄉的人們也早已知道他在巴黎出了名，所以對他表示熱烈的歡迎，各界人士都盛情接待了他。官員、牧師和公民們也對他處處表示出誠摯的態度，這使他的內心十分感激，並決定和黛萊絲一起在這裏安度餘生。
1756年，44歲的盧梭接受朋友的饋贈——一座環境優美的鄉村小房子，開始了他的隱居生活。這時的盧梭已經有點名氣，不用再為生活費用發愁。在這裏，他的心情十分平靜，對黛萊絲的愛也更加深厚，共同生活了25年之後，他們舉行了簡單的婚禮。
之後，盧梭完成了書信體小說《新愛洛綺絲》。很快這本書就在巴黎出版，並引起了極大的轟動。同時，也給盧梭帶來了豐厚的收入。於是，他又更加專心地投入到《愛彌兒》和《社會契約論》的寫作中。
隨後，這兩本書也相繼出版。但《愛彌兒》出版之後，巴黎教會向他發出了聲討書，法院也向他下達了通緝令。《愛彌兒》被教會的人當眾焚毀，那些瘋狂的人們還揚言要燒死盧梭。於是，盧梭不得不在朋友的幫助下上了馬車，過起了東躲西藏的生活，甚至不得不逃到國外。
1763年，盧梭夫婦在普魯士莫蒂埃暫時定居下來，在那裏，他受到了普魯士國王和喬治·吉斯勳爵的保護，過了一段平靜的生活。這次打擊讓他產生了放棄寫作的念頭，但迫於生計他又不得不重新拿起了筆杆。他開始對已經創作了十年的《音樂辭典》進行修改與整理，同時收集資料準備寫一本回憶錄。寫書期間，他也無時無刻不遭受著別人的攻擊，但在這樣的情況下，他的名聲卻越來越大了，慕名前來請教的人也越來越多。其中，盧梭與巴黎大教主的激烈辯論，受到世人的普遍關注。為此他還特地寫了一本長達一百五十多頁的《致畢蒙教主書》，這本書出版後，盧梭遭到了來自祖國的更為猛烈的批評與攻擊。
這時的他已經心灰意冷了，於是輾轉到了英國，但那些頑固的人們並沒有停止對他的攻擊。1767年5月，盧梭夫妻終於回到了法國的加萊港，從踏上故土的那一刻起，近五年的逃亡生活宣告結束。
回到法國後，他們一直過著隱姓埋名的生活。為了不引起別人的懷疑，盧梭做起了研究植物的工作。但私底下，他仍在不斷地堅持寫作。這期間，他完成了偉大的著作《懺悔錄》，這是一部極具個性的自傳，它記錄了盧梭從出生到1766年被迫離開皮埃爾島這五十多年的生活經曆。
對已是垂暮之年的盧梭，1770年，法國政府決定取消對他的通緝，也赦免了他所有的罪責。當年，盧梭便在黛萊絲的陪同下回到巴黎。但因接二連三的打擊和常年的奔波勞累，他的性情變得十分孤僻、疑心重重，不再相信任何人，也不再跟熟人和朋友聯係。他保持著平靜的心情，每天散步、遐想、采集植物標本、寫作和做自己願意做的事情。
1778年，在4月12日聖棕樹節那天，教堂的鍾聲在清晨響起，他的思緒在鍾聲中慢慢飄飛，把他帶回到50年前的那個節日——那個與華倫夫人初遇的時刻……
7月2日，天氣十分晴朗。外出采集植物標本的盧梭，因為腳痛早早地回來了。到家後，他又感到胸口一陣一陣的疼痛，接著頭也仿佛要爆炸了似的，讓他難以忍受。因為他想看看外麵美麗的陽光，黛萊絲便攙扶著他來到窗前。此時的陽光燦爛而明媚地照耀在他身上，他喃喃地說道：“全能的主啊！天空如此晴朗，一片雲也沒有，上帝在等我了！”說完，他便閉上眼睛，安靜地睡去，再也沒有醒過來。