撒母耳擔任了以色列的領袖不久，在米茲帕召開以色列人大會，號召人民起來反抗外族侵略，他告訴族人們：“你們不要害怕，耶和華上帝與我們同在，隻要大家鏟除外神，一心歸順上帝，惟獨侍奉上帝，他必將從非利士人手中拯救我們！”眾民受到鼓舞，異口同聲表態，隻敬奉耶和華這個惟一的上帝！並禁食獻祭，表示忠心。
非利士人聞訊以色列人集會，便調動大批軍隊前來鎮壓。以色列人聽了，驚慌失措，懇求撒母耳為大家禱告，乞求上帝挽救以色列人的生命，幫他們脫離非利士人的蹂躪和威脅。
撒母耳願意為民請命，他將一隻小羊羔獻給上帝作燔祭，為子民呼求上帝。上帝寬恕子民的罪過，應允了他的請求。
這時，非利士大軍壓境，要與以色列人交戰，揚言必滅絕這個民族。但上帝給了以色列人勇氣和力量，撒母耳臨危不懼，及時領導全族民眾奮起反抗。在強敵麵前，上帝援助他們，呼風喚雨，大顯神威。一時節，傾盆大雨，電閃雷鳴，嚇得非利士人驚恐萬狀，潰不成軍，不戰而敗。撒母耳見狀，立即抓住時機，率兵衝進敵營，大舉擊殺，獲得全勝。同時，他們還收複了被非利士人侵占的領土，並立石為界，維護本國領土主權。
事後，撒母耳在米茲帕與耶撒納之間立了一塊石碑，取名“厄本厄則爾”（意思是：直到這時上帝救助了我們）。
非利士人遭受慘敗後，再也不敢侵犯以色列的領土，以色列人過上了和平安樂的生活。作為士師的撒母耳，不敢怠慢公務，他嚴格要求自己，勤於宗教事務，管理民政，治理國家，每年都到各地視察，為以色列人做了不少好事，後來還在自己的家鄉那瑪為上帝建了一座祭壇。
漸漸，撒母耳年事漸高，精力不濟，就將手中的權交給兩個兒子。他的兩個兒子無德無能，還貪圖錢財，收受賄賂，冤屈無辜，以致怨聲載道，政局不穩。非利士人見狀，又動侵略之心，調兵遣將，蠢蠢欲動。
眾長老對形勢發展深感憂慮，一同拜見撒母耳，請求另外膏立君王。撒母耳雖然不情願，但還是祈禱上帝，上帝說：“撒母耳，聽著，凡民眾向你說的，你必聽從，但要明確告訴他們，統治他們的君王必享受君王的權利，讓他們為自己的行為負責。”
撒母耳向眾長老轉告了上帝的話，並遵照上帝旨意，告訴他們君王所享受的權利，他說：大家聽清楚，你們選的君王享有征用你們的兒子當兵，當車夫、馬夫，造兵器，供他使喚的權力；有征用你們的女兒為他配製香料、烹調食物，供他享用的權力；有征收你們莊田、莊園、葡萄園和橄欖林的稅收，賜給他臣仆的權力；有征收你們莊田和葡萄園產品的十分之一，羊群的十分之一，賜給他的宦官和臣仆的權力；有使用你們的仆婢和牛驢替他做工的權力；還有讓他的兒子們占據百夫長、千夫長等官職，讓你們為其服務的權力。當然，你們自己和你們的後代都是他的奴隸，供他奴役。這些事情你們要想好，到時候，你們不滿意自己選的君王，再找上帝，上帝是不會理睬你們的。你們要求做的事，一概由你們自己負責。
眾長老不聽他的話，堅持說：“求求你為我們選一位君王吧，我們非常需要他來治理我們的國家，率領我們出征打仗。”
撒母耳見眾人態度堅決，立王的呼聲越來越高，又多次請示上帝，上帝說：“那好，你就給他們選一位君王吧！”撒母耳答應眾長老，自己會盡快物色國王人選。
這天，遵循神旨前來尋找國王人選的撒母耳，在茫茫人海中，偶見一氣宇軒昂的少年迎麵走來：高高的個頭，俊美的相貌，矯健的腳步，渾身上下充滿了青春的活力和朝氣。上帝對撒母耳說：“看哪，這正是你要物色的君王，他必會治理好國家。”
撒母耳心中一陣喜悅，高興地迎上去。經打聽，了解到他原來是便雅憫人基士的兒子，名叫掃羅，奉父命帶著仆人出來尋找家中丟失的幾頭驢子，他挨村詢問，毫無下落，正急著尋找先知，想請先知指點，正巧遇到撒母耳。就這樣，以色列的兩代英雄偶然相會。
撒母耳對年輕人說：“你不必擔心你家丟失的那幾頭驢子，現在已經找到了。你知道以色列人所仰慕的是誰嗎？就是你和你的全家呀！”
掃羅一聽，受寵若驚，急忙說：“我家在便雅憫支派中最小，你為什麼對我說這些呢？”
撒母耳喜歡這個單純可愛的青年，笑了笑，特別邀請他與自己一起進餐，完了，讓他吩咐仆人先走，自己要單獨與他對話。交談後，撒母耳非常滿意，決定把權位交給這個年輕人，他高興地將膏油抹在掃羅頭上，並吻了他，告訴他：現在你先去伯特利，那裏有一群先知等著你，他們受神的感應，都會擊鼓、彈琴、奏笛、吹簫，還能預言未來，你和他們一起，就會受到感染，充滿聖靈，變成新人，那時的你就可以擔當君王重任了。不過，你不能久留，要趕緊到甲吉去，我在那兒等你。