哲學是人類在發展中形成的一門認識世界和改造世界的學問。秦的哲學思想的發展可以從立國以後算起，中經穆公、孝公、昭王、秦始皇帝各代。其代表人物有商鞅、韓非、李斯及秦始皇帝。他們的哲學思想是對春秋戰國的思想家的哲學思想的繼承，而更為鮮明的特點，便是唯物論的思想占著主導的地位，甚至發展到了機械唯物論。他們一方麵鼓吹自己的學說的力量，一麵又否定精神對物質、意識形態對經濟基礎的能動作用。他們中有的一方麵具有唯物論思想，一方麵又倡導神學思想，在對待曆史發展，又陷入了徹底的唯心論的泥沼之中。
（一）先秦哲學思想掠影
哲學問題，馬克思主義的經典作家很早就有明白的闡述：“全部哲學的最高問題，即思維對存在、精神對自然界的問題”。同時還指出，“哲學家們隻是用不同的方式解釋世界，而問題卻在於改變世界”。這就說明，哲學思想不但在於解釋世界，更在於改造世界。這對社會的進步裏程起著重要的作用。馬克思主義的哲學則包括辯證唯物主義和曆史唯物主義。這便是世界觀和方法論。用什麼樣的哲學思想來認識世界、改造世界，便注定了他在曆史發展中的作用。
人類誕生後便需要認識世界和解釋世界。大汶口文化出土的“日月山”陶器刻紋的圖案，顯示了先民的關於日月的崇拜，良渚的神像圖案，也是先民崇拜的神的圖像等等，國外的原始文化中也有神的崇拜物，這是先民對自然世界的解讀。殷周敬祀上帝及天命，把人類的禍福歸結於神。春秋前後，人們對神、天命有所動搖，五行學說是依五種自然物為基礎的唯物辯證色彩濃厚的哲學思想，而五德終始之說卻陷入了曆史循環論。孔夫子對神鬼之事及天命是回避的。這種回避便是動搖。他多次反複地講“祭如在，祭神如神在。吾不與祭，如不祭”，“子不語怪力亂神”。對天命他是畏懼的，“君子有三畏：畏天命，畏大人，畏聖人之言”，他的弟子子夏聽過夫子有這麼一句話：“死生有命，富貴在天”。而孔夫子也說過“道之將行也與，命也；道之將廢也與，命也。公伯盡其如命何”。他也明確地指出：“天何言哉，四時行焉，百物生焉。天何言哉”！他談到天命時，給天賦予了超自然的神的含義，有時將天看到是自然的運動。他在順暢得意時，不信天和神或持懷疑態度；他在受挫或失意時，便認為有天命的存在。這同人們在春風得意馬蹄疾時，膽子便大了，唯物的思想淡化了；失意時則覺得冥冥中有超人力的東西在阻遏自己，也便迷信起來一樣。墨子是一位鬼神信仰者。他的《明鬼》中的言論便體現了出來。老子的《道德經》五千言，專講辯證法。法家人物講唯物，而且是絕對的物質的崇拜者。他們相信實力，不喜歡虛的思想辯證，否定人的精神對社會發展的作用，機械的唯物論非常突出。
先秦的思想家中，有唯物也有唯心論的。在同一位思想家來說，在某些問題上是唯物的、辯論的，而在另外的問題上則是客觀唯心論、主觀唯心論，機械唯物論或不可知論，尤其是在社會問題和人事問題上表現得更為明顯。
當東方各國的思想家已經開始熱熱鬧鬧地在暢言自己對天道、人道、治道的哲學思考的時候，秦國偏處西方，正在緊張地準備著富國強兵，以便能自立於列國之間以自保。秦穆公是一位有遠見的政治家，他接受了周文化的傳統，也吸收羌戎文化的影響。他重視人才，親善百姓。著有《秦誓》，延攬人才，具有唯物論的思想因素。從他對由餘說的自己的“《詩》、《書》、禮、樂、法度為度”來看，他接受的是儒家的早期思想。但是，當由餘認為這正是“中國所以亂也”。而戎夷則不然，“上含淳德以育其下，下懷忠信以事其上。一國之治，猶一身之治，不知所以治，以其聖人之治也”。這種小國寡民、無治之治的思想，與老子的思想又相契合。老子說：
聖人處無為之事，行不言之教，萬物作而不為始，生而不有，為而不恃，功成而弗居。夫唯弗居，是以不去。
故聖人雲：我無欲而民自化，我好靜而民自正，我無事而民自富，我無欲而民自樸。
秦穆公很欣賞這位戎人中的哲人，想設法將他收為己用。從這種情況看，這時的秦國是兼收並蓄的，對各種哲學思想、政治思想是包容的。它體現了一位唯物思想家的大度和海納百川的胸懷及無畏氣概。他的這種態度，得到了孔子的稱讚：
魯景公問於孔子曰：昔秦穆公國小處僻，其霸何也？對曰：秦國雖小，其誌大；處雖僻，行中正。身舉五羥殳，爵之大夫，起？紺世之中，與語三日，授之以政。以此取之，雖王可也，其霸小矣。
雜用各家思想，也說明了這時的秦國還未形成由某一思想家占主導地位的狀況。這是由於，一方麵，東方的學者還沒有來到秦國；秦國本土還沒有產生新的學術思想的土壤和空間。到了秦孝公以後，秦國國力強盛，東方各國備加青眼，學者西來，秦國才形成了以法家思想為主導而雜以各家的學術氛圍。到最後，秦王朝以後，連法家的學說也變異了。
（二）商鞅的哲學思想
重要的思想家在秦國出現了，而且為秦開帝業。這是來自衛國的衛鞅，即商鞅。商鞅有一部著作《商君書》。鄭良樹先生認為這部書不全為商鞅所著，而是商鞅及其後學的作品，所以稱之為“商鞅學派”。
秦孝公用商鞅而變法，是秦國政治史上的一個巨大轉折，也是秦國思想史上的一個巨大變化。在政治上，秦國富強了起來，由企圖躋身於諸侯之列而轉向了有鯨吞東方六國之勢，而且真的滅了六國；在思想史上，則奠定了法家思想在秦國的主導地位。
商鞅向孝公提出變法思想的理論基礎便是他關於曆史的發展變化的曆史哲學。在秦孝公主持的辯論會上，他與甘龍、杜摯的論辯武器的理論支點，便是“三代不同禮而王，五霸不同法而霸”。他說：
前世不同教，何古之法？帝王不相複，何禮而循？伏羲、神農，教而不誅；黃帝、堯、舜，誅而不怒；乃至湯、武，各當時而立法，因事而製禮。禮、法以時而定，製、令各順其宜，兵甲、器備各便其用。故臣曰：治世不一道，便國不必法古。
他的這種理論基礎，來自於他對曆史發展的認識和解釋。他將曆史發展從古至秦（戰國）分為六世：
天地立而民生之。當此之時也，民知其毋而不知其父，其道親親而愛私。親親則別，愛私則險，民眾而以別、險為務，則民亂。當此時也，民務勝而力征。務勝則爭，力征則訟，訟而無正，則莫得其性也。故賢者立中正，設無私，而民說仁。當此時也，親親廢，上賢立矣。凡仁者以愛利為務，而賢者以相出為道。民眾而無製，久而相出為道，則有亂。故聖人承之，作為土地、貨財、男女之分。分定而無製，不可，故立禁；禁立而莫之司，不可，故立官；官設而莫之一，不可，故立君。既立君，則上賢廢而貴貴立矣。然則，上世親親而愛私，中世上賢而悅仁，下世貴貴而尊官。上賢者，以道相出也，而立君者，使賢無用也；親親者，以私為道也，而中正者，使私無行也；此三者，非事相反也，民道弊而所重易也，世事變而行道異也。故曰：王道有繩。
他從人類的產生說起，演示出了製度的變化。製度的變化原因是由於有了親疏和分爭。因此，上世是親親，愛自己的親屬和私利；人多了以後，有了親疏區別，產生了糾紛和鬥爭，人們便尊重賢能的人，賢能的人是將推讓作為自己的處事原則；時間長了，又出了亂子，於是有聖人出來，創立製度，製定法令，立下禁令。這些製度法令出來了，便要有人管理，便設立了官員，誰管官員呢？那便是君。這三世中，人們的社會關係是：上世，親親；中世，上賢；下世，貴貴，就是尊重貴人。這便是曆史發展的規律。這是他總結出的曆史進化的軌跡，也便是民由無治到階級產生國家形成的過程。他的這種推理，在當時人們的認識水平和對社會發展的知識水平下，是有進步的意義的，是唯物的。他從這樣的理論出發，得出了“周不法商，夏不法虞，三代異勢，而皆可以王。故興王有道，而持之異理”，是有說服力的。
他談論到了下世以後，“使賢無用也”，於是便是“貴貴”。這便是他重法的認識論的依據，也是他耕戰思想的依據。他仍由曆史發展來推論：
昔者昊英之世，以伐木殺獸，人民少而木獸多。黃帝之世，不盢不卵，官無供備之民，死不得用槨，事不同，皆王者，時異也。神農之世，男耕而食，婦織而衣，刑政不用而治，甲兵不起而王。神農既沒，以強勝弱，以眾暴寡。故皇帝作為君臣上下之義，父子兄弟之禮，夫婦妃配之合，內行刀鋸，外用甲兵，故時變也。由此觀之，神農非高於黃帝也，然其名尊者，以適於時也。故以戰去戰，雖戰可也；以殺去殺，雖殺可也；以刑去刑，雖重刑可也。
他由曆史的發展，推演出以戰去戰，以殺去殺，以刑去刑，而且要重刑，似乎有些勉強和曲為之說。而且要實行愚民政府，使民愚而達到易治，進而反智反文化，則走向了極端的唯心了。這種理論，成為以後的各類暴君的思想基礎，將自己推向了民的對立麵，民成了他的反對的一方。這也許就是他個人悲劇的因素，也是秦王朝的悲劇的誘因之一。