這時，全琮父子進讒言謀害陸遜的外甥顧譚、顧承及張休（張昭子），孫權把他們貶徙到交州。孫弘“佞偽險詖（音幣，bì，邪僻）”，張休與其不和，孫弘乘機“譖訴”，孫權下詔書追賜張休死。這期間，太子太傅吾粲“抗言執正”，為孫霸、楊竺等“所譖害”，被孫權“下獄誅”《三國誌·吳誌·吾粲傳》。
孫權殺了吾粲之後，接連派遣中使（宦官）去武昌“責讓”陸遜。陸遜鬱悶病發，“憤恚而卒”《三國誌·吳誌·陸遜傳》。時為赤烏八年（245年）二月，終年六十三歲。
陸遜征戰一生，為孫權立下赫赫功勳。他一心為國，死後“家無餘財”《三國誌·吳誌·陸遜傳》。陳壽稱讚他：“忠誠懇至，憂國亡身，庶幾社稷之臣矣。”《三國誌·吳誌·陸遜傳》評。最終竟落得這樣一個下場。
陸遜死後，孫權經過很長一段時間反思，感到問題的嚴重性。對孫霸“結朋黨以害其兄，心亦惡之”《資治通鑒》卷七十五。決定在太子、魯王二子之外另立嗣子。他以為這樣做就可以杜絕禍亂，轉危為安了。
其實二宮對立，臣下分立，是孫權一手造成的。本來孫權立孫和為太子是對的，孫霸的德才並不優於孫和，孫權偏要對孫霸“寵愛崇特，與和無殊”。他對孫和、孫霸的曖昧態度，逐漸偏向孫霸的做法，使孫霸產生了“覬覦之望”，使一些大臣趨附於魯王，形成了“黨爭”。其所犯錯誤是非常嚴重的。
赤烏十三年（250年）秋，孫權廢太子孫和，將他幽禁。孫權的“橫廢無罪之子”，引起了正直大臣們的不滿。去年代領丞相的驃騎將軍朱據冒死同尚書仆射屈晃，率領諸將吏“泥頭自縛”，連日到宮門請見孫和。無難督陳正、五營督陳象也各上疏“切諫”，朱據、屈晃“亦固諫不已”。孫權大怒，又一次興起殺戮，他族誅陳正、陳象，又將朱據、屈晃“賜死”或罷官。此外“群司坐諫誅放者以十數”。
接著，孫權廢太子孫和為庶人，徙故鄣（今浙江安吉縣西北），賜魯王孫霸死。殺楊竺，流其屍於江，又誅全寄、吳安、孫奇，“皆以其黨（孫）霸譖（孫）和也”《資治通鑒》卷七十五。
同年十一月，孫權立幼子孫亮為太子（時年八歲）。當時孫權五子孫奮、六子孫休仍在世，孫權立幼不立長，也不是明智之舉。
252年四月，孫權病重，召大將軍、太子太傅諸葛恪，中書令、太子少傅孫弘及太常滕胤，將軍呂據（呂範子），侍中孫峻（孫權從叔孫靜之曾孫），“囑以後事”《三國誌·吳誌·諸葛恪傳》。
沒過幾天，孫權便與世長辭了，終年七十一歲。諡為吳大帝，葬蔣陵蔣陵在蔣山南麓。蔣山即今南京市區東的鍾山（紫金山），孫權因避祖父諱“鍾”，將鍾山改名為蔣山。這位“大帝”當是帶著遺憾和不安的心情離開人世的。
孫權不僅是一位傑出的政治家、外交家，還是一位很有作為的一方之主，他的主要曆史功績是：
（一）實行較為開明的政策，選賢任能，政治社會相對安定，治理東吳比較成功，使江東地區達到相對統一的局麵，為這一地區社會經濟的發展創造了良好條件，並為以後的全國大統一打下了基礎。
（二）增加人口，推行屯田，擴大生產，提倡牛耕，興修水利，發展經濟，使先進生產關係和生產技術在江南地區發展和傳播，促進了這一地區經濟的開發和進步，是“六朝”時期經濟發展的開啟者。
（三）發展海上交通，加強同海外地區的聯係，促進了東吳與近海各地區（如遼東、夷洲、珠崖）及海外各國（如扶南、林邑、大秦）之間不同程度的政治、經濟、文化聯係和交流，這是有著積極而又深遠意義的。
當我們評價孫權時，要全麵看他的一生。既不能因為他的前大半生有輝煌的業績，而無視他晚年所犯的錯誤；也不能因為他晚年所犯的錯誤，而否定他前大半生的輝煌業績。
孫權的一生事跡，給我們留下了許多啟示。從他的得失成敗中，可以總結出許多經驗教訓來。