對《淮南子》一書最早作注的是漢代學者許慎，其後是高誘，後二注混淆但以高注為主。清代學者多從文字的角度進行考辨，探本溯源，如莊逵吉、王念孫等。民國時期諸子學興盛的原因與當時社會的需要有著直接的關係，正如夏曾佑先生在《中國古代史》中重視秦漢哲學的研究時所言：“秦漢兩朝尤為中國文化之標準。以秦漢為因，以求今日之果；中國之前途，當亦可一測識矣。”而《淮南子》是漢初最傑出的思想著作，它深刻而廣泛地反映了當時道家和諸子思想以及思想轉型的過渡發展狀況。後來者如劉文典先生的《淮南子集釋》、楊樹達先生的《淮南子通檢》等都為以後思想的研究奠定了基石。近代學者梁啟超先生對其評價道：“《淮南鴻烈》為西漢道家言之淵府，其書博大而有條貫，漢人著述中第一流也。有東漢高誘注，亦注家最善者。”我國對《淮南子》思想的整體研究在20世紀才有所跡象，隨著胡適先生的《中國哲學史大綱》的問世，撰寫中國哲學通史的風氣日益興盛開來，《淮南子》作為哲學史的一部分被許多學者寫進去，及後來秦漢思想史、兩漢思想史的著作中基本上或詳或簡地論述過《淮南子》，這在客觀上促進了《淮南子》學術思想的研究。而專著性的研究也日趨繁盛。
現就學界對其研究狀況綜述如下：
1.學派紛爭
對《淮南子》一書思想學派的傾向上，自其問世以來，學界爭議頗多。按有無一以貫之的主旨來分，主要有道、雜家兩類。如《漢誌》最先將其列為雜家，影響深遠，後成為官方的看法，這與劉安的政治命運不無一定的關係，不免貶低了其思想價值。而高誘在《淮南子?敘目》中稱其“旨近老子”而歸為道家，由此開道、雜紛爭之端緒。宋明時期的一些學者如高似孫、劉績等，多因其思想的駁雜定其為雜家。清代學者章學誠在《校讎通義》中，認為其也應屬於道家，“其書則當互現於道家，《誌》僅列於雜家，非也”。近代思想家梁啟超在《中國近三百年學術史》中認為其應屬道家。但到了現代，仍有一些學者持雜家之說，如馮友蘭先生指出其“雜取各家之言，無中心思想”。胡適認為《淮南子》既是道家，也是雜家。“司馬談所謂道家，即是《漢書》所謂雜家”，“故我用《呂氏春秋》來代表漢以前的道家，用《淮南王書》來代表秦以後的雜家。其實都是雜家，也都是道家，都代表思想混一的趨勢”。此外，著名曆史文化學家柳詒徵先生也認為“漢人所著子書，多沿周秦以來學說，不能出其範圍。如《淮南子》雜出眾手，既不足成一家之書”。隨著對《淮南子》思想研究的重視，其道家學派歸屬的認同也逐漸清晰。由於不同的曆史時期、不同研究方向和不同視角以及不同思想傾向的研究者在總體的道家之說中又出現了幾種具體相異的觀點：首先，以許地山、徐複觀、侯外廬、唐蘭、金春峰、王葆?等先生為代表的老莊道家。侯外廬先生指出“《淮南子》的主要篇幅是陰陽五行家與老莊道家的混血種”，認為它與老莊思想有著直接的內在關係，但又多處稱其為陰陽道家。金春峰先生從《淮南子》批儒批法角度進行分析，認為它“使漢代道家思想發生了以莊解老的蛻變”。其次，以胡適、呂凱為代表的神仙道家。胡適認為“道家思想是齊學，受神仙出世之說和陰陽?祥之說的影響很大。《淮南王書》中，這兩種思想都占很重要的地位”，主張“道家集古代思想的大成，而淮南王書又集道家的大成”，“而《鴻烈》之書，雖包羅天文地形以及風俗治國之道，然而主旨所在實是神仙出世的理論”。最後是以馮友蘭、熊鐵基、牟鍾鑒、孫以楷、丁原明、餘明光等先生主張《淮南子》為黃老道家或秦漢道家，其中熊先生又進一步提出《淮南子》為新道家，丁先生也持同樣的看法。新道家之說是目前比較盛行的說法，是在道家之稱下的一個比較寬泛而籠統的稱謂，具有包容性，總體上反映了不同於以往的道家之說，並且思想更為多樣。由此看出，對《淮南子》學派的爭議已由古代雜家占主導，到道雜互現，再到目前其道家之屬已成普遍認同的看法。但以上各種道家之說多是從各個不同的側麵和特點確定其具體的性質，很難全麵反映出《淮南子》當時的思想選擇和精神特質。
對此書派別劃分的分歧顯現出其思想的多源性、豐富性、複雜性，更便於從多層次多角度深入分析其重要的思想內涵。從此書的思想多種來源看有雜的這一突出特點，但從全書以“道”為核心貫穿於各個方麵，從強調“通”的目的看，則非雜而有所宗。若聚集彙集，則要實現“通”，才能“統天下”，這就必須有統貫全書的指導思想，而這主導性的學派類別就應作為其學說所屬的名稱，而不是從形式的某一特點作為劃分的標準。就中國傳統思想的特點，錢穆指出：“中國思想，常見為混淪一體。極少割裂斬截，專向某一方麵作鑽研。因此，其所長常在整體之融通，其所短常在部門之分析。故就中國思想史言，亦甚少所謂政治思想之專家。今欲討論道家政治思想，則亦惟有從道家思想之全體係中探究而闡述之。又所謂儒墨道法諸家之分派，嚴格言之，此亦惟在先秦，略可有之耳。至於秦漢以下，此諸家思想，亦複相互融通，又成為渾淪之一新體，不在有嚴格之家派可分。因此，研治中國思想史。分期論述，較之分家分派，當更為適合也。”錢先生以政治思想為例說明了中國思想史的某些特點，每一學派都自成體係，每一種思想都是其體係的一部分，不應孤立地從某一思想觀點出發而單獨論述，並指出了每一時代的思想都各有特色。先秦各家思想具有原創性，因此學派分歧較為明顯，既相互攻伐，但同時又相互吸收，戰國末期的百家爭鳴已經有融合的跡象。秦漢以後，國家的一統要求從思想理論上論證政權的統一，由此推動學術上亦開始相互吸收，並存互用的現象較為突出。張豈之先生認為：“從中國思想史的演變來看，有各個學派之間的論爭，但更加重要的是相互間的融合，從而產生新的思想體係。”而《淮南子》就明顯地體現了這一學術發展的特色，既剽剝諸子，又取其精粹，熔鑄於大道的一統之下，形成綜合的態勢，試圖建構新的思想體係。盡管有許多矛盾之處，不是十分嚴密，但其所探討的問題涉及社會的各個方麵，從而形成了中國傳統學術綜合的特點，顯示出了貫通天地人的思維特色。
2.思想論爭
（1）宇宙自然觀
《淮南子》利用陰陽五行和自然科學知識，形成了龐大的宇宙觀念。學者大都承認此書具有最係統的宇宙觀，但在道與氣的關係上有分歧。
周桂鈿先生認為其宇宙論有三方麵的內容：宇宙本原論、宇宙演化論和宇宙模式論（宇宙係統論），“它對宇宙的論述在當時是最係統最全麵最豐富的，宇宙論是此書的一大特色”，是“道一元論的客觀唯心主義”。牟鍾鑒先生認為其“明確將元氣引入宇宙論，成為王充元氣自然論的先驅”。於守奎先生認為“《淮南子》雖然對老子的‘道’進行了批判改造，但他還保留了老子的‘道’的外殼，提出唯物主義的元氣論……‘道’即氣的觀念是《淮南子》哲學思想的核心。”丁原明先生指出《淮南子》之道與老莊之道有所不同：“無論老子擬或莊子的‘道’，都是剔除了物質屬性的超驗存在。《淮南子》的道卻與之不同，而是指‘氣’說的。”日本學者福永光司認為“由於《淮南子》中的‘氣’和當時的醫學理論以及天文學說有密切的關係，可以說是有力地促進了把‘道’作為‘氣’，把‘元氣’作為‘道’這樣的氣一元論的思考”，並認為“作為醫學醫療理論的‘氣’的思想也以《淮南子》為媒介，被大量地納入到後來道教醫學的‘元氣’哲學之中”。注意到了《淮南子》受當時醫學的影響以及與後來道教的氣論有直接的理論淵源關係。而胡適先生則站在實證主義的立場從根本上否認“道”的存在的客觀性：“道的觀念隻是一個極大膽的懸想，隻是一個無從證實的假設。”並認為無中生有的宇宙觀在《淮南子》裏說得最詳細。胡先生按照西方邏輯實證的觀點分析中國古代哲學概念範疇存在的是否實有性，從而否認其存在的合理性。即使在古希臘，對萬物本原的探討上也存在與中國早期同樣的思維曆程，如泰勒斯以水為萬物的始基，阿那克西曼德則是“無限”，畢達哥拉斯認為是“數”。恩培多克勒以“四根”為萬物的始基，都在探求事物的本質，將世界的統一性理解成萬物共同的本原性。胡先生將自然科學與社會科學按同一標準論斷有失偏頗，忽視了人類早期思維的特點。此外，對道、氣孰為本原及其關係的論述正反映出先秦道家道本論向漢代宇宙生成論轉變的某種跡象。
（2）人性論
牟鍾鑒先生認為《淮南子》的人性論廣泛吸收綜合先秦各派的見解，“並沒有一個前後一貫的理論體係，儒道兩大思潮既融合又對立的關係在這裏清晰可見……《淮南子》的人性論的長處不在精而在博，人性論的多方麵的內容它差不多都涉及了，為後人深入思考這個問題提供了豐富的資料”。燕國才先生認為“《淮南子》繼承先秦道家的傳統，主張一種所謂‘純樸無邪’的人性論”，並通過與荀子的對比中得出“《淮南子》人性論中的‘天人之分’和荀子人性論中的‘性偽之分’是不同的。後者隻承認人的自然本性是性，並且把它看成是惡的；而不承認人的社會本性是性，並且把它看做是人為而善的。前者既承認人的自然本性是性，並且把它看成是‘善’的；也承認人的社會本性是性，並且把它看成是‘不善’的，可見，《淮南子》和荀子雖然都研究了人性的兩個方麵，但我們卻不可把‘天人之分’和‘性偽之分’看成一樣。”徐複觀先生認為《淮南子》“將性分為上、中、下三品，教乃以中品為對象，這與董仲舒的性論非常接近，可知此乃當時儒家性論的通說。但這不是《淮南子》中性的主體，《淮南子》中性論的主體是道家”。以上幾種觀點都承認《淮南子》人性論非純粹的道家人性論，而是吸收了儒家的內容，牟先生指出《淮南子》在人性論上博與融合的特點，不將其歸於某一家，而後兩位先生明確定其為道家，並指出其與儒家人性論同異之處，由此顯現出《淮南子》在人性問題上的理性選擇的態度，既有所本又有所取，並看出其對道家思想的積極改造。