治國之道關鍵是要處理好君臣間的關係，《淮南子》認為君與臣職責不同，君製臣，臣事君，不可相無，二者相輔相成，各得其宜，雖異則宜。並提出“異道則治，同道則亂”。異道就是各司其職，不越位，不混則有序，從而達到異則一的殊途同歸的整體和諧的效果。“不正本而反自然，則人主逾勞，人臣逾逸”，認為社會政治中君臣關係間應該遵循自然這一法則。這種自然就是事物的內在規律，不單是單個事物的特性，還包括事物間的本然聯係。隻有如實地把握這些自然特性，才能以逸待勞，使事物得以順利地發展。
君製臣、臣事君的上下關係，是由道所決定的：
主道員者，運轉而無端，化育如神，虛無因循，常後而不先也。臣道員者，運轉而無方者，論是而處當，為事先倡，守職分明，以立成功也。是故君臣異道則治，同道則亂。各得其宜，處其當，則上下有以相使也。夫人主之聽治也，虛心而弱誌，清明而不暗。是故群臣輻湊並進，無愚智賢不肖莫不盡其能者，則君得所以製臣，臣得所以事君，治國之道明矣。文王智而好問，故聖。武王勇而好問，故勝。夫乘眾人之智，則無不任也；用眾人之力，則無不勝也。千鈞之重，烏獲不能舉也；眾人相一，則百人有餘力矣。是故任一人之力者，則烏獲不足恃；乘眾人之製者，則天下不足有也。
故上下異道則治，同道則亂。位高而道大者從，事大而道小者凶。故小快害義，小慧害道，小辯害治，苛削傷德。大政不險，故民易道；至治寬裕，故下不相賊；至忠複素，故民無匿情。
從道的角度把道作為治理天下的理論依據，將君主的行為與權力限製在一定範圍之內，警示統治者應慎用權力，不可妄為，反對苛刑暴政。在治理社會的係統中君臣應分工合作、齊心協力，才能實現整個社會的有序性。在君製臣的前提下，充分調動群臣的才能和積極性，推動社會的正常運行。人主的高明之處在於善用眾臣之能，雖不見不知，卻能通過他人之知獲取對外界的認識。但君製臣要靠人主的清明、虛心，才能調動群臣的積極性，盡其所能，君臣協力才是國家實現治理的基礎，而不是僅靠君主的權勢。同時認為聖的內涵包括智慧和好問學，這明顯的是吸收了儒家的聖人觀念。
《淮南子》重視君主的作用，提出尊君，但沒有對君主的權力和地位進行理論上的建構和論證。“所為立君者，以禁暴討亂也”，君主應是人間正義的代表，能“禁暴討亂”、治理社會。“故義勝君，仁勝父，則君尊而臣忠，父慈而子孝。聖人在上，化育如神”，尊君的前提是義勝君，即君主行義則君尊，才能製臣。“主者，國之心，心治則百節皆安，心擾則百節皆亂。故其心治者，支體相遺也；其國治者，君臣相忘也”，這是道家的君臣觀。君主是國家的表率，因此，君主應寡欲無為，不擾民。“相忘”使臣不感到君權的威壓，說明君臣間的某種平等性，實際抬高了臣的自主性。“上操約省之分，下效易為之功，是以君臣彌久而不相厭”，“上操其名以責其實，臣守其業，以效其功，言不得過其實，行不得逾其法，群臣輻湊，莫敢專君”，君主所操之名就是法和禮，以規範臣的行為。達到君製臣的目的。君無為，則臣效力。“夫疾風而波興，木茂而鳥集，相生之氣也。是故臣不得其所欲於君者，君亦不能得其所求於臣也。君臣之施者，相報之勢也。是故臣盡力死節以與君，君計功垂爵以與臣。是故君不能賞無功之臣，臣亦不能死無德之君”，相連之物是相互依存、相互作用而並生的，君臣是相互依賴、相互回報的政治利益關係。臣盡忠，君盡賞，才能各得所需。而君之賞與臣之盡死都是有條件的，即君有德，臣有功。