由於台灣《國統綱領》的存在和國民黨元老的製約，李登輝執政初期，確實為兩岸關係的改善做了些工作。但是李登輝當局試圖搞所謂的“一國兩府”，促使大陸承認台灣的對等地位。90年代中期後，李登輝羽翼已經豐滿，大權在握。台灣當局逐步脫離“一個中國”政策，1999年7月，李登輝在接受德國之聲廣播電台記者采訪時，更提出了“特殊國與國關係”的“兩國論”主張，試圖對兩岸關係進行重新定位。李登輝時代，由於彭明敏、李登輝為首一些台灣政客親日情結的泛濫與鼓噪，在對日問題上台灣方麵往往立場暖昧，對日本予以諒解和羨慕，對中國大陸予以嫌棄和討厭。台灣方麵在釣魚島問題上立場的蛻變，隻是此種“親日派”觀點的表現之一。就李登輝本人來說，在日據時代他深受日本皇民化的教育與日本文化影響，有著根深蒂固的親日情結。在日本作家司馬遼太郎的筆下，他是“近理想型的日本人”。也有學者指出：“近年來李登輝公開強調自己在23歲前曾是日本人的榮幸，再加上附和日本以‘終戰’篡改‘侵略投降’的謊言，處理釣魚島主權事件的曖昧，以及視日本漁民生計安全重於我中華民國台灣同胞之‘日本一切優先’的政治考慮等事實，也充分顯示他那種深厚的日本情結。”李的個人因素再加上台灣朝野存在的親日派勢力對日本抱有的幻想，使得台灣當局的外交具有“聯日反華”的特點。正因為出於這樣的考慮，台灣方麵當然不希望由於釣魚島之類的爭執引起台日爭端，破壞台日關係。因此從力爭釣魚島主權蛻變為爭“保漁權”也就勢成必然了。
事實上，70年代早期的保釣運動中，台灣當局就因為國際空間的困境對日本侵占我國釣魚台列嶼的行為就有心有餘而力不足的內憂。第一次保釣運動末期，海外保釣運動發生了兩派分化，部分人士轉而支持中華人民共和屆恢複在聯合國的席位。台灣國民黨當局因而指責該運動為“為匪統戰”。事後，部分海外留學生更是因此遭受到了國民黨當局的清算和迫害。國民黨《中央日報》甚至發表了《匪對“釣運”陰謀大白》一文，認為中共海外統戰部利用保釣運動進行反國民黨的統戰活動。顯然對於失去大陸的慘痛回憶和對“中共統戰戰略”的懼怕，使台灣的國民黨當局深感反共及保住在台統治地位是更為重要的事。而李登輝執政後，台灣當局不斷在國際上進行所謂的“務實外交”活動，諸如推動台灣重返聯合國，1993年訪美等等，試圖讓國際社會重視台灣的存在。但是在祖國大陸政府的抗議和努力下，台灣的外交困境並沒有多大的改變，台灣的“邦交國”卻日益減少。1999年李登輝拋出“兩國論”，試圖對兩岸關係進行重新定位和解釋，公然挑戰一個中國政策，海峽兩岸一時劍拔弩張，引起了世界對台灣海峽兩岸的關注。而美國視李登輝為“麻煩製造者”。因此，台灣當局當然不會因為釣魚島問題與日本發生衝突，在台灣當局和親日勢力的眼裏，“媚日反共”倒可以使台灣找到了日本這一靠山。
李登輝的媚日反共基因，後來遺傳到民進黨人身上。民進黨人特別是其高層在保釣問題上的曖昧表現與李登輝如出一轍。對此，在1996年第三次釣魚島問題紛爭中，香港《明報》9月6日的社論裏有一段深刻的評論：其實，在台灣島上，不僅是李登輝，而是差不多所有搞台獨的人都想投靠日本。去年，台獨勢力舉行“馬關條約一百年，告別中國大遊行”時，台灣街頭就曾出現日本皇家象征的八菊旗和日本軍歌；民進黨的“紀念馬關條約百年代表團”千裏迢迢到日本參拜天皇神像，民進黨立委呂秀蓮甚至對日本人說，“因為日清簽訂馬關條約，台灣終能脫離中國，讓我甚感不幸中的大幸”。由此看來，眼下台灣民進黨對日本強占釣魚台一聲不吭，也就不足為奇了。而對民進黨主政後在釣魚台問題上推行的媚日政策，2003年台灣《中央日報》發表文章指出：“扁政府與民進黨向來親日，與其金主、支持者、及黨內大老曾負芨、經商、及流亡日本有關。不論日本侵占釣魚台列島、小泉三度參拜靖國神社、慰安婦要求日本政府道歉等事件上，民進黨政府均視若無睹形同麻木，這與滿清無能、喪權辱國何異？”
台灣當局試圖利用日本牽製中國，而日本國內由於跟台灣的特殊關係，也希望在台灣問題上起一定的作用，牽製中國。因此台獨勢力、親日勢力與日本國內的反華勢力相呼應，使得釣魚島問題及其解決前景更顯複雜了。
三、“台獨保釣”觀，值得警惕的新動向
90年代後，台灣當局在李登輝等“台獨”勢力的主政下，保釣出現了一股暗流。這就是所謂“台獨保釣”論的出籠。1990年11月，在第三次保釣中，台灣的大學校園出現了不協調的聲音。有一個由台灣大學部分學生組織的所謂“台灣新生代主權運動聯盟”發出未署名的傳單說：“仲裁者美國可以非法指定中華民國接管台灣，取得事實主權，當然也可以把釣魚台割給日本，釣魚台是日本的領土，已是無可改變的事實。”這種打著“保釣”而“棄釣”的主張是一小撮人。當然立即受到台灣愛國學生和統派人士的反對。台灣進步學生聯盟甚至將這批人斥責為親日的“台灣青年獨立聯盟”主張的翻版。台灣保釣運動領袖王曉波教授一針見血指出，台灣新生代主權聯盟的觀點實質是“先獨後釣”的“台獨”觀點。
國際法上領土糾紛屬於國與國之間的事務。以台灣與日本斷交的國際地位，對於釣魚台列島之類的領土紛爭台北方麵顯然不具備介入領土紛爭的法律地位與實際力量。日本以所謂“有效占領”的國際法理論為依據，表明其對釣魚台列島的主權。但是無論從曆史上，還是從法律角度上來看，都是站不住腳的。日本方麵實施強權政治和強勢外交，實際有效地控製釣魚台列島的事實，也使台灣方麵在“保釣”上無所作為。麵對這種外交困局，如何解決釣魚島主權歸屬之爭，台灣方麵出現了兩種完全不同的聲音。有人主張海峽兩岸聯合共同對日。台灣著名學者王曉波就是此一愛國立場的代表人物。而另外一派則是90年代才出現的所謂“台獨保釣”論者。1999年台灣出版了林田富所著《釣魚台列嶼主權歸屬之研究》。這是此種“台獨保釣”論的代表作之一其主要論點如下：
第一，認為隻有台灣獨立，才能在國際上以對等的資格與日本談判釣魚島的歸屬問題。即台灣地位明確在先，然後才能解決釣魚島主權歸屬。林田富認為台灣如果隻是中國的一個省，或是一個與香港類似的特別行政區，那麼，與日本之間關於釣魚島主權的紛爭，隻能由國際上代表中國的大陸政府與日進行談判。這樣，將使台灣不得不接受“一個中國”政策，對於要求國際社會承認主權存在、要求獨立的台灣政府來說，“一個中國”的政策顯然不能接受的。“如果台灣被中國統一，則釣魚台列島一並歸屬中國；如果台灣的法律地位懸而不定，則釣魚台將維持由日本事實上占有的局麵；而如果台灣獨立為一個國家，則釣魚台也應成為這個國家的領土。”總之，林田富認為，以一個中國的思考模式來主張釣魚台列島主權，總不免使台灣陷於被中國吞沒的困境，所有的努力最終都被中國吸收。這對台灣在兩岸談判上的自主權而言，是非常不利的。因此，為台灣爭取國際上的承認，讓台灣早日成為一個主權獨立的國家，是“台獨保釣”的努力方向。