1949年9月25日，新疆和平解放。隨著全國解放形勢的發展和新疆各族人民革命鬥爭形勢的高漲，國民黨新疆警備司令陶峙嶽、新疆省政府主席包爾漢宣布起義，中國人民解放軍第一野戰軍第一兵團在王震將軍率領下進駐新疆。1949年10月1日，新中國成立。新疆各族人民與全國人民一起，迎來了民族團結和社會主義現代化建設的新天地。但是，新疆和平解放以來，分裂與反分裂的鬥爭一直沒有停止過。特別是20世紀90年代初冷戰結束後，隨著蘇聯的解體和中亞民族主義的抬頭，新疆的穩定和發展受到“疆獨”勢力的嚴重挑戰。
一、和平解放後新疆問題的演變
1949年新疆的和平解放，給全疆各族人民帶來民族和社會經濟發展的大好機遇。在中蘇關係的友好的20世紀50年代，新疆的穩定有了良好的國際環境。50年代末，中蘇兩黨在意識形態領域發生意見分歧，並嚴重影響到了兩國關係。在六七十年代，隨著中蘇兩黨以及兩國關係的惡化，新疆問題立即成為蘇聯當局進行分裂中國與破壞新疆穩定的工具。其分裂活動表現為：策動邊民外逃和支持建立以分裂我國為目的的政黨，進行更為隱蔽的分裂活動。主要案例有：1962年春，蘇聯駐新疆的領事館引誘、煽動、脅迫中國公民逃往蘇聯，製造了“5·29”伊塔事件。其後又不斷挑起邊境事件，在新疆塔城製造軍事衝突，與此同時，蘇聯大量增兵中蘇、中蒙邊境。中亞的阿拉木圖塔什幹電台每天交替使用維吾爾語、哈薩克語對新疆展開反華宣傳，鼓吹維吾爾的祖國是東突厥斯坦，煽動維吾爾民族自決，像蘇聯那樣建立民族共和國。這些反華宣傳和分裂破壞活動給新疆穩定帶來嚴重問題，突出表現在1969的年破獲的東突厥斯坦人民革命黨的暴亂事件。1979年，蘇聯悍然出兵阿富汗，對新疆形成包抄之勢。
沙俄以來新疆動蕩的曆史經驗與教訓，讓中國政府認為新疆的主要危險來自蘇聯修正主義。80年代以來，新疆地區反分裂鬥爭呈現更加複雜多變的形勢。主要案例有：1981年5月27日伽師縣反革命武裝暴亂、1981年喀什“10·30”事件、1985年烏魯木齊“12·12”事件等。冷戰結束後，新疆民族分裂主義勢力更是蠹蠢欲動。
二、20世紀90年代以來新疆分裂活動及其新特點20世紀90年代以來，隨著蘇聯解體及其中亞各民族共和國的獨立，與泛突厥主義緊密相連的“東突”勢力受到國際宗教極端勢力複興的鼓噪，為實現建立所謂“東突厥斯坦”的目的，勾結國際恐怖主義組織，成為嚴重危害中國各族群眾特別是新疆人民的生命財產安全和社會穩定的一顆毒瘤。“疆獨”不僅威脅到中國的國家安全與邊疆地區的穩定，也對周邊有關國家和地區的安全與穩定構成了嚴重威脅。境外的“東突”組織現在主要活躍於中亞、歐美和西亞、南亞等地區，且他們有了合流的趨勢。1992年12月，境外“東突”分子在土耳其伊斯坦布爾召開了“東突民族代表大會”，妄圖加強各組織之間的聯合。他們成立了東突厥斯坦國際民族聯合委員會，並且確定了所謂“東突厥斯坦”的國名、國旗、國歌和國徽。1998年12月，來自11個國家的“東突”分子在土耳其首都安卡拉舉行第三屆“東突民族大會”，宣布成立“全世界東突厥斯坦解放組織聯盟”，並自命為境外“疆獨”的“惟一合法代表”，統一領導世界各地的“東突革命組織”，要“全力配合東突境內的民族解放運動”。2000年11月，境外“疆獨”組織在愛沙尼亞首都塔林召開了“第三屆世界維吾爾青年代表大會”，自吹自擂是“全世界維吾爾青年的最高領導機構”。
境外“東突”勢力還不斷派遣骨幹分子入境，以加強對境內“東突”勢力的扶持和領導。他們立足中亞這一前沿陣地，利用清真寺的宗教活動進行分裂主義的宣傳，對新疆進行思想滲透；設立專門出版機構，編篡出版煽動獨立的書刊和音像製品，通過各種渠道不斷輸入新疆；設立專門電台，使用維吾爾語、哈薩克語和烏茲別克語對新疆廣播，大肆進行心戰宣傳；召開各種名目的國際研討會、舉辦展覽和發表公開信，叫嚷新疆獨立，尋求國際敵對勢力支持；拉攏、收買、策反我國駐外人員和出國探親、朝聖、留學人員，進行情報搜集、勾聯和顛覆活動。分析90年代以來“疆獨”分裂活動，出現了以下新的特點，對新疆的社會穩定形成了嚴重的挑戰：
第一，多組織共存性。據了解，目前，在境內外的“東突”組織有50餘個。主要有：“東突厥斯坦伊斯蘭運動”、“東突信息中心”、“東突伊斯蘭真主黨”、“東突伊斯蘭黨”、“東突反對黨”、“東突解放組織”、“東突厥斯坦星火黨”、“東突厥斯坦青年黨”、“東突厥斯坦燎原黨”、“東突厥斯坦獨立組織”、“東突厥斯坦人民革命黨”、“東突厥斯坦民族解放組織”、“東突厥斯坦中央執行委員會”、“天山民主聯盟天山民族拯救者黨”、“星火黨”、“星火聯盟新疆伊斯蘭天山黨”、“探索”及“獨立黨”等。
第二，跨境跨國性。“疆獨”恐怖勢力與國際恐怖勢力有著千絲萬縷的聯係。他們在阿富汗、車臣等地參加實戰訓練，然後潛新疆進行暴力恐怖活動。在中亞，西亞、阿富汗等地“疆獨”分裂勢力建立了20餘個觀練基地，訓練恐怖分子。哈薩克境內的“東突厥斯坦委員會”策劃組建一支武裝部隊，多次到中哈邊界騷擾中國邊境地區。“東突”恐怖勢力與國際恐怖大亨本·拉登及其基地恐怖組織的關係更加為人關注。他們派人與拉登國際恐怖分子會麵，協調行動，劃分行動區域，妄圖在從事恐怖活動的資金與技術上得到其援助。早在90年代後期，在中亞、南亞活動的“東突”恐怖組織就得到了本·拉登在經費、物資上的大力支持。先後有來自10個“東突”組織的1000多人前往“基地”組織設在阿富汗坎大哈、馬紮裏沙裏夫、霍斯特、呼蘇提等地的恐怖主義訓練營，接受諸如爆炸、嗜殺、投毒等的係統培訓，成為“基地”恐怖勢力的重要力量。他們中的一些骨幹已經伺機潛入境內，還有一部分民族分裂勢力已經提出要在南疆山區實施“武裝割據”的設想，一旦時機成熟，有可能付諸實施。1999年初，本·拉登會見了“東突厥斯坦伊斯蘭運動”頭目，在許諾提供資金援助的同時，要求其“一切行動要與‘烏茲別克斯坦伊斯蘭解放運動’和塔利班協調。”2001年2月，本·拉登恐怖勢力與塔科班高層人物在坎大哈又商談訓練“東突”恐怖分子的事宜，決定撥巨款幫助訓練“東突”恐怖分子並承諾負擔2001年的活動經費。本·拉登恐怖勢力、塔利班和“烏茲別克斯坦伊斯蘭解放運動”還向“東突”恐怖勢力提供了大量的武器彈藥、交通工具、通訊設備等。塔利班還直接為“東突”恐怖勢力培訓人員。艾山·買合蘇木從境內外物色一些刑事犯罪分子、宗教極端分子、民族分裂分子到本·拉登恐怖勢力在阿富汗的恐怖主義訓練營地進行調練。在阿富汗的坎大哈、卡爾嘎、馬紮裏沙裏夫、本文斯卡爾帕如克、霍斯特等營地都曾訓練過“東突”恐怖分子。受訓後，一些“東突”恐怖勢力骨於分子被秘密派遣回中國境內，發展恐怖組織，策劃與從事恐怖活動。
第三，恐怖活動愈演念烈。“東突”組織公開宣揚要通過恐怖暴力手段達到分裂中國實現“疆獨”的目的。在警方查獲的“東突伊斯蘭黨”、“東突反對黨”等組織的綱領中明確提出，要“走武裝鬥爭道路”、“在人口集中的地區製造各種恐怖活動”。他們編印的小冊子《我們的獨立是否有希望》毫不掩飾地宣稱要不惜代價在幼兒園、醫院、學校等場所製造恐怖氣氛。同世界上大多數恐怖勢力一樣，“東突”恐怖勢力熱衷於借助把矛頭指向無辜平民的爆炸手段，以製造恐怖氣氛、擴大影響。有些“疆獨”分子還參加了中亞的國際恐怖組織。在俄羅斯反擊車臣恐怖勢力的戰爭中就發現有被俘的或戰死的“疆獨”分子。有的則參加在中亞的恐怖活動。1999年8月，“東突”恐怖分子參與了入侵吉爾吉斯斯坦南部劫持四名日本科學家和吉內務部隊高級軍官為人質的恐怖事件；2000年5月，境外“東突解放組織”為了籌集資金，在吉爾吉斯斯坦綁架了一名新疆商人並縱火燒毀了比什凱克中國商品市場；5月25日，恐怖分子策劃襲擊了中國赴吉爾吉斯斯坦處理綁架、縱火案的工作組，造成一人喪生兩人受傷。行凶後，恐怖分子逃往哈薩克斯坦，並於同年9月在阿拉木圖槍殺了3名哈薩克斯坦警察。