80年代中期至90年代初期，蘇聯與東歐社會主義國家推行西方民主政治和經濟體製的改革，引起了各種反蘇反共思潮的泛濫，民族主義意識崛起，大俄羅斯民族主義膨脹和非俄羅斯民族主義死灰複燃，民族矛盾口趨尖銳。蘇聯國內的民族問題與國內政治經濟危機交織在一起，形成一場規模巨大的民族分離主義運動，導致蘇聯解體，中亞五國走上了民族獨立和複興之路。蘇東集團的瓦解和美蘇兩極格局的坍塌，如同打開了潘多拉的魔盒，使過去被兩大陣營對峙掩蓋的眾多國際問題被釋放出來。其中民族宗教問題的抬頭，更是舉世賴目。特別是在中亞地區，民族主義思潮迅速泛起，民族獨立自主意識日益增強，過去潛伏的民族矛盾和問題開始爆發。隨著中亞各國紛紛獨立，伊斯蘭也在中亞地區全麵抬頭。受當代伊斯蘭複興運動的影響，民族分裂主義，宗教極端主義以及國際恐怖主義在中亞地區肆虐，成為危害地區及其周邊穩定的邪惡勢力。這給新疆地區的安全與穩定也帶來了直接的威脅。可以說，90年代“疆獨”問題愈演愈烈，是與冷戰結束後中亞伊斯蘭民族主義的複興緊密相連的。近幾年來新疆民族分裂主義勢力的抬頭實際上很大程度上是受到了中亞民族主義複興的影響。
第一，原蘇聯中亞五國的獨立，給新疆民族分離主義者找到了“新疆獨立”的借口。他們認為，既然中亞5個“斯坦”國均已獨立，為何新疆不能獨立？流亡在土耳其的新疆分離主義者鼓吹要聯合起來建立“東突厥斯坦共和國”。在80年代後期蘇聯解體的過程中，這些人就相繼成立了“維吾爾國際聯盟”、“維吾爾斯坦解放組織”、“東突厥斯坦國際委員會”等組織。蘇聯解體後，他們似乎看到了建立“東突厥斯坦共和國”的希望。中亞穆斯林國家獨立後鼓吹實行民族複興和民族回歸故鄉政策。1992年中亞各國相繼召開了世界哈薩克人大會、世界土庫曼人大會，號召國外的哈薩克人和土庫曼人回歸故鄉。哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦和土庫曼斯坦三國政府為回歸者提供優惠政策。這些做法使中亞與新疆的跨境民族問題複雜化，一定程度上影響了新疆的穩定。
第二，當代伊斯蘭複興運動對新疆穆斯林的思想衝擊更為嚴重。發生於我國新疆地區的“疆獨”活動，具有全球化時代的基本特點，即民族宗教問題的國際化。中亞民族宗教問題對我國新疆的衝擊，更是如此。本來，伊斯蘭激進勢力在中亞地區具有強烈的曆史和現實社會基礎。中亞各國主體民族和絕大多數非主體民族都信仰伊斯蘭教。由於伊斯蘭教與中亞各民族聯係的密切性，中亞五國在獨立之初，均把弘揚本民族文化傳統、支持伊斯蘭教在本國的發展作為加強民族凝聚力以鞏固新政權的基本舉措，使伊斯蘭教一改蘇聯時期被壓製的地位，其影響迅速滲入包括政治生活在內的各個領域。同時，出於對擺脫大俄羅斯主義的影響，各國紛紛作出對本民族有利的各項政治措施，其中原教旨主義因為堅持消除外來文化對伊斯蘭的“汙染”而在一定程度上得到社會的認同。
由於中亞各國市場經濟轉軌過程中社會秩序混亂，加之政治生活中的腐敗現象，蘇聯解體後人民生活水平的下降及沙特、土耳其、伊朗等外部伊斯蘭勢力乘機擴大對中亞穆斯林的影響等原因，宗教勢力伴隨著伊斯蘭教的複興迅速壯大，在蘇聯解體不到兩年就有一批伊斯蘭極端政治組織紛紛登上中亞各國政治舞台，欲推翻世俗政權，在中亞建立政教合一的伊斯蘭國家。中亞各國政府雖然對此采取了一係列打擊措施，但在中亞地區內外因素的影響下，伊斯蘭勢力經過十多年的發展已經形成一定氣候。目前中亞地區伊斯蘭勢力不僅規模大，而且與當地政治反對派、民族分裂勢力、周邊伊斯蘭國家聯係密切，有的以合法政治黨派身份活躍於政壇（如塔吉克斯坦），有的已發展成為具備一定規模的武裝力量，對中亞國家形成嚴重威脅。
90年代初中亞五國獨立以來，該地區宗教熱興起。其大致可以劃分為兩個階段，即1991至1996年，伊斯蘭教全麵複興；從1997年起伴隨著伊斯蘭教進一步發展，宗教極端勢力開始猖狂活動，並同民族分裂勢力和國際恐怖勢力相勾結，沆瀣一氣，對中亞地區的和平與穩定構成嚴重威脅。在第一階段，中亞各國的主要表現是信教人數、宗教設施、宗教組織、宗教派別以及宗教活動都有了很大的發展，中亞各國伊斯蘭教的外殼都在迅速膨脹：下麵來自哈薩克斯坦的資料，可以說明中亞伊斯蘭複興的一般情況。
蘇聯解體以後，中亞各國都不同程度的陷入了經濟危機，居民生活水平下降，社會秩序混亂，在這種情況下，世界社會主義的運動的重挫，讓更多人開始信仰伊斯蘭教以尋求精神寄托。本來中亞各國伊斯蘭文化傳統根深蒂固，恢複伊斯蘭文化傳統有助於鞏固新獨立的國家政權。
第三，從90年代起，中亞宗教極端勢力的抬頭與對新疆的滲透，加劇了新疆的動蕩。伊斯蘭原教旨主義鼓吹“政教合一”，向世俗的國家政權提出了挑戰。發生在俄羅斯境內的車臣戰爭和阿富汗塔利班政權就是其典型。宗教極端主義與民族分離勢力和國際恐怖主義相結合，使中亞的伊斯蘭複興運動更加複雜化，並與以下三股勢力勾結在一起。一是民族分離主義勢力。民族分離主義者堅持認為每個民族都有建立自己的國家的權利，這與多民族國家的發展方向是背道而馳的，實際上是破壞多民族國家統一的極端民族主義者。照此推理的話，中國新疆的少數民族分離主義者也可以迮立自己的獨立國家，這與我國維護祖國統一的目標是不相容的。二是宗教極端勢力。一般說，宗教極端主義是打著宗教旗號或以宗教極端主義麵貌出現的極端主義，實際上是屬於政治範疇，其目的是要恢複祌權統治國家和人民。伊斯蘭的宗教極端主義是伊斯蘭教內部的一股極端思潮，旨在建立完全由伊斯蘭教統治的政教合一的神權政權，通過鼓吹聖戰或者恐怖主義來實現自己的政治目的。他們提出“不要西方，也不要東方，隻要伊斯蘭”的典型口號。三是恐怖主義勢力。中亞地區的恐怖主義一般具有濃厚的伊斯蘭原教旨主義色彩，其基本思想是宣傳聖戰，為了聖戰要有勇氣殺死異教徒和民族敗類。他們要求每個穆斯林不受時間，地點和方式的限製，隨時隨地以自己的鮮血和生命為了主道而奮鬥。伊斯蘭在中亞的複興加劇了我國新疆地區的動蕩。據不完全統計，自1990年至2001年，境內外“東突”恐怖勢力向境內滲透，在新疆境內製造了至少200餘起暴力恐怖事件。造成各族群眾、基層幹部、宗教人士等162人喪生，400多人受傷。
第四，中亞國家領導人或多或少表現出對伊斯蘭運動同情，對我國新疆局勢的影響不可忽視。在蘇聯共產黨和斯大林領導國家的蘇俄時期，蘇聯當局對少數民族推行大俄羅斯主義，壓製宗教自由，在“大肅反時期甚至對某些少數民族進行整個民族的大遷徙。企圖讓其遠離故土，遠離滋生反對俄羅斯的土壤。斯大林一時的壓製似乎維護了聯邦的穩定但是，這隻是暫時維護了國家的穩定。90年代初蘇聯的解體直接原因就是民族宗教問題引發的。其中，中亞各加盟共和國領導人對伊斯蘭民族主義的天然同情，或對伊斯蘭的複興運動的利用起到了推波助瀾的作用。伊斯蘭在中亞的複興，引發了中亞伊斯蘭情感的大擴散，也引起了他們對同樣擁有相當多伊斯蘭教徒的新疆地區的關注。哈薩克斯坦總統納紮爾巴耶夫在關於社會思想的專論中確認，“宗教現已成為社會生活精神的組成部分”，“是實現人類一些共同理想作為其人道主義教義的基礎”。塔吉克斯坦卡裏莫夫總統承認宗教是人類的可靠伴侶，是人類生活的一部分。”中亞一些地方出現伊斯蘭複興黨等極端宗教政治組織，公開鼓吹建立政教合一的伊斯蘭神權國家。其中塔吉克斯坦伊斯蘭複興黨最為活躍，它積極參加塔吉克斯坦內戰。這場內戰持續了五六年，致使數萬人喪生，幾十萬難民流離失所。進入90年代的後期，以伊斯蘭原教旨主義出現的恐怖主義橫行，成為危害許多國家安全和毒化國際關係的嚴重問題。