而在泛伊斯蘭主義的發展中，伊斯蘭原教旨主義的影響尤為突出。“原教旨”一詞來源於基督教，其含義為根本的教義、原初的宗旨，後來用於指宗教領域的複古傾向，如猶太教原教旨主義、基督教原教旨主義、伊斯蘭教原教旨主義。總的說來，原教旨主義是一種引導信徒回到原初教義的宗教複古思潮。事實上穆斯林內部並不使用“原教旨”一詞。所以穆斯林所理解的伊斯蘭原教旨主義是指嚴格意義上的傳統主義，即試圖追溯到最初的單純的伊斯蘭形態的主張，履行先知穆罕默德的遺訓，恢複《古蘭經》和聖訓的真正精神的宗教神學思潮。其思想淵源可追溯至公元九世紀的伊斯蘭教法學派罕百裏學派。當今伊斯蘭原教旨主義的複興根源是由兩部分組成的·是內部導火線即伊斯蘭教的“自我純潔運動”；二是外部導火線即對抗西方世界非伊斯蘭勢力對於穆斯林世界經濟的剝削和政治的壓迫。其外部導火線是在近代穆斯林人民反對西方列強殖民統治的社會背景之下，西方民族國家的誕生以及近代阿拉伯民族獨立運動的失敗，導致伊斯蘭運動得到發展的後果。近代伊斯蘭原教旨主義實際是伴隨著民族主義而複興的。至1920年近代伊斯蘭國家除了土耳其、沙特阿拉伯、阿富汗和伊朗還在一定程度上存在獨立，其餘都淪為西方國家的殖民地。西方列強在穆斯林的土地上推行他們的文化價值時，當地穆斯林自然會反抗。而這種反抗是基於文化而不是種族——伊斯蘭不允許有種族的差別白人不比黑人優越，阿拉伯人不比其他民族優越，優越的是有信仰的人。既然西方入試圖把在他們統治下的穆斯林變成和他們一樣的西方人，因此當地穆斯林會盡力去消除殖民者在他們文化生活中的影響，盡力去區別穆斯林人和西方人，於是原教旨主義開始受到越來越多的重視。
“文明的衝突”論較好地解釋了伊斯蘭原教旨主義產生的背景。伊斯蘭原教旨主義產生的內因，可以追溯到伊斯蘭教興起之初，即淳樸的伊斯蘭融入外來的波斯、猶太、羅馬和希臘文明之時。當時，“除了信仰沒有其他東西可以勝過其他民族”的阿拉伯人積極學習其他民族的知識，結果波斯文化及其他外來文化占據了伊斯蘭社會的意識形態領域，古敘利亞文和希臘文的哲學書籍被譯成阿拉伯文，在伊斯蘭的城市裏，各種族不同的文化相互交融撞擊，在社會和思想領域出現了分歧和差異。不久就出現了遜尼（Sunni）、什葉（Shia）和哈瓦裏（Khawarij）等教派的分歧，伊斯蘭開始分裂。各派的學者以不同的觀點對《古蘭經》和聖訓進檸解釋。而原教旨誕生的初衷就是要消滅滲透到伊斯蘭中的外來因素，而使得穆斯林們副除這些不良影響最終成為真正的穆斯林。
二戰之後興起的民族解放運動，急劇加速了中東民族獨立國家的形成。90年代蘇聯瓦解，更多的穆斯林社會獲得了獨立。伊斯蘭教因此出現了複興的浪潮。根據一項統計，在1757—1919年間，大約有92個穆斯林地區由非穆斯林政府統治；到1995年，在這些地區中有69個恢複了穆斯林的統治，穆斯林人口在其中45個獨立國家中占絕對多數。1820—1929年間，50%涉及不同宗教的國家間戰爭是在穆斯林和西方基督教徒之間進行的。這一事實說明了這一時期穆斯林所處的境地。在今天原教旨主義盛行的區域正是當初穆斯林同西方人在文化上爭奪、衝突最激烈的地方。冷戰期間，伊斯蘭世界和西方出於共產主義的壓力而處於妥協的階段。但是，隨著東歐劇變、蘇聯解體，冷戰結束，在經濟政治上依舊處於西方控製下的穆斯林世界和西方的矛盾開始公開化。90年代中期，在穆斯林和非穆斯林之間發生的28次文明斷層的衝突中，有19次發生在穆斯林與基督教徒之間；與東正教徒的衝突為11次，與非洲及東南亞國家的西方基督教信徒之間的衝突為7次。在這些暴力或者潛在的暴力衝突之中，隻有一次是直接沿著西方和伊斯蘭之間的斷層線發生的，即克羅地亞和波斯尼亞之間的衝突。西方領土擴張主義的實際終結，與穆斯林領土擴張主義的尚未開始，在地緣政治上產生了一個交集地區：西方和穆斯林在巴爾幹地區直接接壤。這就是亨廷頓所謂的“文明的衝突”。
在穆斯林世界裏，不論是政治家、官員、學者、商人還是記者，他們會強調其文明與西方文明之間的差異，其文化的優越性，以及抵製西方的猛烈進攻以保持其文化完整的必要性。穆斯林害怕和憎恨西方的力量及其他對他們的社會和信仰構成的威脅。他們認為西方文化是物質主義的、腐敗的、頹廢的和不道德的。他們也認為西方文化具有誘惑力，強調抵製西方文化對其生活方式的影響。穆斯林攻擊西方的，不再是信仰上有缺陷的、錯誤的宗教至少還算是“書本上的宗教”，而是越來越激烈地攻擊西方根本不信仰任何宗教。在穆斯林眼中，西方是世俗主義的和無宗教信仰的，因而也是不道德的，與產生這些現象的西方基督教相比，這些是更大的罪惡。冷戰期間，西方將其對手視為“不信神的共產主義”；在冷戰後的文明衝突中，穆斯林則將對手視為“不信神的西方”。蘇聯的解體在廣大中亞地區形成了權力的真空，對於原教旨主義者而言，這塊曾經為蘇菲派所占據，而後被共產主義無神論者統治的擁有眾多穆斯林人口的土地無疑是最需要他們的地方。
二、“東突”的由來及其分裂主張
泛突厥主義對我國尤其是在新疆的影響可以追溯到一戰之前。那時奧斯曼帝國“突厥思想宣傳隊”的足跡已經遠及新疆。18至19世紀初，俄國和歐洲的一些人開始將新疆南部稱作東突厥斯坦。1827年俄國人齊姆可夫斯基提議以“中國突厥斯坦”取代東突厥斯坦。1829年俄國人比丘林著文反對此議。而後，這兩個名稱——東突厥斯坦和中國突厥斯坦隻是在俄國和西方作者中經常使用。