20世紀初以後，極少數新疆分裂分子和宗教極端分子，受國際上宗教極端主義和民族沙文主義思潮的影響，根據老殖民主義者炮製的說法，將不規範的地理名詞“東突厥斯垣”政治化，編造了一套所謂的“東突厥斯坦獨立”的“思想理論體係”。1915年，大突厥主義分子麥斯武德從土耳其留學歸來，他創辦伊斯蘭學校，宣傳泛伊斯蘭主義，鼓吹：“我們的祖先是突厥”，“我們的祖國是土耳其”；“東突厥斯坦”自古以來就是一個獨立的國家，其民族有近萬年曆史，“是人類曆史上最優秀的民族”；所有操突厥語和信奉伊斯蘭教的民族聯合起來，組成一個“政教合一”的國家。他還否認中國各民族共同締造偉大祖國的曆史；叫囂“要反對突厥民族以外的一切民族”，消滅“異教徒”，中國是“東突厥斯坦民族3000年的敵國”，等等。所謂的“東突”理論形成後，形形色色的分裂分子都打著“東突”的旗號進行活動，企圖實現其建立“東突厥斯坦國”的妄想。
可以說“東突”勢力、“東突厥斯坦”是在泛突厥主義和泛伊斯蘭主義的影響下產生。20世紀三四十年代的新疆軍閥混戰，民不聊生，再加上外國勢力的幹渉，政局混亂，在此期間先後出現過兩個“東突厥斯坦共和國”。1933年11月，沙比提大毛拉等在喀什建立了所謂“東突厥斯坦伊斯蘭共和國”，但在新疆各族人民的反對下，不到三個月便垮台了。1944年，爆發了反對國民黨統治的、作為中國人民民主革命運動一部分的“三區革命區”是指當時新疆的伊犁、塔城和阿勒泰三個地區），分裂分子艾力汗·吐烈（原蘇聯烏茲別克人）竊取了“三區革命”初期的領導權，在伊寧成立了所謂“東突厥斯坦共和國”，自任“主席”。1946年6月，“三區革命”領導人阿合買提江、阿巴索夫等撤消了艾力汗·吐烈的職務，將“東突厥斯坦共和國”改組為伊犁專區參議會，分裂勢力受到了致命的打擊。這就是今天的東突勢力的由來。這兩個“東突厥斯坦共和國”是泛伊斯蘭主義、泛突厥主義和西方的“民族自決”思潮孕育出的怪胎。蘇聯曾深受打著泛伊斯蘭主義、泛突厥主義旗號的巴斯馬其叛亂之苦，在本國嚴禁這兩個主義，但出於搞“雙重外交”製衡中國的需要，肆意縱容和利用這兩股勢力，破壞了新疆的穩定。
1949新疆和平解放後，“東突”勢力受到沉重打擊，暫時慨旗息鼓。隨著80年代當代伊斯蘭複興運動的抬頭，“東突”開始死灰複燃。1979年伊朗發生伊斯蘭革命，沉重打擊了美國在中東的利益，土耳其在美國中東戰略所謂橋頭堡地位隨之凸顯，並隨著兩伊戰爭和海灣戰爭的相繼爆發日益鞏固。蘇聯崩潰後，美國拉攏土耳其，表示支持土耳其擴大對高加索和中亞以至新疆各突厥族的影響，成為一個“區域領袖”。泛突厥主義由此進入了它的黃金時期。
“東突”勢力以“東突厥斯坦獨立”為目的，以民族分裂主義、宗教極端主義和暴力恐怖主義為思想基礎和手段，企圖將新疆從中國的領土中分離出去。“東突”勢力的反動核心和本質是搞民族分裂。他們還與國際極端主義和恐怖主義緊密勾結。國際上的泛伊斯蘭主義組織對於“東突獨立運動”十分熱心。如“伊斯蘭世界聯盟”屬下的“社會主義國家處”，其負責人熱合木圖拉即是新疆的“東突”分子。1990年，“世界伊斯蘭統一者”會議提出“一定要幫助和支持中國新疆90年代實現獨立”的口號。“東突”分子則為自己壯大聲勢，借機勾結反華勢力。他們認為“要實現獨立的目標，沒有國際支持不行，沒有西方的支持不行，僅有少數國家的支持也不行，因此要打國際牌，使新疆問題國際化”。科索沃戰爭後，“疆獨”分子認識到僅靠暴力難以成功，於是轉而發動“人權”國際攻勢。其主要手段有：在西方國家議會聽證會上作證；舉辦“東突厥斯坦問題”研討會、展覽會；向聯合國、大赦國際等國際組織遞交“控訴”報告，散布中國“在新疆屠殺少數民族、破壞人權”的謊言。北約轟炸南斯拉夫期間，盤踞在哈薩克斯坦的“東突”組織在阿拉木圖舉行遊行集會，宣稱“科索沃”的今天就是“維吾爾斯坦的明天”。美國對阿富汗恐怖勢力實施打擊之初，曾有“東突”組織恐嚇中國政府，不要加人國際反恐聯盟，不要向美國提供支持，否則會遭到報複。但是在阿富汗大局已定，塔利班恐怖勢力遭至沉重打擊後，“東突”分子又刻意低調行事，轉入秘密狀態。
現在，“東突”勢力及其組織做的是與中國政府和中國各民族人民打持久戰、遊擊戰、恐怖戰的準備，並已初步形成以西亞為大本營、以中亞為橋頭堡、以歐美為國際講壇、以西方敵對勢力為後台、以新疆為主戰場的總體態勢。據披露，在中國大陸境外（主要是在中亞和西亞），“東突”組織就有50多個。新疆境內也存在一批恐怖主義組織。自從1997年伊寧發生騷亂事件以來，新疆的恐怖活動進入了一個活躍期，不但中國西部邊陲的喀什成了“東突”恐怖主義活動的中心，一些恐怖活動甚至蔓延到我駐外機構——在巴基斯坦、阿爾及利亞、也門、越南、俄羅斯、美國等地都曾發生我駐外人員遭綁架等類似事件。“東突厥斯坦獨立運動”背後的推動力量，主要是流行於中亞、西亞的“泛突厥主義”運動，事實上，盡管突厥語國家的曆次峰會都把打擊恐怖主義的話掛在嘴邊，但有少數國家總喜歡對“疆獨”分子網開一麵。在境內，“疆獨”分子在1996年10月成立了“伊斯蘭真主黨”。標誌著其開始建立統一的組織。
“疆獨”主要宣揚“突厥民族優越論”、“殺漢滅回”。東突厥斯坦解放陣線、中亞維吾爾民族聯盟、維吾爾伊斯蘭獨立運動組織、東突厥斯坦青年協會等恐怖組織，主張用暴力手段完成“東突厥斯坦解放運動”，要在新疆境內開展大規模武裝鬥爭。90年代來，伊斯蘭原教旨主義分子開始采取更加殘忍的手段，在新疆製造350多起恐怖事件，越來越暴露出了其恐怖主義本質。