同治帝這時急紅了眼，認為奕等人簡直不懂事，竟準備下令將他們全部革職。慈禧得知這一情況後，立即出麵製止了同治帝這一決定。為什麼慈禧會這麼做呢，不僅僅是當年發動政變奕立了大功，更重要的是，野史記載奕還是慈禧的男寵。
此事，同治帝沒能辦成，心情也不是很舒暢。然而，等待他的是更悲慘的事。1875年1月，20歲的同治帝就因得了重病，不治身亡，英年早逝。他親政治國的念頭，也隻有到陰間去實現了。
光緒成為傀儡皇帝
同治帝死後，國家不可一日無君。由於鹹豐帝隻有一個兒子，因此慈禧便選定了她的外甥（鹹豐帝的侄子），4歲的愛新覺羅·載湉為帝，此人便是有名的傀儡皇帝光緒。1881年4月8日，慈安太後暴崩卒，享年45歲。官方說法為腦溢血，但民間野史認為是慈禧所害。此事尚無定論，讀者可以自行判斷。
慈安死了，光緒還是小屁孩，這時的慈禧便沒有任何對手，一人獨霸朝政，享有著至高無上的權力。雖然，她掌管著大清王朝的命脈，卻並沒做出多少貢獻，反而簽訂了不少喪權辱國的條約，阻礙了中國的發展。
1883年至1885年，中法戰爭爆發，雙方在軍事上互有勝負，但以慈禧為首的清政府卻主張“乘勝即收”，與法國簽訂了《中法新約》，該條件嚴重有利於法國，使其獲得了不少侵略利益。
1894年，日本發動中日甲午戰爭。這時已19歲的光緒主戰，慈禧卻要求“不準有示弱語”，還大興土木，浪費財政修建頤和園，竟還動用軍費。有大臣提出暫停工程，號召全力抗日，卻遭到慈禧辱罵：“今日令吾不歡者，吾亦將令彼終生不歡。”
在這種內憂外患的形勢下，清軍在朝鮮戰場、黃海戰場雙雙失利，遭受嚴重挫折。但慈禧仍然沒吸取教訓，依然如故舉辦自己的六旬慶典。同時，她還支持李鴻章“避戰求和”的方針，打擊以光緒為首的主戰派。在金州、大連相繼陷落，旅順萬分危急的情況下，慈禧照常在寧壽宮度過了自己的60歲生日。
1895年，中國海陸兩個戰場均遭失敗，以慈禧為首的主和派派遣李鴻章為全權大臣，赴日乞和。該年4月17日，清政府簽訂了中國曆史上空前屈辱的條約《馬關條約》，中國放棄對朝鮮的宗主國地位，賠款2億兩白銀，割讓遼東半島（在俄、德、法等西方列強幹涉下，後以白銀3000萬兩贖回）、台灣島、澎湖列島，開放4個通商口岸，允許日本在通商口岸開礦設廠。
甲午戰爭失敗後，列強掀起瓜分中國的狂潮。為了救亡圖存，1898年6月，光緒帝發布“明定國是上諭”（即《明定國是詔》），實行變法。此次變法觸動了滿洲舊勢力貴族和眾多封建官僚的利益，他們聚集起來竭力反對阻止，當聽說光緒帝企圖讓袁世凱派兵殺死榮祿時，慈禧等人發動“戊戌政變”，拘禁了光緒皇帝，並處死譚嗣同等6人，變法遭遇失敗。中國清朝曆史上，本有機會改革富強的機會，也就這麼被慈禧給扼殺了，從此以後國家不斷淪陷，走入戰亂落後的漩渦中。
“剿匪”不成反失敗
戊戌政變剛剛失敗，中國北方就興起了義和團運動，先期差不多就是由白蓮教等民間秘密團體組織利用農民的愚昧掀起的一場革命。
最開始，慈禧決定剿滅，但多次鎮壓居然均告失敗。慈禧又破天荒想出采用《水滸傳》中的手法，希望像利用梁山土匪一樣，借助義和團去攻打西方列強。於是，慈禧一方麵要求各省將軍督撫認真布置戰守事宜，利用義和團圍攻使館、抗擊八國聯軍；另一方麵，她令榮祿前往使館慰問各國使臣，又分別致國書於俄、英、日、德、美、法等國元首，請他們出麵“排難解紛”、“挽回時局”，並將兩廣總督李鴻章調任直隸總督兼北洋大臣，準備與列強談判。但是，八國聯軍沒有停止進攻，一同攻入紫禁城，慈禧倉皇帶著光緒帝、皇後等人出逃北京，令奕劻、李鴻章為全權大臣，與列強進行談判，把戰爭的責任推到義和團身上，下令對義和團“痛加剿除”，並發布上諭表示要“量中華之物力，結與國之歡心”，其罪惡嘴臉令人不齒。
1901年9月7日清政府與11個帝國主義國家簽訂了《辛醜條約》，規定按照當時中國人口的數量賠款4.5億兩白銀，39年內賠款9.8億兩白銀，並懲辦主戰官員，拆除大沽到北京沿線所有炮台等。1902年初，慈禧與光緒帝等才灰溜溜地回到了北京。
臨時抱佛腳變法
為了維持統治，改變自身守舊無能的形象，慈禧太後居然也在“西狩”期間宣布實行“新政”，進行多方麵的改革舉措。
當時，國內人民普遍意識到君主立憲優於君主專製，要求清政府進行憲政改革。慈禧於是派五大臣出洋考察，宣布預備立憲，並頒布《欽定憲法大綱》，內容仿照德國和日本的憲法，維護皇帝的“君上大權”。
同時，慈禧太後還學著古代偉大帝王的樣子開始整頓吏治，大力嚴懲腐敗。當時的反腐風暴是由一本小說《官場現形記》引起的。西太後看了李寶嘉寫的書後十分生氣，她將清朝的衰落、受列強欺負的罪，都算到了這些貪官的頭上，於是開始展開規模龐大的“反腐”行動，而這場“反腐”行動的主要對象就是《官場現形記》中所影射的官員。
慈禧的“反腐”方法很簡單，就是按圖索驥，照著《官場現形記》裏影射的名單抓人，很快就有一大批官員被抓，並以謀反罪被斬立決。接著，慈禧太後又讓人將《官場現形記》中的一些行賄、受賄以及官員的腐敗行為整理刊印出來，下令全國官員凡有此行為者，皆為重罪。令人驚奇的是《官場現形記》裏所影射的大部分官員，幾乎都被慈禧太後以謀反罪處決了。雖然，這次反腐並沒有改變清朝的命運，但經過此次反腐，許多官員由此收斂了很多。一本小說能夠成為一個國家的“反腐指南”，這恐怕也算是世界獨一無二的奇跡！