如果說代表清政府的軍機處認為繼續平叛的邊際成本將要超過邊際收益，那麼支持繼續征戰的遠征軍將領在同樣的問題上卻有著截然相反的看法。首先，由於清朝中葉處於帝國的鼎盛時期，“每次戰爭都能投入足夠的公帑，這似乎激發了將領對擴大或延長戰爭的興趣。”[3]史料表明，經濟因素作為刺激清朝遠征軍延長在越南行動的重要因素有據可查。在對遠征軍的財政資助方麵，除了授權孫士毅直接調用廣西省的庫銀之外，乾隆皇帝還諭命戶部從鄰近各省調撥50萬兩白銀給孫士毅。同時作為遠征軍主帥，孫士毅擁有自由支配作戰和救濟忠於黎朝的當地民眾所有費用的全部權力[4]。其次，也有證據表明孫士毅在做出繼續作戰的決定之時已經對失敗可能造成的成本有清楚的認識，因為即使清軍在越南的行動最後以失敗告終，但依靠孫士毅在朝廷的密友，特別是和珅，他也能夠全身而退。這一點事後被證明完全正確：在孫士毅因為作戰失敗而被撤銷兩廣總督職務後不久，又被任命為兵部尚書兼任軍機大臣。總而言之，反對繼續作戰的軍機處和支持繼續作戰的遠征軍將領們雖然在具體政策上有嚴重分歧，但兩方所依據的卻都是對戰爭成本與戰爭收益的現實主義評估。
（二）第二階段：清政府與越南新政權的和談
由於遠征軍方麵與軍機處就幹涉的程度問題爭論不休，因而給了阮惠的西山軍以可趁之機。遠征軍占據河內不久，阮惠便卷土重來，突襲了舉棋不定的清軍和黎王部隊，清軍在這次攻擊中遭遇慘敗。麵對阮惠已經成為越南實際掌權者（於1788年稱帝）的局麵，清政府的對越政策發生了看似矛盾的巨大轉變：在重新扶持黎王複位後不久又立即拋棄了黎王。具體來看，清廷在加強邊境軍備的同時卻開啟了與新政權的和談大門。
孫士毅因慘敗被撤職之後，名將福康安被任命為兩廣總督。清政府將精兵強將雲集於邊界，表麵上擺出宗主國將要進行更大規模的進攻，以重新扶持黎氏王朝的態勢，但命令卻始終沒有下達。拋開宗主國的威望問題，與之前遠征軍是否有必要徹底壓平叛亂的考慮類似，清廷同樣對戰爭的收益與成本進行了全麵分析。
朝廷遲遲不發兵的原因主要有三點：首先，清政府有1766年征伐緬甸的失敗經曆，而當時朝廷解釋失敗最重要的因素是中國軍隊不適應緬甸當地的氣候和各種熱帶疾病。同樣，軍機處認為由於越南和緬甸在地理上相近、氣候上類似的緣故，對越南動用大軍進行征伐將會付出相當慘重的代價。其次，由於黎氏王朝已經基本失去了民眾的支持，那麼對越南用兵最終的結果必然是兼並其領土，但是因為越南正處於全麵叛亂之中，要想實現對越南的有效控製勢必需要中央政府派出大量的軍隊和官員，對這個問題，軍機處說得很清楚：“前代郡縣其地者，不久仍生變故，曆有前車之鑒，又安能保一二十年後。”[5]想要實現對越南有效的直接統治所要花費的代價太過高昂，甚至大批官員軍隊也未必能夠確保對越南的長久控製。第三，假如阮惠新政權願意繼續維持與清朝政府的宗藩關係，則出兵越南就失去了必要性，原因是作為藩屬國國王的阮惠與清政府所派去統治越南的總督就實權方麵並沒有本質區別，所謂“上天裂土而不分民”，事實上獨立的藩屬國統治者與理論上中國所具備的幹涉權並不矛盾，“以夷製夷”始終是曆朝曆代安土守疆的良策[6]162。基於這些現實主義的考慮，清廷並不急於遣大軍入越。與此同時，就越南方麵來說，由於國內局勢的混亂，再加上鄰國暹羅可能會乘越南外憂內患之時入侵越南，因而阮惠政權也表現出了強烈的和談願望。這樣一來，雙方關於談判問題一拍即合。
在和談中，阮惠及其使臣所表現出來的謙恭馴服很令清政府滿意，在維護了作為宗主國所必須的聲望之後，清廷提出了釋放所有中國戰俘等相當寬鬆的和平條件，而阮惠也基本接受了這些條件。由此，在處理中越關係的問題上，清政府采取現實主義的外交路線，卻最終達到了“不戰而屈人之兵”的“王道治藩”目的，與被普遍認為的傳統中國所采取“以德服人”方式不同，影響中越之間戰爭與和平的主要因素始終是清政府和越南政府對自身實力的清醒認知和對不同政策所包含的收益成本的細致評估。