由於侍中張華、裴頠明哲保身，難以共事，他們便想利用掌握兵權的趙王司馬倫。他們先找到司馬倫的親信孫秀對他說：“皇後殘暴嫉妒，無故廢黜太子，致使國家沒有繼嗣。孫公在宮中任職，大家都傳言孫公參與了皇後的陰謀。現在大臣們要廢黜皇後，孫公為什麼不先采取行動，為自己正名呢？”孫秀馬上去找司馬倫。司馬倫本來就是個貪鄙狂妄的人，自然願意這麼做。於是他安排通事令史張林和省事張衡等人在宮中做內應，俟機行事。
司馬倫打算迅速采取行動，孫秀勸他說：“太子剛愎自用，如果讓他返回東宮，他肯定不會接受約束。明公一直追隨皇後，這一點路人皆知。明公即使為太子立下大功，太子也會懷疑明公是為了逃避罪責。明公就是忍氣吞聲地服侍他，也難免殺身之禍，不如拖延一下。皇後一定會加害太子，那時明公再出來廢黜皇後，為太子報仇，豈不是一舉兩得嗎？”司馬倫覺得他說得很對。
孫秀派人到處散布流言，說大臣們要廢黜賈皇後，迎接太子回東宮。
賈皇後聽後非常害怕。孫秀和司馬倫乘機勸她除掉司馬遹，斷絕大臣們的希望。西晉惠帝永康元年（300）三月二十二日，賈皇後讓太醫令程據配製毒藥，假稱晉惠帝司馬衷的詔令毒死司馬遹。黃門孫慮拿著毒藥逼司馬遹服食。司馬遹不肯，孫慮就用搗藥的木杵把他打死。
孫秀和司馬倫看到司馬遹已死，便決定馬上討伐賈皇後。四月初三三更時分，司馬倫假傳司馬衷的詔令，聲稱：“皇後和侍中賈謐殺死太子，特派車騎將軍、趙王司馬倫進宮廢黜皇後。”並命令皇宮禁軍全部服從司馬倫的指揮。司馬倫讓翊軍校尉、齊王司馬冏帶領100名士兵乘夜潛入宮中，把司馬衷挾持到東堂，逼迫他下詔召見賈謐。賈謐來到殿前，見勢不妙，倉皇逃到西鍾下麵，大喊：“皇後快來救我！”話音未落，腦袋已被砍掉。
賈皇後看到司馬冏突然闖進內宮，吃驚地問：“你來這兒幹什麼？”司馬冏冷冷地說：“主上下詔讓我來逮捕皇後。”賈皇後根本不相信，她專橫地說：“詔書都是從我這兒發出的，你哪裏來的什麼詔書？”司馬冏還未來得及答話，賈皇後已一步跳到門口，遠遠地向司馬衷喊道：“陛下連妻子都保護不了，將來怎麼保護自己？”她又回頭問司馬冏：“圖謀起事的是誰？”司馬冏回答說：“梁王和趙王。”賈皇後後悔萬分，她咬牙切齒地說：“係狗應該係脖子，我怎麼係在尾巴上，活該有今天的下場！”賈皇後就這樣被廢為平民，囚禁在建始殿。第二天，她又被押往金墉。四月初九，她在金墉被毒死。