突然，有人用力地搖晃他，夢醒了，他還來不及回味，就聽愛瑪焦急地告訴他：安妮病了。達爾文翻身坐起，連忙跑去看她。
安妮躺在床上，小臉蒼白，一句話也不說，隻是經常嘔吐。達爾文自己也經常嘔吐，所以，也沒有太放在心上，可是第二天，安妮的病加重了，持續不斷地發著低熱，他們請了好多醫生也沒有治好。一連過了10天，小安妮已經奄奄一息，生命垂危了。
這時候，達爾文忘了一切，日夜守護在安妮床邊，心裏痛苦萬分。多麼可愛的孩子啊！自己雖然病得厲害，卻總是安慰別人：“爸爸，你不要為我擔心，我會好起來的。”達爾文心裏如刀絞般難受。都怪自己，終日忙於做實驗，搞研究，沒有時間去照顧孩子們，當她病了，自己卻一點辦法都沒有，自己這個爸爸真是太不合格了。安妮就像一個溫柔的小天使，每當看到父母陪在身邊，總是說：“謝謝你們，爸爸媽媽。”
這一天，安妮的病情更重了，她連說話都已經很困難了，她睜開疲倦的眼睛安慰父親：“不要為我擔心，爸爸你會累壞了，不要為我耽誤了你的實驗，爸爸，你戰勝了虎克叔叔嗎?”
“放心吧，孩子，爸爸一定會戰勝虎克叔叔的。”達爾文臉上露出了淒楚的笑容。安妮微微笑了一下，閉上了眼睛。達爾文摸了摸她的額頭，又摸了摸她冰涼的手，驚慌地發現安妮微弱的脈搏也沒有了。他大叫一聲：“安妮！安妮!”暈了過去。
可愛的小安妮死了，達爾文怎麼也難以相信這是真的，幾天前還活蹦亂跳的孩子，怎麼一下子就死了呢？這個可憐的孩子，看到爸爸做發芽種子試驗時，還去問別的孩子：“你爸爸是怎麼做種子試驗的”？可憐的孩子，她還以為所有的爸爸都是要做種子試驗的呢，想到這裏，達爾文流下了傷心的淚水。
達爾文什麼也做不下去，在客廳裏坐著發呆，回想安妮可愛的往事，他不時就會看見安妮像個小公主一樣向他走來：“爸爸，你戰勝虎克叔叔了嗎?”他無奈地搖了搖頭，看見一束陽光從窗外射進來，正好照在魚缸上，魚缸裏一條小金魚悠閑地遊來遊去。忽然，小魚張開嘴去咬缸中的水草。達爾文猛然坐直了身子。那一天的夢境又出現在他腦海中。莫非真是小魚吃了種子，鳥兒又吃了小魚，然後飛到海島上，排泄掉未消化的種子，通過這種方式把大陸上的植物帶到海島上去的嗎？安妮，莫非是你來提醒爸爸看這條小魚嗎?”
他站了起來，從魚缸裏抓了一條魚，拿到實驗室，他用顫抖的雙手剖開魚的肚子，把魚的內髒取了出來，他把魚腸中的東西放到顯微鏡下去觀察，果然，裏麵有許多水草的種子。然後，他又抓了一條魚，在它嘴裏塞了些玉米粒，然後，把這條魚喂給一隻鸛吃了。
過了幾天,他注意搜集了這隻鸛排泄的糞便,果然玉米被原封不動地排了出來。他把這經過了兩種動物吞吃的玉米放到鋁盒裏，過了幾天，玉米發芽了，他的實驗成功了。
他自言自語地說道：“安妮，親愛的孩子，我的實驗已經成功了，你知道嗎!”
歲月無情，原本是英俊少年的達爾文，額頭上也刻滿了皺紋，工作的勞累，使他的頭頂幾乎全禿了，高大魁梧的身軀也變駝了，他漸漸地老了。
他的老父親，羅伯特“達爾文醫生也在安妮死前就去世了。那時候，他病得厲害，甚至無法去參加父親的葬禮。父親死後，小安妮又離開了人世，這使他深感痛苦，身心憔悴，身體一天天壞下去。
為了讓達爾文恢複健康，愛瑪想盡了一切辦法。她接受了別人的建議，讓達爾文去接受一種冷水療法。達爾文治療了一兩個月後，身體竟然慢慢地好轉起來，水療使他暫時恢複了健康。
達爾文抓緊一切可能有的時間工作。他認真地研究幾百萬年前植物是什麼樣子的，自然界的物種是怎樣通過自然選擇的作用發生和發展到目前的樣子的。他比較各類動物的胚胎，比較各類動物的骨骼構造，器官構造，他研究哺乳動物、鳥類、魚類的發展過程……通過大景的研究，他逐漸得到一個結論：自然界的各大類物種都是起源於少數的古代祖先。
當他把他的結論告訴自己比較親近的朋友們時，他們都被他這個大膽的結論驚呆了。萊伊爾說：“查理，你簡直瘋了，你是個工作狂，你一定是走火入魔了吧?”
先前那個提出關於人的眼睛問題的科學家也問道：“你說，我們人類呢，難道說我們這些萬物的靈長會和動物是一個祖先嗎？”
達爾文見朋友們如此激動地反駁他，不由也激動起來，他站起身來說：“不知你們注意到了沒有，人的手，蝙蝠的翅膀，海豚的鰭，馬的腿部，都是由相似的骨架構成的；長頸鹿和大象，它們頸部椎骨的數目是相同的；各種哺乳類、爬行類、鳥類、魚類，它們成體雖然大不一樣，但是它們的胚胎卻是極為相似的。哺乳類動物雖然用肺呼吸，但是它們卻有用腮呼吸的魚類的腮裂。從這些事實出發，一切脊椎動物，當然也包括人類在內，遠古時期，一定有一個共同的祖先，在更近一些時期，各大類動物都有自己共同的祖先，自然界中目前存在的物種,是在自然選擇的作用下，逐漸由這些原古的祖先分化、發展而來的。朋友們，這就是我的觀點。”大家都沉默了，還是虎克最先開口表達了意見：“查理，雖然我對你的結論很吃驚，說實話，我讓它搞得有些心神不定，可我不得不承認你的話有道理。”
“虎克博士，你已經被迷惑了，這個理論危害極大，它將會把科學引入歧途，你怎麼能設想，我們人類會同那些卑賤的動物有共同的祖先呢?”那個保守的科學家激昂地說。
“先生，我也不能同意你的說法。我，萊伊爾，已經近60歲了，一生都是信上帝的。但是，作為科學家，最基本的品質卻是要尊重事實。達爾文先生的筆記我翻閱過，他親自進行了觀察和研究，每一項結論都從事實出發，論證清晰有力，我們怎麼能否認他工作的價值呢？我雖然不能很快地接受這個理論，但我卻並不認為他的理論是有害的，如果他的理論能經受住曆史的檢驗，那將是繼牛頓之後，英國科學家對人類做出的又一項偉大的貢獻。”