但是，在這時，由於文化的一度繁榮而擴大了的知識分子階層仍然存在，一座龐大的文化加工廠還在慣性的作用下運轉著。由於交流梗阻，這時的文化產品已經嚴重地失去了自己的讀者：整個社會的嘴唇都被繁榮期的大辣大成刺激得麻木了。一般的味道很難激起人們的食欲。所以這些仍在生產著的文化產品一時呈現著過剩的現象。過剩造成產品積壓，流通領域積壓的大量文化產品淤塞起來，當文化梗阻在印刷、出版、發行、銷售的渠道成為主要趨勢，文化危機就正式到來了。
在這裏，王富仁深入細致地揭示了“文化危機”內在表現：那是一種脫離了文化人真實生命體驗的“理論的過剩”。失去了生命的真實，也就失去了相互理解的必要性和可能性，因而到處是空虛的膨脹的理論淤泥，它阻塞了我們正常的交流與溝通，敗壞了我們精神需要的胃口。歸根結底，“文化危機”的起點是文化人的學術、理論活動開始脫離了自己的真實生命體驗，當人為自己創造的文化理論所異化，那麼他最終也將喪失掉這種創造的歡娛、機會與環境。王富仁在闡釋90年代之初的“文化危機”的時候，深刻地論述了所有思想學術活動的真正的神髓——個體生命的真實體驗（即“理論背後的那種更具實質性的意蘊本身”）80年代以啟蒙思潮為代表的文化的繁榮是因為有更多的學人把握了這一神髓（雖然他們的理論概念還有某些可質疑之處），而90年代之初的危機同樣也是由於較多的學人丟棄了這一神髓（盡管他們可能擁有了更多更新的理論的“武器”）。
那麼，我們如何才能走過這場危機呢？王富仁在“中國的知識分子應當追求什麼？”這樣一個嚴肅的標題下再次重申：“我們中國知識分子不論怎樣崇高評價和借鑒中國古代的或外國的現成文化學說，但我們的思想基點卻都應建立在我們自己的人生體驗的一種堅不可摧的社會願望上，它不是在別人的文化學說中得到的，而是在自我的、民族的、現實的（現實生活或文化生活）中建立起來的，沒有這種確定不移的真誠願望（不論它是大還是小），我們的所有文化都必將是軟弱無力的，再廣博的知識也救不了我們中國文化的命。”“隻要是建立在這種內心堅不可摧的社會性願望和追求上的思想基點，我們就應在任何艱難的條件下都堅持它。”“在文化危機期，中國知識分子發揮自己主觀能動性的主要方式是更加充分調動自己主觀意誌的作用，把自己的思想追求貫徹下去。”
基於這樣的對於文化危機的清醒認識和對於知識分子價值取向的自覺，王富仁在90年代的學術活動不僅沒有在新銳理論的攢擊之下退縮和“失語”，不僅沒有因文化環境的混沌而意誌疲軟，相反，他比以往的任何時候都要尊重自我的真實生命體驗，也格外珍視自己的主觀意誌的作用和獨特的文化立場。
王富仁在90年代的思想文化活動大體上分作兩個部分，一是繼續沿著思想啟蒙的道路思考、探討中國現代文化與中國現代文學的發生發展規律，一是另辟蹊徑，以更自由活潑的散文隨筆的形式書寫自己的人生與文化的感受。
作為第一個方麵的思想文化追求，王富仁的代表性成果是著作《中國魯迅研究的曆史與現狀》，論文《中國現代文學研究中的“正名”問題》、《完成從選擇文化學向認知文化學的過渡》、《對一種研究模式的置疑》、《創造社與中國現代社會的青年文化》、《當前中國現代文學研究中的若幹問題》、《魯迅在中國文化史上的地位和作用》、《魯迅哲學思想芻議》、《時間·空間·人——魯迅哲學思想芻議之一章》、《中國現代主義文學論》等，僅僅從選題來看，似乎都是中國新文學與新文化的一些具體的學術問題的討論，事實上，王富仁的視野和興趣遠遠超過了這些具體的學術性結論，同80年代一樣，他仍然是將這些文學與文化現象的細節與其背後的更為深遠的文化演進的規律性探究聯係在一起，他關心的往往不是作為“曆史事實”的現象本身，而是包孕在這些現象之中的“文化與人”、“中國文化與中國人”、“中國現代文化的發展與現代中國人的特殊境遇”，是這些既呈現為曆史但更加作用於現實的生存的難題，與80年代啟蒙主義對於生存現實的相對單純憂患與激情不同，90年代的王富仁在自己一以貫之的啟蒙之路上格外突出了對於既有文化追求與既有思維方式的反思與探求，正是在進入90年代以後，王富仁多次強調了感覺、感受、生命體驗之於創造活動的本質性意義，正是在90年代中期的“置疑”中（《對一種研究模式的置疑》），他突破了80年代所習見的中/西對立以尋找現代化之路的思維模式，努力以主動的“認知”取代被動的“選擇”，這些深入的思考都生動地體現了他自我超越的勇氣，真正地實踐了他在《文化危機與精神生產過剩》中自我要求：“更加充分調動自己主觀意誌的作用。”
值得注意的在於，這樣的反思與探求決不是王富仁從啟蒙立場的後退與變通，他並沒有像“後學”家那樣僅僅從理論上否定所謂中/西二元對立的思維模式就萬事大吉，以為自己把握了點石成金的先進武器，對於王富仁而言，這僅僅是他深入思考的起點，所謂中/西二元對立的思維模式不過是自我喪失之後的表現而已，而更重要的則是如何解決近現代以來中國人自我意識喪失、主體失落的關鍵性問題，解決思維模式問題的關鍵並不在這一理論而在理論表述背後的人的精神與心理，如果不能意識到這一點，那麼我們就很可能在批評二元對立的同時不知不覺地也掉進了這一思維的陷阱，中國的“後學”其實就是這樣，因為他們就像王富仁所說的那樣是從“理論自身的威力出發而去信仰”某種理論的，他們認為西方的“後學”理論比傳統的任何理論（包括“二元對立”）更“正確”、更“全麵”，更“有一種點石成金的力量”，在中國的“後學”家眼裏，80年代的學人乃至五四新文化學人，其主要問題不是主體精神不夠而是因為他們僅僅掌握了已經“過時”的來自西方傳統的思想，諸如“二元對立”、諸如“進化論”等等，而中國的“後學”所掌握的則是更“先進”的西方思想——就這樣，他們完全是落入了新的中/西“二元”，新的“進化論”思維而渾然不覺，他們其實和20世紀中國文化人所存在的問題完全一樣：迷信外在理論的“權威性”超過了對於自我與生命體認，在簡單的中/西對立中進行脫離個人真實生命體驗的被動的“選擇”。
同樣，思想追求、學術探索中個體生命意識的強化也最終構成了一個學科、一個學派的賴以存在的獨立的基礎，失去了對於這一獨立基礎的自覺意識，我們最終也許會失去支撐我們自己學術的獨立的生存空間。明白了這一點，我們也就不難理解王富仁為什麼會以如此堅決的姿態來回擊新儒家對於中國現代文學的挑戰（《當前中國現代文學研究中的若幹問題》）。