（3）改革戶籍製度，實行連坐法
秦國的都、鄉、邑、聚原來都是自然形成的大小居民點。商鞅為了加強封建專製的統治，管理廣大居民，規定居民要登記各人戶籍。輕罪用重刑。將魏國李悝的《法經》頒布實行，還增加了連坐法。主要內容是：居民以五家為“伍”、十家為“什”，將什、伍作為基層行政單位。按照編製，登記並編入戶籍，責令互相監督。一家有罪，九家必須連舉告發，若不告發，則十家同罪連坐。不告奸者腰斬，告發“奸人”的與斬敵同賞，匿奸者與降敵同罰。這與後代的保甲製度相同。商鞅同時規定，旅店不能收留沒有官府憑證者住宿，否則店主也要連坐。
（4）推行縣製
商鞅在政治方麵的重大改革是“集小都鄉邑聚為縣”，以縣為地方行政單位，廢除分封製，“凡三十一縣”（也有史書認為是41縣或36個縣）。縣設縣令以主縣政，設縣丞以輔佐縣令，設縣尉以掌管軍事。縣下轄若幹都、鄉、邑、聚。商鞅通過縣的設置，把領主對領邑內的政治特權收歸中央。該措施有力地配合了“廢井田、開阡陌”政策，用政治手段保證了土地私有。鞏固了中央集權的封建統治，削弱了豪門貴族在地方的權力。
後來，秦在新占地區設郡，郡的範圍較大，又有邊防軍管性質，因之郡的長官稱郡守。後來郡內形勢穩定，轉向以民政管理為主，於是郡下設若幹縣，形成秦的郡縣製度。
（5）定秦律，“燔詩書而明法令”
商鞅的該措施是為了排除複古思想的幹擾。然而，商鞅開創的“燔詩書”的高壓政策，不僅極端壓製了人民的思想，對於中國文化典籍也是一種摧殘。
2．經濟方麵
商鞅對經濟的改革是以廢除“井田製”、實行土地私有製為重點。這是戰國時期各國中唯一用國家的政治和法令手段在全國範圍內改變土地所有製的事例。主要內容有如下三點：
（1）廢井田，開阡陌
在全國範圍廢除井田製度，實行土地私有製度。廢止“田裏不粥（鬻）”的原則，準許民間賣買田地。此後秦政府雖仍擁有一些國有土地，如無主荒田、山林川澤及新占他國土地等，但後來又陸續轉向私有。
（2）重農抑商政策
獎勵耕織，凡努力耕織、生產多的，免除徭役。凡從事末業（工商）及因懶惰而貧窮的，全家沒入官府，罰為官奴婢。
（3）統一度量衡
統一鬥、桶、權、衡、丈、尺，並頒行了標準度量衡器，全國都要嚴格執行，不得違犯。如今傳世之“商鞅量”，上有銘文記有秦孝公“十八年”“大良造鞅”監造，“爰積十六尊（寸）五分尊（寸）之一為升”。知此量為“升”。由這件量器及其銘文可知，當時統一度量衡一事是十分嚴肅認真的。
3．社會方麵
主要推行小家庭政策，以利於增殖人口、征發徭役和戶口稅等。具體規定：凡一戶有兩個以上兒子到立戶年齡而不分居的，加倍征收戶口稅。禁止父子兄弟（成年者）同室居住。
商鞅變法，侵犯了貴族們的利益，因之遭到他們的強烈反對。太子傅公子虔和太子師公孫賈還教唆太子駟公開出來反對。商鞅在孝公的支持下，加強思想統治，新法得到推行。可是，前338年，孝公死，太子駟繼位，是為秦惠王。公子虔等乘機發動反攻，誣陷商鞅以“謀反”的罪名，將他逮捕並車裂。商鞅雖死，秦惠王和他的子孫都繼續實行商鞅的新法，所以秦的國勢繼續發展，為後來秦滅六國，統一中國奠定了基礎。