在清華任教期間，馮友蘭曾於1934年應邀出席在布拉格召開的“第八次國際哲學會議”，並在大會上作了題為《哲學在現代中國》的學術報告。會後，他又通過申請獲準訪問蘇聯。他懷著極大的興趣和探究事實真相的心理，踏上了蘇聯的國土。馮先生後來回憶當時的情況時說：“關於蘇聯革命後的情況，有人把它說成是天國樂園，有人把它說成是人間地獄，我想親自去看看究竟是個什麼樣子。”通過耳聞目睹，他得出了如下結論：“蘇聯既不是人間地獄，也不是天國樂園，它不過是一個在變化中的人類社會，這種社會可能通向天國樂園，但眼前還不是。”（《三鬆堂自序》）馮生先的這種印象是比較真實而不帶任何偏見的。他還通過橫向比較，得出了另外一種結論：封建社會“貴貴”，資本主義社會“尊富”，社會主義社會“尚賢”。回國後，馮先生根據自己的所見所聞作了兩次正式演講。一次是漫談蘇聯見聞；另一次是在北大哲學係，以“秦漢曆史哲學”為題，提出了以曆史唯物主義的某些思想為基本要素的“新三統五德論”，集中論述了社會存在決定社會意識，社會意識反作用於社會存在的觀點，這次講演引起了官方的懷疑與不滿。
次年十月底十一月初，他竟被國民黨政府警方視作政治嫌疑犯予以逮捕、審訊。國民黨此舉引起全國嘩然，人們紛紛提出抗議。迫於全國的民主勢力，馮在被關押、審查數天後，遂被釋放。對於這次事件，魯迅先生曾在一封書信中憤然說到：“安份守己如馮友蘭，且要被逮，可以推知其他了。”（《魯迅書信集》）這次事件對馮的震動也頗大，但他並未因此而與國民黨決裂，而是選擇了更加謹小慎微的道路。
1937年至1946年，是馮友蘭學術生涯的關鍵十年，其新理學體係即在此間創製而成。
1937年蘆溝橋事變爆發後，抗日戰爭全麵展開，清華大學被迫南遷。先遷往湖南長沙嶽麓山下，後又遷往雲南昆明，並與北京大學、南開大學合並，組成西南聯合大學。馮友蘭任聯大哲學係教授，兼文學院院長。同當時大多數學者一樣，馮友蘭雖身處後方，卻心係國事，常為中華民族之存亡而憂心如焚，感慨淒涼。在暫避長沙時，他曾寫過這樣一首詩：“二賢祠裏拜朱張，一會千秋嘉會堂。公所可遊南嶽耳，江山半壁太淒涼。”其憂國憂民之情溢於言表！到昆明後不久，他又為剛創立的西南聯大寫了校歌的歌詞，調寄《滿江紅》：“萬裏長征，辭卻了五朝宮闕。暫駐足，衡山湘水，又成離別。絕檄移栽禎幹質，九洲遍灑黎元血。盡笳吹，弦誦在山城，情彌切，千秋恥，終當雪。中興業，需人傑。便一成三戶，壯懷難折。多難殷憂新國運，動心忍性希前哲。待驅除仇寇複神京，還燕碣。”歌詞充分表現出作者鮮明的愛國主義立場和終將戰勝日寇、收複祖國失地的信心。他始終有一種不可動搖的信念在一直支撐著他，他堅信：有著五千年文明之深厚基礎的中華民族絕不會滅亡，困厄隻是暫時的，很快就會過去，抗日戰爭勝利之日，就是中華民族及其文化複興之時！
正是憑此堅定信念，馮氏更加勤奮地鑽研學問，埋首著述，潛心整理中國傳統文化。從1939年起，他先後出版了《新理學》、《新事論》（1940年）、《新事訓》（1940年）、《新原人》（1943年）、《新原道》（1944年）、《新知言》（1946年）。這六部書，構成了一個完整的“新理學”哲學思想體係，馮先生將這些著作總稱為“貞元之際所著書”或“貞元六書”，表示其中華民族一定要複興的堅定信念。關於馮友蘭著此六書的深意，他在《新原人》自序中曾有明確的表述：“‘為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬事開太平’，此哲學家所應自期許者也。況我國家民族，值貞元之會，當絕續之交，通天人之際，達古今之變，明內聖外王之道者，豈可不盡所欲言，以為我國家致水平，我億兆安身立命之用乎？雖不能至，心向往之。非日能之，願學焉。此《新理學》、《新事論》、《新世訓》，及此書所由作也。”這充分展現了馮氏的宏大抱負和深切願望。
1946年，西南聯大因抗戰勝利而解散，清華大學亦遷回北京。同年，馮友蘭應美國賓夕法尼亞大學邀請，赴美作為期一年的講學，講授中國哲學史，並將講稿整理成《中國哲學簡史》一書由紐約麥克米倫公司出版。在美講學期間，馮友蘭深深感到：“我在國外講些中國的舊東西，自己也成了博物館裏的陳列品了，心裏很不是滋味。當時我想，還是得把自己的國家搞好。我常想王粲《登樓賦》裏的兩句話：‘雖信美而非吾土兮，夫胡可以久留？’”1947年，解放戰爭節節勝利，馮友蘭生怕新中國成立後中美斷交，於是，婉言謝絕了至親好友的挽留，毅然決然地返回了祖國。
1948年秋天，馮友蘭回國後，當選為南京中央研究院院士，並被選為院士會議評議會委員。1949年初，馮友蘭辭去本兼各職，專任教授。1952年全國高校院係調整，他調至北京大學哲學係任教授，並兼任中國科學院哲學研究所中國哲學史組組長，還被選為中國科學院哲學社會科學部學部常務委員，還先後被選為第二、三、四、五、六屆全國政協委員和四屆全國人大代表。然而，在學術上，馮友蘭卻很不順利。在剛剛解放的1950年，哲學界即展開了對他的批判。在解放初的思想改造運動中，以及後來的曆次反右運動中，馮友蘭都首當其衝。不但其思想被當作唯心主義的代表而屢遭批判，其人也被打成反動學術權威而成為批鬥的重點對象，倍受折磨。直到1968年秋，毛澤東在一次講話中提到：北大有個馮友蘭，搞唯心主義，我們若要懂點唯心主義，還要找他；還有個翦伯讚，搞帝王將相，我們若要懂點帝王將相，也要找他，還是讓他們當教授，拿薪水。得此“特赦”，馮氏才得以離開牛棚，勉強恢複自由。直到1972年尼克鬆訪華，馮家被定為外賓訪問的開放戶時，才算過上比較正常的生活。
綜觀馮友蘭解放後的學術活動，大體可分為三個階段：一是50—60年代。在自我批判的基礎上，以馬克思主義作指導，他開始撰寫《中國哲學史新編》。馮氏後來回憶說：“當時正在提倡向蘇聯學習，我也向蘇聯的‘學術權威’學習，看他們是怎樣研究西方哲學史的。我尋找一些馬克思主義的詞句，努力運用，寫了《中國哲學史新編》，出版到第二冊，十年浩劫就開始了，我的工作也停了。”（《三鬆堂自序》）在這一時期，整個學術界都被一種僵化、教條的學術空氣所籠罩，哲學史研究由於其與政治過於緊密的關係更是如此。一部豐富多彩的哲學史被簡化為唯物主義與唯心主義的鬥爭史，並被圖式化地定為唯物主義戰勝唯心義的曆史，馮友蘭身處其時，亦頗受這種氛圍的影響。第二階段是70年代，代表作為《論孔丘》。其時，“四人幫”為達到個人目的，大搞所謂“批林批孔運動”，將哲學史、思想史的發展，簡化、歪曲為儒法鬥爭史，厚誣古人，捏造事實，影射史學達到登峰造極的地步。一時間，整個學術界風聲鶴唳，硝煙驟起。在“四人幫”的“順者昌，逆者亡”的強大政治壓力下，許多學術趨尚世風，違心地寫了許多應時之作。
馮友蘭當時壓力極大，他雖然從心底裏極為反感“四人幫”的那一套，但在“要相信黨，相信群眾”的思想指導下，也不得已“依傍黨內的‘權威’的現成說法，或者據說是他們的說法”而寫了《對子孔子的批判和對於我過去的尊孔思想的自我批判》及《複古與反複古是兩條路線的鬥爭》兩篇文章在《北大學報》上發表。不久，《光明日報》、《北京日報》即予全文轉載，在社會上引起很大反響。1975年，他的《論孔丘》一書正式出版。書中觀點與以前迥然不同。這顯然是在強大政治壓力下的違心之作。他後來亦坦誠地說道：“我在當時的思想，真是毫無實事求是之意，不是立其誠而是立其偽。”（《三鬆堂自序》）這既是馮氏個人的無奈，也是建國以來知識分子群體的一大悲劇。1972年，身處逆境中的馮友蘭曾賦詩一首，其中有雲：“若驚道術多遷變，請向興亡事裏尋。”對解放後事態紛壇和自己哲學思想之多變，頗多感歎！第三階段是80年代，隨著“四人幫”的垮台，思想上的“撥亂反正”，尤其是中國共產黨的十一屆三中全會之後，馮友蘭迎來了自己的學術春天。經過50～60年代的教訓以及70年代的思想折騰，馮氏決意空所依傍，直陳己見，決意重寫中國哲學史，以舒解胸中積壓多年之鬱悶。自1980年開始，馮友蘭以耄耋之年，展老驥之誌，手握如椽巨筆，重寫《中國哲學史新編》，並明確申明隻寫“自己在現有馬克思主義水平上所能見到的東西，直接寫我自己在現有的馬克思主義水平上對於中國哲學史和文化的理解和體會，不依傍別人。”從而真正把自己80年來對中國哲學及文化研究所得之理解、體會寫出來，成為一家之言。經過十年的艱苦努力，終於在1989年完成了七卷本的《中國哲學史新編》，了卻了一大心願。
“學海無涯生有涯”。馮友蘭在曆經近一個世紀的世事遷變，人世滄桑之後，終於走到了自己人生的盡頭。1990年11月26日，在95歲華誕的前夕，這位現代中國的一代大哲安然地離開了這個紛攘多變的世界。
馮友蘭一生勤勉，著述宏富。畢生以複興中華傳統文化、宏揚儒家哲學思想為己任。如果說，馮氏前期（抗戰以前）的治學旨趣在於整理研究中國傳統哲學，而直可稱其為哲學史家的話，那麼，他後期（抗戰爆發後，尤其是抗戰期間）的為學進路則重在以“六經注我”的精神，運用西方新實在論哲學重新詮釋、闡發儒家思想，以作為複興中華民族之理論基礎。這一時期寫成的《新理學》為核心的“貞元六書”構成了一套完整的新儒家哲學思想體係。它既是馮氏哲學思想成熟的標誌，也是他一生治學的最高成就，並因此而奠定了他作為“現代新儒家”的地位，成為一位繼往開來，具有國際聲譽的一代哲人。