章太炎的經學研究，興趣在於《春秋》，自變法運動夭折直至辛亥革命從日本歸來，十餘年間"獨抱《春秋》"。章太炎研究《春秋》一方麵是"夷夏之辨"，另一方麵也有現實政治的需要，那就是批駁康有為、皮錫瑞等鼓吹"孔子改製"說，為現實政治服務。他認為東漢經學家鄭玄定《王製》成書於周赧王之後，是"暖昧"不確之論，認為《王製》出自"漢文帝時使博士刺六經為之"；他運用乾嘉漢學家考證的方法，指出《周禮》三百六十官，是官號而非隻三百六十人，同一官號"有正有二有考"。章太炎對《王製》製作的批評，對《周禮》的考證，表麵是學術之爭，實質是駁斥今文學者力主《王製》為孔子改製的根據，借孔子以言"改製"立憲。因此，章太炎研究《春秋》，是汲取《春秋》中的思想材料，闡發自已的政治思想。
除《春秋》之外，對《周易》也有論述，如他認為"《易》當殷末，故事狀不及周世"，並根據《易》傳中"易之興也，其於中古乎"，斷定《周易》的作者"為文王則明矣"。這顯然是針對今文學者視《周易》為孔子所作的觀點研發。此外，章太炎對〈禮》也有研究，尤其是對《喪服》花了很大的功夫，章太炎對《周易》與《禮》經的研究，雖也夾雜著他對現實社會的理解，然而與《春秋》研究相比較，則已明顯遠離激烈的現實政治鬥爭，幾為純學術的研究。晚年的章太炎不滿於"五四"新文化運動所倡導的內容，潛心經學研究，公開提倡"尊孔讀經"，在蘇州主持"章氏國學講習會"，再度走上了當年研究古文經學的老路。
章太炎博通群經，著述繁富。主要著作有：《尷書》、《古文尚書拾遺》、《春秋左傳讀敘錄》、《春秋左氏義問題》、《劉子政左氏說》、《廣論語駢枝》、《新出三體石經考》、《說文部首韻語》、《文始》、《國故論衡》、《太炎文錄》等，後人編有《章氏叢書》、《章氏叢書續編》、《章氏叢書三編》，自1982年起上海人民出版社陸續出版《章太炎全集》。