就這樣，5年時間一滿，拿破侖就被保送到了巴黎軍校深造。
巴黎軍校的校園是一座宮殿，未來的軍官們在這裏可以享受一切奢華。這裏每餐都有兩次開飯時間，仆從難以計算，有昂貴的馴馬場。比起布裏埃納軍校，這裏的條件優越多了。
巴黎軍校一般是3年畢業。但拿破侖在這裏刻苦用功，僅用了一年時間就完成了3年的必修功課。在此期間，拿破侖的家裏發生了一件不幸之事，他的父親夏爾·波拿巴，因患胃癌英年早逝，時年隻有39歲。鑒於家庭的負擔沉重，拿破侖決定提前畢業。到了1785年9月，16歲的拿破侖終於順利地通過了畢業考試並被授予了少尉軍銜。這是科西嘉島第一位從專業軍校畢業的正式軍官。當時學校鑒定是這樣寫的：“拿破侖·波拿巴，為人勤奮、謹慎，興趣廣泛，博覽群書，酷愛抽象科學，擅長數學、地理；沉默寡言，喜歡獨處；任性、高傲、自私、善辯，自尊心強，雄心勃勃，求知欲強，有培養前途。”
經過了整6年的軍校磨礪，拿破侖終於脫穎而出。後來，成了皇帝的拿破侖曾感慨地說：“我一生中最驕傲的，是接受少尉軍銜的那一刻，因為今天的輝煌正是那一刻點燃的，它使我生命的航船駛入了騰達的航線。”
四、從少慰到將軍
1785年2月，拿破侖的父親因患胃癌逝世了，這使他本來就很窘迫的家庭陷入經濟危機。拿破侖在軍校熬了一段時間，不得不於10月30日提前入法國陸軍當少尉。他被派到法國南方瓦朗斯城的一個炮團服役。
做軍官的拿破侖很懂得為母親分憂，他把大部分薪金都寄給了家裏，隻留下一小部分，僅夠維持生活。他能夠嚴格要求自己，不容許自己有任何一點額外的花銷，比如娛樂、上酒館等。他不與人交往，不想也不敢想進入上流社會的社交場合。
他在一個小書鋪租了一間屋子，一有空就借老板的書來讀，有時到了廢寢忘食的程度。他的求知欲異常強烈，認真地做筆記、寫心得。閱讀興趣也很廣泛，對軍事、數學、地理、哲學等，都普遍涉獵，對遊記亦有獨到的興趣。他閱讀了10世紀古典作家伏爾泰、盧梭、雷納爾等人的著作，並深受這些啟蒙思想家的影響。作為一個16歲的少尉，他也喜歡浪漫主義的文學著作，歌德的《少年維特之煩惱》等作品經常放在他的枕邊。不僅如此，他還讀過拉辛、高乃依、莫裏哀等人的作品。但這並不影響他對軍事學的專注，尤其是研究炮兵學方麵的論著。
服役一年之後，拿破侖終於被批準獲得了半年的探親假。1786年9月15日，他踏上了阿雅克修的碼頭，回到了闊別8年的家鄉。在舊居，他熱情地看望了母親和弟妹們。最初的幾星期，他陶醉在久別重逢的歡樂中，並常常漫步在怪石嶙峋的海岸之濱、鬱鬱蔥蔥的山穀之中。
當心緒平靜之後，他開始考慮家庭大計。此時他家的生活已十分拮據。因為他的父親在去世之前，曾經從事本來就不那麼可靠的投機生意，現在，如果法國政府不肯表示寬容大度的話，那筆投機生意就可能使他們一家傾家蕩產。拿破侖希望能從法國財政部門索取他家應得的一筆錢。於是，在獲準延長休假之後，他就直奔巴黎。在巴黎他到處活動求情，卻沒有取得任何進展。最後隻得回到科西嘉又度過了半年時光，並在家鄉搜集資料，準備編寫一本《科西嘉曆史》。
休假結束了，拿破侖又回到了炮團。該團此時已調至奧鬆駐防。在奧鬆他生了一次病，變得十分瘦弱。身體好轉後，他便到炮兵學校上課。校長是泰伊將軍，他對拿破侖早熟的才能極為賞識，主動要了他，並讓他負責好幾個試炮場。在那裏，拿破侖結交了諾丹、加桑迪上尉等青年軍官。有一次，不知犯了什麼錯，拿破侖被關了一天一夜的禁閉，他在禁閉室的舊衣櫥裏發現了一本古羅馬《國法大全》，便津津有味地讀完了它。
他查閱資料做了大量筆記。這些筆記涉及大量名著：孟德斯鳩、羅蘭、馬布利、米拉波、馬蒙帖爾、比隆等人的作品。他研究阿拉伯、土耳其、波斯、英國、瑞士的曆史及歐洲乃至世界各國的地理。他對文學的興趣也很濃，看過高乃依、拉辛、伏爾泰的劇本，還讀過《德·科曼熱伯爵》、《協斯蒂夫的同代女人》、《保羅與維吉妮》等小說。
拿破侖還常常寫些有關炮兵的觀測和報告。他曾向嚴厲而又和藹的泰伊校長呈上一份關於炮彈射程的備忘錄，其嚴密的邏輯性和計算的巧妙令將軍喜出望外。
法國的局勢變得動蕩起來。1789年的法國大革命使巴黎接二連三地發生了震撼全國的大事件。三級會議、第三等級奮起反抗君主政體、攻占巴士底獄，攪得人心激蕩。此時，拿破侖十分關心科西嘉的前途。他乘動亂之際，向上司請了假，匆匆返回阿雅克修。
回到科西嘉後，他發現這裏什麼也沒有改變。隻是法國的國民議會通過了一項決議：允許1768年以來流亡在外的科西嘉島的愛國誌士們回到家鄉並全麵享受公民權利。這項措施軟化了許多科西嘉島人對法國征服者的情緒。流亡在英國的保利便乘機又回到科西嘉並掌握了島上的軍政大權。保利回來後，拿破侖拜訪了他。
拿破侖的假期滿了，他帶著弟弟路易回到了奧鬆。這時他已晉升為中尉。為了和科西嘉保持聯係，他又給保利寫了一封信，信中曾請求保利幫他提供一些材料，以便使他完成那部關於科西嘉的著作。但保利回信拒絕了，他說沒有時間打開箱子，也沒有時間尋找文件資料，並告誡拿破侖：“曆史不是在青年時代寫成的。保利的回信激怒了拿破侖，他將那部手稿藏在了箱底，但最終也沒有完成它。
1791年秋，拿破侖再次休假回到科西嘉，一直住到1792年5月。他費盡心機，成功地在島上的國民自衛軍裏當上了中校。然而，因為成功衝昏了頭腦，導致他幹了一些蠢事，企圖讓他所轄的誌願軍營占領阿雅克修城堡。但駐軍頂住不幹，當地居民也反對拿破侖這樣幹，可槍也開了，血也流了，保利派出代表強行決定停火。拿破侖受到大多數島民的譴責，保利也根本不承認他的官銜，於是他不得不又返回法國。到了巴黎之後，他加緊在各軍事部門活動，熄滅了阿雅克修事件對他的不利影響，官方沒有追究他的行為，重新任命他為上尉。
在巴黎，拿破侖又碰上空前的大動蕩。他親眼在6月20日目睹了群眾造反的場麵。那一天，大約五六千亂民湧進杜伊勒裏宮，他看到國王路易十六出現在王宮的一扇窗前，麵對著造反的暴民無所適從。路易十六想以其基督教的寬容對待造反的暴民，這在拿破侖看來是極愚蠢的舉動。此時他情不自禁地大嚷道：“笨蛋，怎麼不用大炮轟倒五六百人，其餘的不就跑光了嗎！”