拿破侖在巴黎觀望徘徊，想尋求機會進取，但他的內心仍掛著阿雅克修。恰巧。一件家務事為他請假提供了借口。他的妹妹瑪麗婭娜當時正在巴黎城裏旅遊，很不安全，他要把她送回科西嘉。於是他又回到了阿雅克修。
這時，駐在科西嘉島的法國誌願軍與島上的國民自衛軍正準備聯合進攻撒丁島。拿破侖一回來，就受命指揮一營兵力配合攻島戰鬥。但此次作戰，由於指揮官科洛納·塞沙裏指揮失當和“拉福韋特”號軍艦的海軍不執行命令而失敗。這次出征，對於保利也很不利。國民公會委派的特派員薩利塞蒂正要組織科西嘉的防禦，以對付英國艦隊的襲擊。他們後來發現。保利已經成了反叛者。他長期在倫敦居住，會不會與英國人有勾結還不能肯定。這時，拿破侖的弟弟呂西安·波拿巴在土倫俱樂部告發了保利，揭露他是暴君和叛徒。俱樂部當即致函公會，公會馬上發出對保利的逮捕令。
不明真相的農民手持武器誓死保衛保利。波拿巴一家對呂西安的瘋狂舉動驚慌失措。呂西安卻洋洋自得地寫信給兄弟們：“我給我的敵人以致命的一擊……你們是想象不到的！”波拿巴一家估計到保利人多勢眾，會來報複。果然，在拿破侖去巴斯提亞找薩利塞蒂商議問題時，半路上被一幫保利分子包圍住，他費了九牛二虎之力才連夜逃脫。當天晚上，他坐上一條小船逃跑，沿海岸繞了一段，然後上岸，騎馬跑到巴斯提亞通知他母親：“你們準備走吧，這地方不是我們的安身之地。”萊蒂齊婭逃走的第二天，她在阿雅克修的房屋就被洗劫一空，燒為廢墟。科爾特的議事大會，聲明波拿巴一家為卑鄙無恥之徒。宣布把他們永遠驅逐出境。
從此，拿破侖和保利徹底決裂了。他說服薩利塞蒂及其同事，帶領400多步兵和20多名炮手，突襲阿雅克修，準備占領該城，但沒有成功。最後，他不得不帶著全家離開了科西嘉，登船逃往土倫。
1793年9月的一天，陽光燦爛，拿破侖滿懷激情來到了土倫前線。當時的土倫攻城戰指揮官是卡爾托將軍。
拿破侖以他的軍事知識和銳利眼光很快就發現了戰場局勢的關鍵所在。他不是以消極地等待或執行上級命令為天職，而是以主動地參與投入、爭取勝利為天職。他認為，攻克土倫要塞的關鍵是控製土倫內外兩港的拉塞因半島，如果法軍攻占這個半島上的“小直布羅陀高地”，那麼，就能控製土倫內港的入口，並且迫使英國軍艦在內外兩側無法立足。而離開英國軍艦，則土倫的保王黨不攻自破。因此奪取小直布羅陀高地是法軍攻擊的重點。而要達此目的，必須攻克英國人在半島根部朝內陸一麵所構築的堅固據點——“馬爾格雷夫堡”，攻占了這個堡壘，全局就立即可以活起來。這樣，全麵進攻即變成了重點進攻，而炮兵在這場進攻中是可以發揮關鍵作用的。拿破侖毛遂自薦，建議改變原來的向心突擊計劃，改為集中所有炮兵向小直布羅陀高地發動重點進攻，並以步兵穿插相配合。
拿破侖的計劃具有無可辯駁的優越性，他又通過自己時任法國馬賽軍事專員的哥哥約瑟夫認識了共和國土倫前線特派員薩利塞蒂和加斯帕蘭，並獲得了他們的支持，進而獲得時任救國委員會主席的大羅伯斯庇爾的弟弟小羅伯斯庇爾的讚賞。由於有這些大人物的保舉，所以盡管巴黎的一些門外漢輕率地斥責拿破侖的進攻計劃為“一派胡言”，但最終還是被采納了。救國委員會根據前線特派員的彙報撤掉了卡爾托的職務，改任老將杜戈米埃任前線司令官，加之前線的炮兵指揮官多馬爾坦受了傷，另一個炮兵指揮杜特將軍生病不能上陣地，於是根據前線特派員的舉薦，拿破侖被任命為土倫前線的炮兵指揮。
拿破侖將前線所有的各種口徑的大炮共100多門統統搜集起來，在英軍陣地的當麵構築了13個炮兵陣地，準備集中火力轟擊英軍堡壘。由於許多人對大炮的使用沒有經過正規的訓練，拿破侖以其特有的精幹作風和組織指揮能力在短時間內對炮兵進行了正規的訓練，使一夥散兵遊勇很快成為合格的炮兵。
當時暫任土倫指揮員的多佩將軍讚賞拿破侖說：“這個青年軍官既有很大才能，又有不屈不撓的大無畏精神和不知疲倦的充沛精力。我視察軍隊時，發現他總是堅守在他的崗位上：當他需要休息時，他就裹著大氅，睡在地上，他從未離開過炮群。”
在土倫前線，拿破侖結識了許多青年軍官：迪羅克、馬爾蒙、維克托、絮歇、勒克萊爾、朱諾、德賽等。這些中下級青年軍官，後來在拿破侖率領下。大多以戰功顯赫而成為法蘭西元帥和將軍。
12月16日，在經過周密的準備之後，土倫作戰開始。拿破侖凶猛的大炮很快壓倒了英軍要塞中的火力。法軍37萬人開始進攻，向主攻方向小直布羅陀高地出動了6000步兵，直指馬爾格雷夫堡。當時風雨交加，戰鬥非常激烈，英國、西班牙軍隊也非常頑強。出現了陣地奪而複失、失而複得的局麵。拿破侖指揮炮兵轟擊了48小時，大展神威。緊接著，他命令炮兵控製陣地，並跟進占領小直布羅陀高地，自己在危急時刻高舉旗幟，帶領步兵衝鋒。他不顧腿部刺傷，戰馬被炸死，身先士卒，帶領步兵冒著槍林彈雨，一舉攻克馬爾格雷夫堡，奪占小直布羅陀高地。然後馬不停蹄，在高地上架起大炮，朝土倫港的英國、西班牙軍艦猛烈開火。英、西兩國軍艦在法國炮火的直接瞄準下損失慘重，眼見大勢已去，回天乏力，倉皇逃入地中海。土倫的保王黨分子失去靠山，乖乖地向法軍投降。
土倫戰役以法軍的勝利而宣告結束。這次戰役沉重地打擊了保王黨分子及其反法聯軍，同時也使拿破侖的卓越指揮才能得到了顯現。戰役結束後，攻城總指揮上書陸軍部稱讚拿破侖道：“他擁有一顆充滿智慧的頭腦，知識淵博，性格堅定。這位非常優秀的軍官的才能是無法描繪完全的。”另一位將軍也寫信給國民公會推崇拿破侖道：“請你們獎勵並提升這位年輕人，如果不嘉獎他，他靠自己也會飛黃騰達的。”
由於眾將軍的一致推崇，年僅24歲的拿破侖，即被國民公會正式任命為炮兵準將，當時是1794年1月14日。